李靖安定好吐穀渾的人民，便親率大軍回國。
太宗考慮到慕容順畢竟久在內地為人質，還沒有樹立威信，難以服眾，命李大亮率精兵數千支持慕容順。由於吐穀渾人對慕容順也沒有什麼好感，到處起來反對他，最後被他的部下所殺，眾人擁立慕容順之子諾曷缽為吐穀渾王。諾曷缽年幼，不懂如何治國，出現了大臣爭權的混亂局麵。太宗得知後命侯君集率軍平定吐穀渾內亂，太宗先下旨撫諭勸解，有哪派不聽命令者，就出動大軍討伐，侯君集和李大亮合兵一處，終於平息了吐穀渾混亂的局勢。
貞觀十年（公元636年）三月，諾曷缽遣使到長安，請求頒賜曆法，用唐朝年號。為了表示對唐朝忠順之心，諾曷缽又要求派子弟入侍長安。太宗—一答應，並封諾曷缽為河源郡王、烏地也拔勤豆可汗。諾曷缽親自入長安朝見太宗，獻牛馬羊萬頭，表示對大唐的感謝。不久，又請求與唐通婚，太宗封宗室女為弘化公主，嫁於諾曷缽，命淮陽郡王李道明與右武衛將軍慕容寶為使，護送公主成親。吐穀渾大相欲作亂，圖謀劫持公主與諾曷缽，不曾想陰謀泄露，大相欲逃往吐蕃，還未來得及離開吐穀渾就被唐朝出兵鎮壓。從此，吐穀渾歸順於大唐，年年遣使朝貢。大唐對吐穀渾取得的勝利，保證了河西走廊交通的通暢，同時又對吐蕃勢力的擴張暫時地起到了遏製作用。由於吐穀渾內部矛盾重重，伏允不知整頓內部，反而屢次向大唐挑釁，最後失敗自然是難免的了。
唐太宗統一吐穀渾，為打通絲綢之路奠定了基礎。接下來威脅最大的是高昌，高昌不但阻隔著絲綢之路，而且還和西突厥互相勾結，掠奪唐的邊疆地區，掃平高昌就可以一舉兩得，所以進軍高昌就成為唐朝接下來的目標。
高昌主要活動在今新疆吐魯番地區，他們農業和放牧並重，具有很高的生產力，境內土地肥沃，穀麥一年可以兩熟，盛產葡萄和各種水果。他們占領著通向天山南北的出口，古代絲綢之路必經之道。自漢以來，由於和西亞的通商，使絲綢之路繁榮起來，無論是中原王朝，還是西北的遊牧民族，都積極爭奪並經營這一軍事及貿易交通要道。
高昌同樣對絲綢之路無比重視，當時統治高昌的是麴氏王朝，他們都是漢人。他們由於種種原因，經過幾代的遷移和流浪，在今天山南北定居下來，並長期統治著這裏。他們沿用的是漢族的禮製，官製也是沿用漢族的官製。無論政治、經濟、文化都比鄰國的水平高。就連風俗習慣和社會製度也與中原基本相似。
唐初高昌和唐朝的關係還算比較融洽，當時在位的高昌王是麹伯雅。武德二年（公元619年），麹伯雅死後，其子麹文泰繼位。當時唐高祖為表示對鄰國的友好，曾派使者前去吊唁，高昌也向唐朝貢獻過拂菻狗，兩國之間互相往來，沒有戰事。太宗登基後，高昌為表示祝賀，還上貢玄狐裘，太宗非常高興，也回贈厚禮。貞觀四年（公元630年），唐朝以絕對優勢戰勝了東突厥，高昌歸附唐朝，麹文泰親自到長安朝見太宗，太宗以國家最高的禮儀予以接待，其妻宇文氏請求加入唐朝宗籍，太宗非常爽快地答應了她的要求，封為常樂公主，賜姓李。後來，由於吐穀渾和西突厥迅速崛起，使絲綢之路被阻隔。高昌便又向西突厥稱臣，並且壟斷了通往西域的商路，損害了唐王朝的利益。
貞觀六年，唐太宗想通過焉耆重新開辟一條通往西域的道路，高昌很不高興，認為唐朝在故意和高昌作對，因為隋末動亂，西域與內地另一通道閉塞，西域朝貢者皆經高昌進入內地，這樣就給高昌帶來許多經濟利益。貞觀六年（公元632年），焉耆王龍突騎支要向唐朝進貢物品，請求開通另一條通道，以方便各國和內地的貿易。太宗同意了這個請求，也想遏製一下高昌。高昌王麹文泰聽到竟有此事，非常惱怒，高昌王麹文泰深知僅憑本國力量不足以抗衡唐朝，於是與反對唐朝的西突厥乙毗咄陸可汗結盟，派兵進攻焉耆（今新疆焉晉西南）國。麹文泰之所以惱怒，是因為這一條道如果開通，天山以南各國將不再經高昌到內地，其經濟利益會受到很大損害，也影響到過境貿易。從此以後，凡西域朝貢者途經該國，都遭到掠奪，使絲綢之路中的這個交通中轉站不大通暢。伊吾（今新疆哈密）是唐朝的屬國，高昌與西突厥專門進攻伊吾，掠其人口財物，隻要是臣屬於唐的國家，高昌和西突厥就進行侵略。