南京方麵，杭立武當時是中英文化協會總幹事，獲委托負責辦理古物搬運。每箱都貼有裝箱和點驗者簽名的封條，每個封條都照了相，每次開箱時，都要經過同樣的手續。
杭立武說：“這時候南京市內人心惶惶，幾十萬人都在設法逃離南京，找運輸工具和挑夫都極端困難。”不過杭立武終於設法包了一艘英國太古公司的船，把第二批古物運往漢口。
日軍繼續進逼，第二隊又從漢口轉移內地，到翌年秋季才到達陪都重慶。1939年春，日機轟炸重慶，幾乎炸中這批國寶。古物箱又再次裝船，這一隊再向長江上遊西行500公裏到樂山去。他們到達宜賓還沒有問題，可是在那裏又需另找交通工具。船隻難找，而且光是把古物從原來的船上卸下再裝上另外的船隻，就花了近兩個月之久，結果九月中旬才到達樂山。
最後一批7000多箱由吳玉璋和另外二人負責。他們設法在日軍進行臭名昭彰的“南京大屠殺”之前一個星期搭火車離開南京。南京市內日軍奸淫擄掠血洗全城，屠殺無辜平民至少有30萬人。
載運這批古物的火車，到了徐州停車添煤、加水。“我們的列車剛到站內停下，日本飛機就出現了。”吳玉璋回憶說，“我們當時就知道遷運刻不容緩，而且越遠越好。”
第二天到了鄭州，吳玉璋下車去和站長商量調撥火車事宜。等他回到貨運調車場時，見到幾列車陷於火焰中。“我真急瘋了”，他說，甚至於在追述這件事時，人還很緊張。“我找不到我們那列火車。向人打聽，一個人說見到那列火車燒了，另一個說爆炸了，我覺得一切都完了！最後，我發現駐軍已把火車開走，我後來又回到那列車上。從那時起，我才知道大家和我們同樣關心國寶。”
大約一星期後，奉命前往支援其他運送古物隊的那誌良在西安遇上了吳玉璋，兩人一起到寶雞去，因為吳玉璋所押運的那批古物，已經到了寶雞。這批古物存放在兩座大廟裏，由地麵到房頂堆得滿滿的。吳玉璋的家眷，這時也已逃出淪陷的北平，到達寶雞。
寶雞吃緊時，他們又要前往170公裏外的漢中。其中要越過海拔3000米的秦嶺。這時運輸工具都要額外加錢。兩地之間沒有鐵路，隻能用卡車裝運，每輛卡車至多能裝載20箱左右。花了48天總共裝了300多車，才把他們押運的古物全部運達漢中。可是這時漢中也不安全，一個半月後，他們又奉命把古物運往成都。
成都在500公裏外。路上過河而沒有橋，隻好造木筏暫充擺渡。10個月後到達成都，發現成都的情況不理想。城市很大，地勢平坦，沒有堅固的樓宇，也沒有山可以挖山洞。
“我們要找個可以安定下來的地方，”那誌良說，“一個可使我們安定過日子的地方。”古物再次起運，這次是運往150公裏外的峨嵋縣城，那裏安謐，有很多廟宇。這一隊就在峨嵋的那兩座大廟裏住下。一住就是7年，後來在成都開過展覽會。他們開箱取出古物，首先取出清宮所藏幾萬本價值連城的古籍。這些古書必須要過過風。
1942年，那誌良自1933年便別離了的家眷——太太和三個孩子，從北平逃出與他團聚。“那好了”，他回憶說，“我們一家又在一起了。”
1945年8月日本投降。經過12年離亂，古物終於可以回南京了。可是戰後運輸工具缺乏，不能冒險在崎嶇的道路上運回古物。到1947年3月，三個隊才離開戰時的避難所，在重慶集合。
1947年初夏，全部古物和人員終於由九艘輪船沿江順流而下運回南京。他們立即恢複中斷了9年的工作，把國寶運入朝天宮擴建的部分，開箱整理並且開設一個臨時展覽廳。
不論他們的生活多麼艱苦，博物院工作人員始終團結一致，一心保護這批國寶。不管個人的政治信仰如何，他們始終比肩抗日。但對共同的敵人作戰幾乎剛剛停止，蔣介石又挑起內戰，共產黨在中國各地軍事上占上風，又取得人民的支持，博物院的職員也不例外。
1948年徐州會戰後，南京受到威脅，蔣介石計劃在台灣建立最後立足點，於1948年11月決定將故宮國寶和南京中央博物院、國立中央圖書館、中央研究院的藏品及外交部部分重要檔案也合並一起運往台灣。但當時可以運送這些珍貴古物的隻有兩艘軍艦和一艘商輪，隻能運送其中一部分，無法全部運走。不得不作進一步的決定。
1933年，他們從北平運出19557箱，這時隻選出2972箱，大部分是清宮收藏的精華，包括曆代名畫及書法、清宮全部藏書和最精美的宋瓷。總數約隻是故宮國寶的六分之一。其餘的不得不留在南京（其中大部分現在北京故宮博物院）。