1997年，還在她事業的巔峰狀態時，由於嚴重的傷病，醫生建議她退役，領導考慮再三，同意了。於是，她放下球拍，開始淡出乒壇。她開始在另一個陌生的領域頑強地攀登——攀登現代科學文化知識的高峰。
退役後的鄧亞萍，懷著興奮而又忐忑的心情邁進了清華大學這個世界知名的象牙塔。
鄧亞萍的小學文化水平與高深學識環境的反差是如此強烈。
雖然她當時還不能完全寫出26個英文字母，但她們信心十足地告訴老師，幾分剛毅：“請老師放心，我一定會學好的。”
上課了，老師的講述，在鄧亞萍聽來，無異於天書，她一字不漏地聽著、記著，回到宿舍，再翻字典，一點點硬啃硬記。夜深了，別人休息了，她還在孤燈下苦讀。
當運動員和當學生並沒有太大區別，都是一個“苦”字，但此時的鄧亞萍卻有著異樣的感受。她說：“活蹦亂跳、習慣於熱鬧場麵的運動員，最怕的就是孤獨與寂寥。訓練累得實在動不了，同伴們一陣加油聲，一咬牙，挺過來了；遇到了難題、關坎，教練一點撥，通了；比賽遇到困難，觀眾一陣吼聲，勁頭上來了，轉危為安。但讀書呢，常常要一個人孤零零麵壁苦思，那清苦，那孤獨，完全是另一種折磨，若沒意誌、沒恒心，是堅持不下去了。”
可是，亞萍堅持住了，她下決心在孤獨與寂寞的戰場上，紮紮實實向知識的海洋進軍，哪怕是喝上幾口水，也要遊向勝利的彼岸。
在清華剛剛學習幾個月，根據清華與英國劍橋大學的互換協議，鄧亞萍得到了去英國劍橋突擊英語的機會。雖然贏得了機會，但同時對她也是個挑戰。雖然她已能進行一些簡單的英語對話，但完全脫離母語，來到一個完全用英文交流的環境，難度還是相當地大。
開學前，房東開車送她去學校轉了一圈兒，讓她熟悉一下學校的環境。第二天，人家不送了，她騎著自行車，卻找不到上學的路，七拐八歪，她趕到學校，人家已經上課了。一向遵守時間的鄧亞萍，急得蹦出幾個單詞解釋，然而解釋不明不白，那滋味，那窘迫，對於爭強好勝的鄧亞萍，可能是一種永生難忘的感受！
剛到英國，她想往家寄點東西，到郵局拿了單子，卻不知如何填寫，郵局的人在單子上指指點點，她卻一臉茫然，兩眼發呆。她能怎麼辦？問誰去？問了，自己還是聽不懂，隻好悻悻而歸。
做學問與體育訓練一樣，沒有任何捷徑可走，一切都要靠自己去拚去搏。為了趕功課，她起早貪黑，每天隻睡幾小時。奧申委網站剛剛開通了，開辟了一個《名人寄語》的專欄，編輯們第一個想到的就是鄧亞萍。但她遠在英國讀書，為了趕時間開通專欄，隻好在下午兩點打長途給她，那時正好是英國的淩晨5點。通話時，網站編輯抱歉地說：“不好意思，這麼早打擾你了。”
亞萍的回答令編輯驚訝不已：“不早，我早已起床，正在溫習功課。”就這樣，起早貪黑，她每天隻睡幾個小時，累得頭發一掉一大把，但鄧亞萍挺過來了。
回清華，她帶上了學士幅，在畢業典禮上，當她用純正而又流利的英語向學校領導和老師致詞時，引來一片驚訝，一片讚歎。
後來，她馬不停蹄，從清華走進英國諾丁漢大學，攻讀碩士。她的導師對她不太了解，似乎有些不放心，擔心她能否完成學業。亞萍懇切地對導師說：“我可能比您的其他學生基礎要差，請你多費心，別人能聽懂的課程，我可能要兩次甚至多次，別人需要一年，我可能需要一年半甚至兩年。但不管費多少力、多長時間，我都要把學業拿下來。”
鄧亞萍沒有她的導師失望。一年後，而對嚴格的考官，她的論文《從小腳女人到奧運冠軍》，以翔實生動的材料和清晰有力的論點論述了中國婦女及中國婦女體育的巨大發展和變化。
臨場考官的一致結論是：無條件一次通過！
在中國申辦奧運會進入關鍵時刻，鄧亞萍責無旁貸地成為奧申“外交官”、“巡回大使”。國際奧委會規定，國際奧委會委員不能訪問申辦城市，我們當然不能違規，隻能在規則允許的情況下，向國際奧委會委員介紹中國的情況。而鄧亞萍作為國際奧委會運動員委員會委員，擁有可以“走出去”的先天優勢。她用10餘天的時間，訪問了瑞士、摩納哥、盧森堡、意大利、瑞典等國，再用3天時間往返於北京——洛杉磯，拜訪了運動員委員會2/3有投票權的委員。
在向委員們介紹中國的情況時，她很懂得外交藝術不單單講述這些年中國北京的巨大變化和飛速發展，也懇談我們存在的問題，如環境、交通、場館設施等方麵的不足，更指出這些問題從申辦到承辦的8年時間裏，我們有能力解決目前存在的問題。委員們覺得她很誠懇，很實在，大大好於那些單純“正麵宣傳”的效果。
鄧亞萍向很多外國朋友講述過這樣一個故事。