3．根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條“下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：（一）購進固定資產……”之規定，該公司第（三）項問題應補繳增值稅53，060．33元。
4．根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條“下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：……（四）用於集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務……”和《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十二條“已抵扣進項稅額的購進貨物或應稅勞務發生條例第十條第（二）至（六）項所列情況的，應將該項購進貨物或應稅勞務的進項稅額從當期發生的進項稅額中扣減。無法準確確定該項進項稅額的，按當期實際成本計算應扣減的進項稅額”之規定，該公司第（四）項問題應補繳增值稅28，913．37元。
5．根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條“下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：……（二）用於非應稅項目的購進貨物或者應稅勞務……”和《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十二條“已抵扣進項稅額的購進貨物或應稅勞務發生條例第十條第（二）至（六）項所列情況的，應將該項購進貨物或應稅勞務的進項稅額從當期發生的進項稅額中扣減。無法準確確定該項進項稅額的，按當期實際成本計算應扣減的進項稅額”之規定，該公司第（五）項問題應補繳增值稅2，862，545．90元。
以上第1—5項合計應補繳增值稅2，989，711．93元。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”之規定，對該公司應補繳的稅款從滯納之日起按日加收萬分之五的滯納金。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十三條“納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任”之規定，該公司上述行為已構成偷稅，對其處以所偷稅款2，989，711．93元50％的罰款計1，494，855．97元。
案件分析
本案檢查中，稽查人員抓住某煤電股份有限公司處於改擴建的特殊時期這一特點，找準檢查的突破口，深挖細究，多方印證，查實該公司購進原材料用於在建工程等非應稅項目抵扣進項偷稅的違法事實。
啟示：
一是在日常稅收征管中，稅源管理部門要加強調查研究，了解各類企業的生產、經營特點，掌握企業重大的投融資事項以及其他生產經營變化情況，分析預測其對稅收的影響。
二是加強稅務征收、管理、稽查等部門間的協作配合，改變納稅資料傳遞滯後的情況，強化對納稅人的事前、事中、事後全程服務。
三是稽查人員在檢查中要善於針對被查企業不同時期的生產經營特點，采取多渠道、多層次相互印證財務數據邏輯關係，不斷探索新的高效的檢查方法。
（案源提供：平涼市國家稅務局稽查局）