不久，左宗棠又從馬占鼇回軍中挑選兩營，飭馬占鼇督帶，並賞馬占鼇五品頂戴翎頂。 這樣，左宗棠撿了個大餡餅，比較順利地解決了河州問題。
河州平定後，在同治十一年七月十五日（1872年8月18日），左宗棠便從安定進駐任所省會蘭州，距離被任命為總督之時，已經有6年之久了。
民心向背的西寧之戰
甘肅回民起義軍的四大基地，清軍已經攻克了兩個，接下來該攻打第三個堡壘——西寧了。在講西寧戰役之前，我們先講一個和當時政治形勢關係比較密切的小插曲。
清軍開始進攻河州回軍的前七天，即同治十年七月二十五日（1871年9月9日），左宗棠接到了清廷的一個“上諭”，內稱俄國已派兵於五月十七日侵占伊犁，並聽說俄國人還想帶兵前往烏魯木齊。
這俄國人占了伊犁還不罷休，真是貪得無厭。其實，他們的胃口是整個新疆，所以對烏魯木齊也垂涎欲滴。
清廷著急了，趕緊詔命榮全署伊犁將軍，前去收複伊犁；還命烏魯木齊提督成祿統率所部出關，與都統景廉會合收複烏城。又命劉銘傳率淮軍繞赴蘭州北路，由甘、涼、肅一帶出關，節節前進，收複新疆各城。並命左宗棠進攻肅州。
軍情緊急，左宗棠本應統籌全局，和各部軍隊共同抵禦沙俄入侵者，但他分析了當時的軍事形勢，認為用兵應該先關內、後關外，當然也可以先派部分軍隊出關。但總的來說，關外還沒有到最緊急的時候，應該先集中優勢兵力，肅清關內。
不過，肅州是通往新疆的通道，所以在得到詔令後，左宗棠先派徐占彪率軍開赴肅州，消滅肅州回軍，以便打開西進的道路。而他的大軍則在攻下河州後，迅速向回軍的第三個堡壘——西寧進攻。
左宗棠能根據實際情況做出自己的判斷，而不是照搬聖旨。這是一名軍事統帥必不可少的特質。所以，左宗棠之所以能取得讓人羨慕的軍事成就就不足為怪了。
在這裏想到了拿破侖，如果在滑鐵盧戰役中，格魯希元帥不墨守成規，能根據瞬息萬變的戰場情況做出增援滑鐵盧法軍的決定，拿破侖就不會兵敗滑鐵盧，曆史就會重寫。可悲的是，格魯希元帥沒有左宗棠的這種特質。
廢話少說，言歸正傳。
在清代，西寧是甘肅的一個府治，管轄西寧、碾伯（今青海樂都）、大通三個縣和貴德、循化、巴燕戎格（今青海化隆）、丹噶爾（今青海湟源）四個廳。從1862年以來，馬文義（又名馬尕三）領導的起義軍力量迅速發展，屢次打敗“進剿”的清軍和民團，占領了碾伯至享堂（今青海民和北）的大道，截斷了蘭州至西寧的交通。馬文義死後，馬桂源、馬本源即成為西寧回民的首領。西寧周圍完全被回民軍所控製，成為甘肅回民起義軍另一個重要基地。
雖然接連取得勝利，但左宗棠不敢有絲毫的大意，調自己的愛將劉錦棠所部老湘軍進攻西寧。1872年9月初，劉錦棠率部隊十八營從平涼進抵碾伯。
大敵當前，回民起義軍本應聯合一切抗清的力量全力抗敵，但西寧回軍首領對於要不要同經河州來到西寧地區的陝西回民軍一起抗擊清軍進攻的問題出現了分歧。這是有一定原因的，金積堡失敗後，一些回民領導人意誌消沉，思想動搖。當河州之戰正在進行的時候，有人就有投降之意。但是馬化龍投降被殺的沉痛教訓讓他們暫時放棄了投降的念頭。
9月12日，馬桂源密約白彥虎、崔偉、禹得彥等在西寧東關家中召開緊急會議，一致主張西寧回軍和陝西回軍聯合起來，共同戰鬥，並推舉馬本源為大元帥，統一指揮各部起義軍對抗清軍的進攻。