可方孝孺反問：“請問成王現在哪裏？”朱棣道：“他已自焚而死。”方孝孺接著問：“那為何不立成王之子？”朱棣道：“國家應當有一個年紀大的國君才行。”方孝孺不依不饒：“為何不立成王之弟？”朱棣說：“這些都是我們朱家的事情，先生不必為此多慮。”隨即示意左右把文房四寶交給方孝孺，說道：“我的即位詔書，非出自先生的大手筆不可。”
方孝孺接過筆硯後，狠狠地甩在地上，斬釘截鐵地說：“死即死耳，詔不可草！”，一直壓著怒火的朱棣終於爆發了：“你不怕死，難道你就不怕被誅滅九族？”方孝孺回答道：“便十族奈我何！”朱棣勃然大怒，他無法容忍一個手無縛雞之力的讀書人，竟敢如此強硬頂撞他。
盛怒之下，朱棣當場命人用刀把方孝孺的嘴割破，一直割到兩耳根，然後又關回監獄。隨後的日子，朱棣開始大肆逮捕方孝孺的宗族門生，每捕到一批人，都讓他們一個個從方孝孺眼前走過，方孝孺心中雖痛，可他卻假裝鎮靜，頭都不抬。
朱棣把方孝孺的九族全部捕獲之後，方孝孺仍不肯降服。此時，怒火中燒的朱棣已完全失了理智，他瘋狂地將方孝孺的朋友、學生乃至一切與方孝孺有關的人單獨列為一族，與九族加起來合稱“十族”，共計873人，當著方孝孺的麵，全部磔殺（砍成碎塊）於市。方孝孺是最後一個受刑，被磔殺於聚寶門（今中華門）外。行刑前，他還寫下一首絕命詞：“天降亂離兮孰知其由，奸臣得計兮謀國用猷。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求？嗚呼哀哉，庶不我尤！”。
如今，奉天門遺址遺存的一塊丹陛石上有一塊深紅的顏色，傳說是被方孝孺留下的血跡染紅的，人們至今還把它叫做“方孝孺滴血石”。
●朱棣遷都之謎
殺完人後，朱棣鬆了一口氣。他重建了被燒毀的奉天殿，而在這座宮殿裏，朱棣並不自在，朱元璋和朱允炆魂魄以及眾多怨魄似乎一直在大殿內環繞，讓朱棣寢食不安。朱棣不停地吃齋拜佛，在寺廟裏，朱棣裝著甚至連一隻螞蟻都不敢誤傷。
朱棣總覺得死後無臉葬在父親的孝陵旁，不過讓他欣慰的是朱元璋晚年就有遷都的想法，所以遷都北京從朱棣一登基時就開始考慮了。永樂元年（1404年），朱棣登基後立即改北平為北京。
永樂四年（1406年），群臣“請求”建北京宮殿，朱棣高興地答應了。永樂七年（1409年）後，朱棣多次北巡，長期住在北京，而太子朱高熾在南京行監國之事，天下奏章都要送往北京行在所，這時北京已成為實際的政治中心。
永樂十四年（1416年），朱棣正式下令在元大內宮殿遺址上營建北京宮殿，所有建築均照南京宮殿規製；到永樂十八年（1420年），北京宮殿落成。這年九月，朱棣下令以北京為京師，正式遷都北京。至此，南京宮殿正式結束王朝皇宮的使命。
朱棣在位期間，並沒有放鬆對建文帝的搜尋，他派戶科都給事中胡瀅遍行全國各地長達16年，秘密尋找建文帝的下落。有人推測，搜尋建文帝也是朱棣派鄭和下西洋的主要任務。而朱允炆當年到底是逃走還是自焚而死，至今都是個史謎，也許永遠不得人知。
●建文帝下落之謎
近些年，越來越多的證據都推測朱允炆在“靖難之役”中沒有死，而出逃到了其他地方，至於死後葬在何處，則有各種說法。20世紀90年代，南京前湖緊靠皇城的一段明城牆倒塌，在城牆內發現了神秘的通道，這說明當年皇宮裏很可能有一條和城牆連通的密道，供緊急情況下使用。
不妨根據一些記載設想一下那傳奇的曆史場麵：朱棣大軍破城的那天，朱允炆正要自殺，被翰林院編修程濟攔住，程濟說與其自殺，不如逃走，這時少監王鉞拿出一個篋子，說是朱元璋臨終時留下，如臨大難就打開它。
建文帝見到祖父留下的東西，悲鳴不已，鐵篋打開後，裏麵是三張度牒，分別寫著三個名字：應文、應能、應賢。篋內袈裟、帽、鞋、剃刀，應有盡有，還有10錠白金。“應文”便指朱允炆了，在場的還有吳王府教授楊應能，監察禦史葉希賢，便是“應能、應賢”了。篋內還用紅顏色寫著兩行字：“應文從鬼門出，餘從水關禦溝而行。薄暮，會於神樂觀之。”
建文帝等人剃了發，穿了袈裟，假扮和尚，從密道逃出皇宮。臨走之前，朱允炆連忙讓人焚燒宮殿，讓其他人各自去逃命，而馬皇後和幾位妃子心甘情願地跳入火中而替皇帝去死。
從此以後，建文帝一行人過上了流亡苦旅，雲遊到雲南、湖北、四川、廣東、貴州、浙江，終無消息。直到朱棣死的前一年的一個晚上，朱棣已睡下，突然聽說胡瀅回來了，急忙起身穿上衣服，在臥室單獨召見，二人一直談到四更天，至於具體談的什麼，沒有詳細的記載。但可以肯定的是胡瀅打聽到了建文帝的確切消息，並且表述，事隔多年後，建文帝已經沒有重奪帝位的想法了。朱棣終於放心了，從此再也不究問建文帝蹤跡了。