馬新貽一直是曾國藩之下屬，就東南一隅而論，曾國藩一手遮天，馬新貽也隻是一個普通的下屬。但後來，曾國藩移督直隸時，馬新貽即從閩浙總督調任兩江總督，與曾國藩地位平起平坐，旗鼓相當。在此情況之下，馬新貽再接再厲，將江南之地治理的井井有條，蔚然成風。此次，馬新貽於兩江總督之任上被刺殺，震驚朝廷，堂堂朝廷要員，竟不知緣由地被刺客刺殺，舉國震怒，若不從嚴處置，將來哪個官員還敢行政，哪個官員還敢秉公執法，弘揚正道？為此，朝廷請曾國藩回任兩江總督，並悉心處理“刺馬案”。在京最後一次得召見時，曾國藩向朝廷表明了心跡，即“從嚴處理”。當時，慈禧太後問他：“馬新貽這事豈不甚奇？”曾國藩躬身道：“這事很奇。”慈禧太後揚了揚眉道：“馬新貽辦事很好？”曾國藩唯唯諾諾地道：“他辦事平和、精細。”慈禧太後用手輕輕地撫摸著龍座上的皮革道：“那就一查到底。”曾國藩站起身來，向前幾步道：“謹遵聖命。”
曾國藩未接手之前，此案由江寧將軍魁玉、漕運總督張之萬二人全權審理，之後，二人將馬新貽遇刺事件原委以及案情之內外關係向朝廷進行了具體彙報。朝廷看完，認為此案實不難查，因為主犯就地抓獲，而其他犯人都與主犯有瓜葛。若曾國藩到任，必能給中央一個滿意的答複。魁玉與張之萬對案件進行了這樣的梳理：七月二十六日早晨，馬新貽於署府例行公事，於右箭道校閱武弁閱課，上午十點左右校閱結束，於署內後院旁門入署。行至門口，正滿臉疲憊的馬新貽，突然看到從旁邊跳出中年男子，舉著利刃，眨眼工夫，那男子走上前，一刀刺中他的右肋協下，見此情形之從弁，迅速衝上去，與歹徒展開搏鬥，並將其逮捕。馬新貽身上刀傷足有一尺多深，正中要害，當時未遂即斃命，後於醫處搶救，毫無效果。，次日中午便死於署府之中。
馬新貽被刺之時，江寧布政使梅啟照正在貢院主持疏消漲潮積水之事。得知消息後，他第一個趕到事發現場，後又與署鹽道淩煥同往江寧將軍魁玉處回報情況。魁玉見凶手被抓獲，遂不多過問，要求梅啟照會同府縣審理此案，提訊凶手，經過一番艱苦卓絕的審理，犯人口實難開，除得知凶手姓名住址之外，幾乎一無所獲。魁玉稱：犯人言語顛倒，堅不任供。後嚴刑拷問，放知凶手名為張文祥，河南人士，問及關鍵的“為何行刺”時，犯人閃爍其詞，語無倫次，審理無法進行。此時，馬新貽已不治生亡，魁玉認為事非小可，未能將案件審理清楚，便將事件原委與其中關係上奏了朝廷，並將馬新貽臨終前留下的遺折同時上傳。
該折中，馬新貽將自己的為官生涯進行了回顧，並表達了不能為國家效命之遺憾，關於遇刺當時，馬新貽稱：隻覺身中一刀，後“昏暈數次，心尚明白”，他還稱：“忽遇此變，禍生不測，命在垂危。此實由臣福薄災生，不能再邀恩眷。而現當邊陲未靖，外患環生，既不能運籌決策，為朝廷紓四顧之憂；又不能禦侮折衝，為海內彌無形之禍，耿耿此心，死不瞑目。”最後，他表示自己年過五十，並無子嗣，以胞弟馬新祐之子馬毓楨為子嗣，口授遺囑，由嗣子“謹敬繕寫”。遺折完成之後，馬新貽即昏迷不醒，奄奄一息。
