天津教案的教訓就擺在眼前，這種費力不討好的差事還是另請高明吧，於是，曾國藩提筆給朝廷寫了辭折，言明自己因為病重不能勝任，懇請朝廷另派其他大員。
但清廷的口氣異常強硬，令曾國藩即刻赴上任，沒有半點緩和的餘地。
無奈，曾國藩隻好再次赴任，剛剛天津教案辦的滿城風雨，如果這次再栽了，那自己真是萬劫不複了。於是，曾國藩準備揣摩一下朝廷的態度，
曾國藩先以等待李鴻章來天津交接為由，在天津逗留了很久也不動身。離開天津後，他又回了一趟北京向兩宮太後和皇上道別。曾國藩在京師的日子，正好是他的60壽辰，當然是大辦特辦，紅火了一番。
後來，曾國藩才知道慈禧太後讓他任兩江總督的目的是遠離天津，眼不見心不煩，就算是給他這個替罪羊的一點補償吧。至於馬新貽被刺一案，就算順手查一下而已。所以，朝廷對曾國藩的磨蹭也不加過問，任其耽擱。
直到同治九年閏十月二十日（公元1870年12月12日），曾國藩才抵達南京。此時，離馬新貽被刺已經有半年之久。
雖然朝廷不追不逼，曾國藩卻想知道這個案子的內幕，因為這個案子太奇怪了。
在離京前夕，慈禧太後麵授機宜:馬新貽是個好同誌。這就基本為這個案字定了調子。不管自己怎麼審查這個案子，也不能背離這個調子，曾國藩真的希望馬新貽是個好官，可他隱隱覺得裏麵有不可告人的隱情。
慈禧太後還是不放心，一周之內，又連連派出大員參與審案。刑部尚書鄭敦謹，也奉旨與曾國藩一同審理這個案子。
在曾國藩遲遲未到江寧之前，江寧將軍魁玉、漕運總督張之萬已經對這個案子會審多時，審出了一個結果，大意是：
張文祥，河南河陽人。道光二十九年（1849年），販賣氈帽到寧波，結識同鄉羅法善，娶了他的女兒羅氏為妻，以開小押店為生。鹹豐十一年，入太平軍李世賢部，轉戰皖、贛、閩、粵各地。兵敗後回到寧波，妻子已經被吳炳燮占有。
後來，在龍啟雲的幫助下，張文祥仍然以開小押店為生。同治五年正月（公元1866年2月），浙江巡撫馬新貽到寧波，張文祥遞狀控告吳炳燮霸占他的妻子，馬認為他的妻子已經改嫁吳而不準他的狀子。後來，張文祥的小店被馬新貽以違禁私開為由勒令關閉，張文祥認為馬新貽要把他趕盡殺絕，於是，有了殺馬的念頭。同治八年（公元1869年）八月，聽說馬新貽調任兩江，於是，跟到南京，尋找機會刺殺了馬新貽。
這樣看來，馬新貽的確是個好官，隻是點兒背，丟了性命。
然而，兩宮對這個供詞不滿意，認為還有不明白的地方，責令曾國藩、兵部尚書鄭敦謹到江寧後，再會同審理。
曾國藩和鄭敦謹到江寧接到案子後越審越奇，疑點重重，傳聞四起。曾國藩試著一層一層揭下去，這個像謎一樣的案子，竟然與湘軍、與天津教案、甚至與他自己也有關聯。這還了得，曾國藩被驚得一身冷汗，不敢再審下去了。
無奈，曾國藩隻好遵照慈禧太後的指示，處決了張文祥，而把馬新貽樹立為大清官員的楷模，還給予了厚厚的撫恤金。總之一句話，馬心儀是百裏挑一的好官，張文祥是萬惡不赦的發逆。（發逆，是清朝時期對太平天國起義者的蔑稱）
然而，紙包不住火。大量的野史、筆記、小說、戲曲都記載了馬新貽被刺原委。原來，馬新貽靠假報軍功，才官運亨通。他在所謂的“剿匪”戰鬥中，本來是個敗軍之將。被俘後，為了活命，便與“匪首”成了拜把兄弟。接著，便由把兄弟導演一幕幕馬新貽收複失地的鬧劇，欺瞞了朝廷，才當上了封疆大吏。後來，這些把兄弟千裏迢迢來投靠他，馬新貽卻奸占了把兄弟的妻室，誘殺了把兄弟。張文祥僥幸逃脫後，決定為慘死的兄弟報仇，才弄出這一出刺馬的大案來。
可見，清廷所倚重的大臣，欺上瞞下，忘恩負義，禽獸不如。這正是清廷官場腐敗的縮影，這種醜聞見不得天日，難怪慈禧太後費盡心機掩蓋事情的真相。
不過，野史總歸是野史，曆史到底發生了什麼，隻有老天爺知道了。