為了使郡縣誌書盡量規範化，重要的內容不至於遺漏，明朝政府製訂了一個《纂修誌書凡例》，永樂十年（1412）最初頒布時是17條，永樂十六年（1418）修訂成為21條。它列出了誌書應該包括的21項內容，如建置沿革、疆域、城池、山川、坊郭、鎮市、物產、貢賦、風俗、戶口、學校、軍衛、寺觀、古跡、人物、詩文等。對每一項內容必須記載什麼，如何記載，都作了明確規定。例如“城池”，規定要記載什麼時候興建，什麼人增築，有碑文的要記下碑文，城樓、垛堞、吊橋都要有記錄。“稅糧”、“貢賦”、“戶口”等，要求記載自前代到明洪武二十四年和永樂十年的情況，必須“詳其數目”。這是我國由政府正式頒布的第一個修誌條例，明代的許多誌書都是參照它來設置類目的。它對於提高地方誌的整體水平發揮了很好的作用。
同時，明代有許多方誌編纂人員在繼續探索改進地方誌的體例。有人根據孟子說的：“諸侯之寶三：土地、人民、政事”（《孟子·盡心下》），在方誌中隻設土地、人民、政事三類，稱為“三寶體”。例如《（嘉靖）醴泉縣誌》（陝西醴泉）和《（萬曆）湖州府誌》（浙江吳興）便是如此。有人認為當時一些地方誌過於冗長、繁瑣，就反其道而行之，創設“簡體方誌”，如康海的《（正德）武功縣誌》（陝西武功），隻有3卷7篇2萬多字；韓邦靖的《（正德）朝邑縣誌》（陝西大荔）更簡單，隻有5700字。它們的結構、記事、文采都很出色，不過畢竟太簡單了，作為資料書就不能令人滿意。此外，明代方誌還有仿紀傳體史書的，有采用編年體的，有仿政書體的，各有千秋。雖然有些嚐試並不成功，但他們力求汲取其他著作的長處來豐富地方誌的表現手法，對後人是有啟發的。
方誌學家們對明代誌書的評價不太高，總的認為質量比較粗糙，反而不如宋、元時期的佳作多。連它最重要的一部總誌《大明一統誌》也有不少錯誤、疏漏、自相矛盾之處，甚至有些地方句讀不通，受到後人尖銳的批評。一般認為，明代學術界的風氣比較粗疏，喜歡空發議論，不大願意做切實的學問。這種學風，顯然也波及了地方誌。但是，全麵來看，明代畢竟是地方誌闊步前進的時期。明人修誌，多數注意廣搜博采，為我們保存了大量明代史料。他們留下的近千種地方誌，以及他們在地方誌編纂中的探索和創造，為古代方誌走向全盛打下了堅實的基礎。
三、踏上古代方誌的頂峰
清朝是中國最後一個專製王朝，也是中國古代方誌發展的最高峰。
為清代修誌事業立下了第一功的，是清初的河南巡撫賈漢複。他以明代的《（嘉靖）河南通誌》為基礎，在順治十八年（1661）主持修成《（順治）河南通誌》50卷，而且率領河南8郡2州95縣都陸續修了誌書，奏響了清代大規模修誌的序曲。《（順治）河南通誌》受到朝廷的好評。康熙元年（1662），賈漢複調任陝西巡撫，又主持修了32卷的《（康熙）陝西通誌》。
康熙十一年（1672），清政府決定動手編纂《大清一統誌》。它采取的第一個步驟，是命令全國各省纂修通誌上報翰林院，並且將賈漢複的《河南通誌》和《陝西通誌》頒發天下，作為示範。康熙二十二年（1683），禮部又奉旨督催。一時各省紛紛設立誌局，經過康熙、雍正、乾隆三朝的努力，各省普遍修了通誌，有的甚至修了兩到三次，為編纂《大清一統誌》準備了良好的條件。
《大清一統誌》前後修過三次，曆經康熙、雍正、乾隆、嘉慶、道光5朝，150年沒有中斷。康熙二十五年（1686）三月朝廷正式設立一統誌館。到乾隆八年（1743），第一次成書342卷；第二次在乾隆四十九年（1784）續修成500卷，這個續修本被編進了中國最大的叢書《四庫全書》；第三次在道光二十二年（1842）完成，增加到560卷，由於它記述的事實到嘉慶二十五年（1820）為止，所以稱為《嘉慶重修一統誌》。《嘉慶誌》當時沒有刊印，直到1943年才由商務印書館整理出版。
清朝皇帝不僅對修誌的組織、進度抓得很緊，而且對誌書的內容和質量往往親自過問。例如，雍正皇帝曾嚴旨斥責廣西巡撫李紱（fú）主修的《廣西通誌》“循私”，一怒之下，這部《廣西通誌》被焚書毀版，同時命令各省督撫都要將本省的通誌重新修訂一遍，“務期考據詳明，采摭精當，既無缺略，亦無冒濫，以成完善之書”。如果一年內不能完成，可以寬限到二至三年。果然修得又快又好，可以考慮總督巡撫升官。如果拖延日子，成書又草率濫略，就要“從重處分”。（見《清世宗實錄》卷七五：雍正六年十一月二十八日上諭）。乾隆皇帝同樣親自審讀誌稿。乾隆二十九年（1764）上諭曾明確要求，為了加快一統誌的進度，誌稿要“隨繕隨進，候朕審定”。有一次，一統誌館的官員進呈鬆江府（上海鬆江）清朝人物的傳記，他讀後發現其中沒有曾做過刑部尚書張照的傳，就指示說：這個人雖然有過失，但是很有才學，書法精工，為海內所推重，不給立傳“實屬非是”。如果各省有類似情況，也都要查明補上。在皇帝的督責下，《一統誌》的纂修官無不兢兢業業，嚴謹踏實地工作。編好的稿子由專人一校，副總裁二校，總裁三校，抄成清樣以後如發現問題還要校改。所以《大清一統誌》是曆代總誌中質量最好的一部。