馬新貽一直是曾國藩之下屬，就東南一隅而論，曾國藩一手遮天，馬新貽也隻是一個普通的下屬。但後來，曾國藩移督直隸時，馬新貽即從閩浙總督調任兩江總督，與曾國藩地位平起平坐，旗鼓相當。在此情況之下，馬新貽再接再厲，將江南之地治理的井井有條，蔚然成風。此次，馬新貽於兩江總督之任上被刺殺，震驚朝廷，堂堂朝廷要員，竟不知緣由地被刺客刺殺，舉國震怒，若不從嚴處置，將來哪個官員還敢行政，哪個官員還敢秉公執法，弘揚正道？為此，朝廷請曾國藩回任兩江總督，並悉心處理“刺馬案”。在京最後一次得召見時，曾國藩向朝廷表明了心跡，即“從嚴處理”。當時，慈禧太後問他：“馬新貽這事豈不甚奇？”曾國藩躬身道：“這事很奇。”慈禧太後揚了揚眉道：“馬新貽辦事很好？”曾國藩唯唯諾諾地道：“他辦事平和、精細。”慈禧太後用手輕輕地撫摸著龍座上的皮革道：“那就一查到底。”曾國藩站起身來，向前幾步道：“謹遵聖命。”
曾國藩未接手之前，此案由江寧將軍魁玉、漕運總督張之萬二人全權審理，之後，二人將馬新貽遇刺事件原委以及案情之內外關係向朝廷進行了具體彙報。朝廷看完，認為此案實不難查，因為主犯就地抓獲，而其他犯人都與主犯有瓜葛。若曾國藩到任，必能給中央一個滿意的答複。魁玉與張之萬對案件進行了這樣的梳理：七月二十六日早晨，馬新貽於署府例行公事，於右箭道校閱武弁閱課，上午十點左右校閱結束，於署內後院旁門入署。行至門口，正滿臉疲憊的馬新貽，突然看到從旁邊跳出中年男子，舉著利刃，眨眼工夫，那男子走上前，一刀刺中他的右肋協下，見此情形之從弁，迅速衝上去，與歹徒展開搏鬥，並將其逮捕。馬新貽身上刀傷足有一尺多深，正中要害，當時未遂即斃命，後於醫處搶救，毫無效果。，次日中午便死於署府之中。
馬新貽被刺之時，江寧布政使梅啟照正在貢院主持疏消漲潮積水之事。得知消息後，他第一個趕到事發現場，後又與署鹽道淩煥同往江寧將軍魁玉處回報情況。魁玉見凶手被抓獲，遂不多過問，要求梅啟照會同府縣審理此案，提訊凶手，經過一番艱苦卓絕的審理，犯人口實難開，除得知凶手姓名住址之外，幾乎一無所獲。魁玉稱：犯人言語顛倒，堅不任供。後嚴刑拷問，放知凶手名為張文祥，河南人士，問及關鍵的“為何行刺”時，犯人閃爍其詞，語無倫次，審理無法進行。此時，馬新貽已不治生亡，魁玉認為事非小可，未能將案件審理清楚，便將事件原委與其中關係上奏了朝廷，並將馬新貽臨終前留下的遺折同時上傳。
該折中，馬新貽將自己的為官生涯進行了回顧，並表達了不能為國家效命之遺憾，關於遇刺當時，馬新貽稱：隻覺身中一刀，後“昏暈數次，心尚明白”，他還稱：“忽遇此變，禍生不測，命在垂危。此實由臣福薄災生，不能再邀恩眷。而現當邊陲未靖，外患環生，既不能運籌決策，為朝廷紓四顧之憂；又不能禦侮折衝，為海內彌無形之禍，耿耿此心，死不瞑目。”最後，他表示自己年過五十，並無子嗣，以胞弟馬新祐之子馬毓楨為子嗣，口授遺囑，由嗣子“謹敬繕寫”。遺折完成之後，馬新貽即昏迷不醒，奄奄一息。