案件來源及企業基本情況
酒泉市某股份有限公司，1998年1月被認定為增值稅一般納稅人，主要從事玉米、瓜菜、花卉、甜菜、油葵、棉花種子的生產、收購、加工、銷售；棉花、皮棉、棉短絨、籽棉、棉花被（褥）胎、食用植物油的加工銷售。
酒泉市國稅局通過納稅評估，發現該公司存在指標異常變動情況，隨即將其轉交稽查部門。稽查局隨於2004年5月對該公司2003年1月至12月期間的納稅情況進行了檢查。
稅務稽查過程及方法
稽查人員采取全查和抽查相結合的方法，對該公司2003年度的賬簿、憑證、財務報表、納稅申報表、發票使用等情況進行了檢查，發現該公司賬表不符，其申報銷售收入所屬期與記賬時間不一致，造成申報銷售收入與賬麵不符；認證的進項稅票當月已經記賬，但實際進行納稅申報時滯後抵扣，造成當期進項稅申報數與賬麵數不符。
針對存在的問題，稽查人員對該公司的檢查時段向前追溯到2000年12月底，主要對2000年12月到2003年12月期間的應交稅金賬戶進行了詳細的核對。但由於公司多年來申報表與賬麵數不符，兩者之差按月無法落實原因，經過反複研究討論，稽查人員以賬麵數為準進行查賬，並結合納稅申報表進行了調整，截至2004年6月底企業申報表注明的留抵稅額與賬麵相符。
隨後，稽查人員根據棉花企業的生產周期，在舊棉已銷售，新棉尚未收購的時候對該公司庫存實物進行了盤點，對實物賬進行了全麵核查，逐份將產品調撥單與財務憑證核對，結果發現存在大筆貨物發出不計銷售收入的情況，案情取得重大突破。
稽查人員共對企業的四處庫房進行了盤點，結合企業庫存商品明細賬，發現該公司存在商品銷售後隻填開企業自製調撥單而未申報銷售收入；商品銷售後未開具任何單據，未申報銷售收入，以及延遲申報銷售收入的情況。通過實地盤點，結合收發或原始憑證，核實該公司銷售皮棉未申報銷售收入2，973，786．15元，銷售短絨未申報銷售收入356，373．50元，銷售棉籽未申報銷售收入138，003．00元，銷售棉紗未申報銷售收入669，866．00元，合計少申報銷售收入4，138，028．65元。
此外，在對庫存商品明細賬核對中發現，該公司將丟失庫存商品皮棉追回後直接銷售，銷售金額17，510．40（含稅）未申報繳納增值稅2，014．47元；2004年12月銷售給敦煌某公司皮棉370，34．5．00元未記銷售收入，未計提銷項稅42，606．06元。
經檢查核實，2000年12月至2004年6月期間該公司：
1．銷售皮棉、短絨、棉籽、棉紗等合計少申報銷售收入4，138，028．65元（含稅），其中：皮棉、短絨、棉籽少申報銷售收入3，468，162．65元，按13％的稅率計算，少繳增值稅398，992．16元；棉紗少申報銷售收入669，866．00元，按17％的稅率計算，少繳增值稅97，330．96元；合計少繳增值稅496，323．12元。
2．企業將丟失庫存商品皮棉追回後直接銷售，銷售金額17，510．40元（含稅），未按13％的稅率申報繳納增值稅2，014．47元。
3．銷售給敦煌某公司皮棉370，345．00元未記銷售收入，未計提銷項稅42，606．06元。