●五百年風雨廢都
朱棣遷都北京後，南京降為留都，由皇族和大臣駐守，以保證南京也有個形式上的朝廷。但南京宮殿漸趨冷落，數百年間，南京明故宮屢遭損壞。
明英宗正統十四年（1449年）夏六月天降雷雨，謹身殿、華蓋殿等被雷電擊中起火後燒毀。明憲宗成化二十一年（1485年）五月，南京刮颶風，太廟的樹被連根拔起，太廟大祀殿和皇城各門獸吻被毀。明世宗嘉靖元年（1522年）七月，南京下暴雨，江水泛濫，整個南京城及皇城都受到不同程度的損壞。
公元1644年，李自成攻陷北京，崇禎帝的弟弟朱由崧逃往南京，在南京建立南明小朝廷，這時明故宮已相當破敗，朱由崧隻能在武英殿“登基”了，因為三大殿已蕩然無存。清軍平定江南以後，清政府將明故宮改為八旗兵駐防城，明故宮建築遭到很大破壞。
公元1684年，康熙皇帝首次南巡，到達江寧（南京），見到殘破不堪的明故宮大為感慨，作《過金陵論》一文寫道：“道出故宮，荊榛滿目，昔者鳳闕之巍峨，今則頹垣殘壁矣！……頃過其城市，閭閻巷陌未改舊觀，而宮闕無一存者，睹此興懷，能不有吳宮花草、晉代衣冠之歎耶！”可見此時的明故宮已經沒有一座完整的建築了。太平天國戰爭期間，明故宮又經受了一次較大的破壞，除了地下埋藏的石構件以外，隻剩下一片殘垣碎瓦、蛇鼠出沒的廢墟了。
康熙三十八年（1699年），經康熙批準，又拆遷了南京明故宮宮殿殿琉璃瓦，九龍藻井，丹陛等物發往浙江普陀山法雨寺建成九龍大殿，目前法雨寺中還保留了原本為明故宮的丹陛、九龍藻井以及大量的屋頂琉璃瓦、琉璃構件，每一件都非常珍貴。其中最為彌足珍貴的是被安置在法雨寺九龍殿內中間頂部的九龍藻井，九條木雕金龍依然完好，張牙舞爪、栩栩如生，雖然經過多次修葺，但還基本保持原樣，充分反映出南京明故宮建築風格重氣勢而不追求過分華麗的“簡樸”風格。
從法雨寺九龍殿保留的明故宮琉璃構件（包括瓦當、滴水、正脊、垂獸、截獸、正吻等）以及明故宮遺留的構件來看，其裝飾風格已為中國明清官式建築打造了樣板，影響其後幾百年至今。
1911年，英國人法雷斯又從明故宮遺址中拆走七塊石刻和三對石獅，運往下關揚子飯店進行裝飾。到了1929年，為了迎接孫中山先生靈柩安葬中山陵，新建了中山東路和逸仙橋，中山東路橫跨奉天殿廣場，把遺址分為南北兩部分（目前南部為白下區管轄，北部為玄武區管轄），這時的明故宮遺址僅存午門與地下柱礎等少量的遺跡了。
原國民黨主席林森，好古玩古，對明故宮和明孝陵的建築遺址鍾愛有佳。1932年，他修建自己的別墅“桂林石屋”時，竟然從明故宮遺址上“調用”了一批精美石雕裝飾在石屋前。
南京解放後，劉伯承、陳毅等同誌即邀請有關專家、學者座談，征求保護意見。與會者一致認為這是我國曆史上重要的明朝皇宮遺址，應該予以保護，因此決定將約350個石柱礎就地深埋，埋入路北側中軸線及其兩側；將中山東路北側約60萬平方米的地麵辟為南京軍區教練場進行保護；並將當年被英國人法雷斯劫至下關揚子飯店的石雕運回，陳列在奉天門遺址。
現在這座由七塊石雕組成的石屏風，雖然不知其原來的準確用途，但是精美程度比中都雕刻都有過之而無不及。20世紀90年代南京軍區教練場遷出明故宮遺址，現在明故宮遺址已經被開辟成了明故宮遺址公園，供大家參觀。
這座作為洪武、建文、永樂三朝的明初皇宮，實際使用長達54年，可最終還是走向毀滅。南京明故宮是北京故宮的藍本，朱棣在北京修建的故宮是完全按照南京明故宮的形製修建的，明代的北京故宮相當長時期各個部分的名稱都和南京明故宮一樣，到明中晚期和清代才有所變化。
現在北京故宮大部分建築雖為清代重建的，即便如此，還是沒有改變明代皇宮的整體形製。而南京明故宮並沒有留下詳細的圖紙，考古學者隻能根據遺址零散分布的遺跡，大概推測出其分布狀況。
即使如此，我們還是能從北京故宮看出當年南京明故宮的輝煌。厚重潛伏的曆史底蘊，古風猶存的曆史遺跡，明故宮依然散發著她那種曆史賦予的高貴氣質，無言地敘述那永不磨滅的悲壯曆史。明故宮遺跡隱藏的神秘，深深地吸引著後人，並從中感受和想象這座皇宮點點滴滴。