朱元璋尤其重視對知識分子大腦的控製。他規定：“一切軍民利病，農工商賈皆可言之，惟生員不許建言。”這就杜絕了學生參與政治運動的可能。唐太宗通過科舉製度，把全社會的智力資源集中到功名利祿這一個指向，限製了智力活動的多極多向發展。不過在唐宋兩代，科舉製畢竟還發揮了許多正麵功能。而朱元璋的改革，將科舉變成了一種災難。他規定應試者隻能寫八股文，“專取《四子書》
及《易》《詩》《禮》《春秋》《禮記》命題。其文略仿宋經義，代古人語氣為之。體用排偶，謂之八股……”相對真知灼見，他更重視的是統一的規格，統一的口氣，統一的思想，以此來造成格式化的知識分子。明清兩代的讀書人因此隻能“以摘經擬題為誌，其所切者唯四子一經之箋、是窺是鑽，餘皆漫不加省”。“自四書一經之外，鹹束高閣，雖圖史滿前，皆不暇目。”
朱元璋治國措施的第二個核心，就是防止任何人覬覦他的權力。
為了便於管理，防止豪門巨戶的出現威脅朱家天下的安全，在他統治的三十一年之內，朱元璋屢興大獄，以種種借口，把全國的幾萬戶豪門大戶殺得所剩無幾。到1397年，即他死前一年，戶部向他報告，全國有七百畝以上土地的僅剩下一萬四千三百四十一戶，並且把其詳細名單送呈這位多疑的皇帝禦覽。朱元璋鬆了一口氣。
相對於富戶，那些開國元勳的威脅當然更大。在朱元璋的統治後期，他精心策劃了數次巨案，有效地清洗了當時上層社會幾乎所有智商比較高、權力比較大的人。他們之所以頭顱落地，原因很簡單：他們的才智對朱元璋的家業穩固構成威脅。他殺人不眨眼，“所殺的人，從開國元勳到列侯大將、部院大臣、諸司官吏到州縣胥役、進士監生、經生儒士、富人地主、僧道屠沽，以至親侄兒、親外甥，無人不殺，無人不可殺，一個個的殺，一家家的殺，有罪的殺，無罪的也殺，‘大戮官民，不分臧否’”。為了鞏固權力，他對什麼人都下得了手，甚至連自己的兒女親家李善長也不放過。
李善長是開國元勳，被殺時已經七十七歲，替朱元璋辦了三十九年事，位極人臣，為人也老實本分，本以為能把尊榮富貴享到頭，誰料朱元璋借口星象不吉，需要殺大臣應災，李家及其妻女弟侄家七十餘口被殺。由於需要殺的人太多，他也懶得編造像樣的借口，後來就一律說他們“串通”“謀反”。
朱元璋以流氓手段治國的第三個表現就是大搞特務治國。因為出身卑賤又防範心重，朱元璋對治下的臣民表現出強烈的不信任心理。因此他對臣民們的一舉一動一言一行包括私生活，表現出一種病態的關注。為了滿足這種病態心理，朱元璋在中國曆史上首創了類似秘密警察的特務組織——“錦衣衛”，用他們來監視全國臣民的一舉一動，並且明目張膽，毫無顧忌。錦衣衛“檢校”無事不查，無事不報，社會的每個層麵都在他們的偵察範圍內，人人懼怕，朱元璋卻十分欣賞，說“有此數人，譬如惡犬，人則怕”
（《國初事跡》）。
朱元璋生怕別人在背後議論自己，因此特別喜歡偵察臣下的私生活，“（宋濂）嚐與客飲，帝密遣人偵視。翌日，問濂昨飲酒否，坐客為誰，饌何物。濂具以實對。笑曰：‘誠然，卿不朕欺。’”老儒錢宰嫌政務太煩，作詩說：“四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲，何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時！”特務偵知報告。第二天，“患者”在朝廷上召見錢宰，說“昨日好詩，然何嚐嫌汝，何不用憂字？”遂遣錢宰回籍，說：“朕今放汝去，好放心熟睡。”國子監祭酒宋訥有一天獨坐生氣，特務偷偷給他畫了張像，第二天“患者”拿給宋訥看，詢問他為什麼生氣。
朱元璋的子孫們更繼承太祖遺風，將國家恐怖主義推展到極致。明成祖朱棣上台後，對“錦衣衛”一家獨大還不放心，又設了“東廠”來與錦衣衛互相監督，後來又有“西廠”“內行廠”等陸續成立，以特務監視特務，讓特務相互競爭。明朝皇帝治國，大都不把法律當回事，也就是說對自己建立的“明規則”並不尊重，而是隨心所欲地法外施法，刑上加刑，國家在一定程度上實行黑社會式的治理方式。為了滿足皇帝們的窺探心理，特務們剌探的範圍無所不包，甚至一些張家長李家短，柴米油鹽之類的俗事也要彙報給皇上，在宮中當作笑話流傳。皇帝甚至派特務假冒仆役到大臣身邊充當臥底，有時長達十幾年之久。明末許多筆記小說都記載過一個類似的故事：一位提兵在外的大員，身邊有個多年隨侍的仆人，極受信任。一日，這仆人突然來辭行，因主人竭力挽留，才說明了自己的真實身份。原來他是東廠的探子，多年來一直負責監視主人的一切行動，由於主人長期以來行為端正，東廠當局認為無須再加以監視，所以召他回去另安排任務。主人得知這些情況，嚇出了一身冷汗。