此外，宮城內還有祭奉朱元璋祖先的“奉先殿”；珍藏、修編經典書籍的“文淵閣”，位於奉天門之東；專門為“東宮親王讀書”而建造的“大本堂”；以及富麗堂皇的諸多宮廷建築。整個皇城範圍南北長2.5公裏，東西寬2公裏，周長9公裏；宮城東西寬850米，南北深807米，宮城麵積約為5.9萬平方米。同樣是600多年後，昔日的皇城遺跡也所剩無幾，南京宮殿僅存午門、五龍橋、奉天門、西安門、西華門、東華門及零散遺跡，這些遺跡現在被統稱為南京明故宮遺址。
●現存的南京故宮遺址
比起北京故宮，這座曾經輝煌的皇城被人遺忘。現在被稱為禦道街的地方是南京明故宮遺址的重要組成部分，明代叫千步廊，是明代進入皇宮上朝的正路，統稱外朝。千步廊的南端就是皇城的總大門——洪武門，當年這是一座磚石結構的三孔門卷單簷歇山頂的建築，現在南京東郊遺存的明孝陵大金門與洪武門的形製接近，尚可以想象出當年洪武門的樣子。
再往前走有五座並列的石橋，名叫“外五龍橋”。在洪武門至外五龍橋之間的禦道兩側，是明朝中央官署區。禦道西側是高級軍事指揮機構，包括中、左、右、前、後五軍都督府，以及太常寺、通政司、錦衣衛、旗手衛、欽天監等；禦道東側是中央高級官署，包括宗人府、史部、戶部、禮部、兵部、工部，以及翰書院、詹事府、太醫院等。
當年這裏定是有條不紊的公務繁忙景象。如今千步廊遺跡全無，隻有這外五龍橋依然存在，橋的基石仍是明代的基石，橋麵還保留著明代的青石路麵，隻是現存的橋欄是“汪偽”時期修葺的，比較粗糙。這座“外五龍橋”也稱外金水橋，它和北京故宮天安門前的外金水橋的位置和作用是一樣的。
過了外金水橋，原有一座高大雄偉的城門——承天門，承天門不同於洪武門，它是一座三孔門卷的城門，上麵有漂亮威嚴的重簷歇山頂的儀鳳樓，金黃的琉璃頂在陽光下閃爍著光斑，極為壯觀。
進入承天門後，又有一座和承天門一模一樣的、起著禮儀作用的城門——端門，這兩座城門可以說是禦道上最突顯的建築，在進入皇宮之前極早地體現了皇城無可比擬的氣度。承天門與端門的位置和作用與北京故宮的天安門與端門是一樣的，都是進入皇宮之前顯示皇宮威嚴的重要建築。在明代，北京故宮承天門一直沒有改名，直到清代才被改名天安門。在承天門與端門之間的禦道兩側是廟社區，東邊設置了祭祀皇帝祖宗的太廟，西邊則是祭祀神靈的社稷壇。
明太廟遺址現在在南京航空航天大學校園內，這裏仍保留了大量的柱礎與基石，與校園的環境相映，非常協調。太廟遺址曾出土了大量的明代黃色琉璃構件，顯示出這一“深藏不露”的皇家建築當年的規格是多麼的高。明社稷壇遺址在上世紀初還能看到一些牌坊和壇基的遺跡，但現在除了一些少量的柱礎和石構件外，已經看不出任何遺跡了。
端門過後就是午門，與中都宮殿一樣，午門是宮城的正大門，進入午門就進入了皇宮內部。現在的午門遺址是明故宮留下的最大的明故宮實物，非常珍貴，可惜的是樓頂儀鳳樓早毀，雙闕在20世紀50年代又被拆除，隻剩下中間的城牆。如今的午門遺址已被植物包圍，在秋日的斜陽下，午門門券上垂下的爬山虎隨輕風擺蕩。午門須彌座上雕刻的纏枝如意紋樣，比起中都午門那豪華的雕飾的確簡樸了許多，但這種簡約唯美的裝飾，代表了明初最高規格的建築裝飾風格，永久地影響了後世的風格。
午門頂上殘留的百餘座寬大的柱礎，還能管窺原來儀鳳樓曾經的輝煌。穿過午門，又見五座石橋，稱“內五龍橋”，橋欄早已消失，橋下為內禦河。過了橋不遠是奉天門遺址，奉天門是皇帝接見大臣議事的地方，即“禦門聽政”之所。永樂初年，明成祖朱棣曾在此舉行國宴接見過渤泥國王一行。
奉天門遺址遺存的若幹個巨大石柱礎可以想象原有建築的高大，這種素麵無裝飾的石礎與中都宮殿的蟠龍柱礎相比顯得樸實無華，石礎底座正方型，高出部分為圓形，中間是自然的過渡的形狀，俗稱“鏡鼓石”，這種樣式的石礎被後來明清廣大的官式建築所使用，奉天門遺址還有一座原本用於裝飾台基四角的石螭首，是明初石雕的典範。過了中山東路，就是宮殿的遺址，不過這些地方已經沒有什麼建築遺存了，隻有留在地麵上的大大小小的柱礎似乎在默默傾訴著無奈的悲歌，奉天、華蓋、謹身、乾清、武英、文華、奉先，一座座名宮名殿都早已長眠地下，那殿宇重重、金碧輝煌的景象則需要去遙想了。