耶穌會在北京傳布的規模，遠勝西安。早在萬曆三十三年（1605年），利瑪竇即在宣武門建立教堂，通稱“南堂”。從崇禎十一到十五年（1638——1642年），北京城內外受過耶穌會洗禮的人，即達2979名。崇禎十七年（1644年）三月，大順軍攻克北京，明朝滅亡。在大順軍進入北京之前，外國傳教士決定逃離北京。但是，有位教士拒絕傳教會長龍華民（意大利人）的勸告，繼續留在教堂內。此人即湯若望。這樣，湯若望就成了李自成進京後的曆史見證人。後來，他在回憶錄中，作了生動的記述。據湯若望記載，大順軍剛進城，有過局部的盲目屠殺行為，湯若望等人因此把教堂大門緊閉。但屠殺旋即被農民軍領導人所製止，教堂的門重新打開。一些農民軍走進去，好奇地看著裏麵陌生的一切，沒有發生任何不友好行為。隻是經過教堂的允許，他們取走了一條絨氈。第二天，在教堂門口“掛有牌示一方，上書勿擾湯若望的命令”。此後，教堂一直受到農民軍的保護。在李自成進京的三天後，湯若望曾應邀進宮去見了農民軍的一位領袖，受到他的茶酒款待，並留晚餐。此人當為農民軍的高級將領劉宗敏。此後，湯若望也邀請過幾位農民軍的頭頭，去教堂做客。正是由於大順軍對耶穌會士態度友好，保護教堂，湯若望才敢於把教堂作為一些婦女特別是耶穌會女教友的庇護所，還庇護過明朝的官員。如陳名夏（崇禎進士，官修撰，兼戶、兵二科都給事中），就曾躲在天主堂，想上吊自殺，被湯若望極力勸阻。不久，陳名夏即投降李自成，在大順政權擔任戶部都給事兼兵科都給事。在此期間，湯若望還“日夜往慰諸教民，不遺一人”，盡了他作為傳教士的職責。
大順軍在山海關被滿漢聯軍打敗，撤出北京時，曾在城內縱火，焚燒宮殿、城樓、民舍，幸被百姓救滅，損失不大；湯若望的房屋，“半為賊火焚毀，僅存天主、聖母二堂，並小屋數椽”，一些天文儀器也被毀，這是非常遺憾的。農民軍的放火，與當年項羽的放火焚燒阿房宮一脈相承，是完全錯誤的。盡管如此，大順軍在西安、北京，畢竟實行過保護耶穌會士的政策，這是富有曆史意義的。
張獻忠（1606——1646年）領導的大西軍，與傳教士也發生過關係。當時，在四川傳教的天主教教士，主要是利類思、安文思。利類思（Ludovicus Buglio）字再可（典出《論語·公冶長》：“季文子三思而後行，子聞之，曰：再斯可矣！”），意大利人，1606年生。崇禎十年（1637年）來華，在江南傳教，兩年後，奉調進京參加修訂曆法。在京時，結識四川綿竹人閣臣劉宇亮。受他的邀請，於崇禎十三年（1640年）入川傳教。安文思（Cabrielde Magalhaens），字景明，葡萄牙人，生於1609年。崇禎十三年（1640年）來華，先在杭州傳教，後於崇禎十五年（1642年）也入川協助利類思傳教。張獻忠部農民軍在崇禎十七年（1644年）九月五日攻占成都，十一月正式稱帝，國號大西，建元大順。關於張獻忠與這二位教士的關係，《天主教傳行中國考》記曰：
方獻忠將近成都時，利類思、安文思兩神父正避亂於綿竹縣劉相國家。後為獻忠所獲，送至成都。成都天主堂已為亂兵所毀，教友死者過半。獻忠命兩神父製造天文儀器，翻譯曆書。初年款待尚好，乃性好疑忌，喜怒無常，屢欲置兩神父於死地。兩神父心懷惴惴，日備善終。一日，上書於獻忠，謂曆理深奧，臣等學識淺陋，求準往澳門，延訪精通天文之人，並搜求各種儀器雲雲。獻忠疑其欲逃也，指神父隨侍之六七教友為主謀之人，執而殺之。又欲處兩神父以極刑。未及動手，獻忠……中箭而死。……及獻忠敗死，兩神父為清兵所獲……至北京。
這一記載是可信的，但失之太簡。記載張獻忠與利類思、安文思關係最詳細的史料，是法國傳教士古洛東（Gourdon，約1840年——約1930年）的《聖教入川記》。從總的情況看來，張獻忠對利類思、安文思，確實是優禮有加。利、安二人初見張獻忠，是由原明朝縣令、後投降張獻忠的吳繼善引見的。獻忠已經知道利瑪竇曾為萬曆皇帝所禮遇，故聽說二人與利瑪竇一樣，是泰西學士，“遂發命令，遣禮部之官往迎之”。見麵後，“獻忠問泰西各國政事”，二位司鐸應對如流，“獻忠大悅，待以上賓之禮”，並請二人就住在成都，“以便顧問”。此後，獻忠還“命某大員攜點心各色、綢緞數匹、白銀百六十兩、袍套各二件”，送給他倆。獻忠還賜予徽號“天學國師”，“文武官員，各皆道賀”，極一時之盛。二人每月“由國庫給銀十兩”。二人一再推辭，說每月得一兩銀足矣。獻忠卻真誠地說：“爾等不必固辭，以顯吾之吝財。吾已為王，不能招待二位西方大賢，區區之惠，何足掛齒，須當收納，不必固卻。吾固知爾等無需銀兩，此不過聊表吾敬賢之心，非有以示富沽名而已。爾等當受之無卻。”獻忠曾向二位司鐸詢問西學，更經常問數學方麵的問題，並“隨同左右辯論，頗有心得。其知識宏深，決斷過人，二司鐸亦暗暗稱奇”。獻忠還令二位司鐸造天、地球兩個，用紅銅製成，另造日晷配合。完工後，獻忠見之，“鼓掌稱善，樂極快慰，驚奇不已”。並令厚賞利類思、安文思，連讚助這項工作稍有成績的官吏，也“皆蒙升官加級”。獻忠有位老嶽父，是位儒生，名字失考，他本人、其夫人、二子二女，全家老幼共三十二人，都加入了天主教。此老聖名伯多祿，其子聖名保祿。於此也不難看出利、安二人在大西軍中的巨大影響。
但是，中西文化之間，本來就有很深的隔膜，要在旦夕之間消除，是難以想像的。何況張獻忠是個文化水平甚低、恣情任性，精神也有些貴恙的農民起義軍的領袖一特別是在明軍南犯、後更有清兵壓境的形勢下，張獻忠的動輒暴怒、無端猜疑、濫開殺戒的性格，又不斷發作起來。因此後來獻忠又屢次找利、安二人的麻煩，甚至揚言要殺死他們，連他的嶽父也被他處死。但是，即使在千鈞一發之下，張獻忠仍然頭腦冷靜下來，說：“吾饒爾等之命，因爾等是外國人；若爾等是此地人，定受千刀萬剮之刑。”因此，利、安二人，在與張獻忠的交往過程中，雖後期不如前期，但仍然受到一定程度的優待。張獻忠與傳教士的交誼，是中外關係史上帶有傳奇色彩的一頁。