在重臣們的堅決反對之下，唐太宗表麵上接受他們的進諫，但還是請名臣魏征任太子太師，並一再向群臣表示：“方今群臣，忠直無逾魏征，我遣傅太子，用絕天下疑。”可見太宗選用強烈反對廢嗣態度的魏征為太師，其用意明顯是想打消大臣們在廢立太子問題上的疑慮。
麵對父皇唐太宗態度的轉變，魏王李泰及其黨羽們也感到了空前的緊張。他們一方麵散布流言，稱太子承乾有足疾，魏王李泰將取而代之；另一方麵又大力培植私黨，發展自己的勢力，準備伺機奪權。
太子承乾在聽到唐太宗明確立嫡長的消息後，與其黨羽乘機發動了攻勢。為了鏟除魏王勢力，承乾集團製訂了一整套暗殺計劃，派刺客紇幹承基謀殺李泰，但是未遂人願，陰謀沒有得逞。承乾一計不成，又生一計，他準備發動宮廷政變，迫使唐太宗放棄廢立太子，並逼其退位。
為了發動政變，承乾廣結私黨，培植自己的勢力。左屯衛中郎將李安儼，洋州刺史、開化公趙節，駙馬都尉杜荷紛紛投到他的麾下，成為其心腹親信。此時，太宗的弟弟漢王元昌也很快與承乾結為友好。原來李元昌因多有不法行為，常常受到太宗斥責，懷恨在心的他，便想助承乾一臂之力，對太宗進行報複。朝中的大臣們雖然反對廢立太子，但是對太子承乾的所作所為也很是失望。當然也有例外的，吏部尚書侯君集，因征伐高昌私取戰利品，被人告發下獄而對太宗深感不滿。出獄後，侯君集侍命女婿、宮廷宿衛賀蘭與承乾暗中往來，並親自與太子承乾密談，表示願意為他謀反效犬馬之勞。
在黨羽的唆使之下，承乾加速了謀反的步伐。於貞觀十七年（公元643年）三月，承乾集團策劃出了一套頗為具體的謀反方案。當天晚上，凡是同謀者全都以刃割臂，以帛拭血，燒灰和酒飲下，發誓同生共死，準備引兵攻打唐太宗居住的西宮。為了堅定承乾的信心，駙馬都尉杜荷還說道：“天文有變，當速發以應之。殿下但稱暴疾危篤，主上必定會親臨探望，可以乘此機會得誌！”
就在承乾集團準備發動政變的時候，齊王李祐（太宗第五子）在齊明反叛。承乾大喜，對紇幹承基說：“我宮西牆，去大內正可二十步耳。與卿為大事，豈比齊王乎？”然而，齊王之亂很快地被平定了下來。朝廷在審理此案時，株連紇幹承基。承基在受審時，一同供出了承乾謀反的事情。頗為震驚的太宗立即命長孫無忌、房玄齡等組成專門機構審查，查得的結果是“反形已具”。麵對承乾的逆行，太宗傷心以至憤怒之極，本想處死承乾，後聽從通事舍人來濟之言，將其廢為庶人，徒放黔州。其他參與謀反人員也均沒落得好處。漢王元昌賜死，侯君集以下皆斬首，承乾之亂最終以失敗告終。
太子承乾被廢，魏王李泰以為太子之位非他莫屬，便天天入宮侍奉太宗，同時暗中派大臣在太宗麵前為自己美言。可是，朝中的兩位最有權勢的大臣長孫無忌、褚遂良仍是堅決反對立李泰為太子，他們支持立晉王李治為太子，認為李治比起李泰來要“仁孝”許多。俗話講：“自古嫡庶無良佐，何嚐不傾敗家國”。盡管唐太宗並不太喜愛李治，可是他不能不考慮到君臣共治天下的重要性，唐太宗再次陷入矛盾之中。他內心傾向於立魏王李泰，但又不得不認真考慮長孫無忌等重臣的意見。李泰雖有才學，但得不到朝廷元老大臣的支持，“貞觀之治”的政策顯然難以繼續推行。要想把“貞觀之治”發揚光大，新一朝的君主就必須有長孫無忌等人的支持。有鑒於此，唐太宗終於下定決心，於貞觀十七年四月，下詔立晉王李治為太子，同時，大赦天下。
貞觀二十三年，當唐太宗病死時，遺詔以長孫無忌、褚遂良為輔政大臣，幫助李治共同治理國家，繼續推行貞觀政策。最後，他也果真如願以償，李治在這些大臣的輔佐下，使得國家穩步發展，最終形成了永徽初年的繼續繁榮，史稱“永徽之治”，與“貞觀之治”可以相提並論。
著名史學家司馬光在《資治通鑒》中提到：“唐太宗不以天下大器私其所愛，以杜禍亂之源，可謂能遠謀矣！”從曆史發展的客觀情況來看，司馬光這一評價無疑是正確的，正是由於唐太宗正確的選擇繼承人，才最終保證了“貞觀之治”的延續。