海防與塞防之爭
就在左宗棠為出關各軍籌辦糧餉轉運時，在清朝統治集團內部爆發了一場關於塞防和海防的大討論。
事件的起因是這樣的。
同治十三年三月二十一日（1874年5月6日），日本政府派陸軍中將西鄉從道率軍3000人進犯台灣。清政府派福州船政大臣沈葆楨為督辦台防大臣，率自己製造的輪船趕赴台灣，加緊布防。
日本雖然隻是放了一個煙幕彈，但卻在外交上撈到了十足的好處，清政府被迫在九月二十二日（10月31日）簽訂《台事專條》，中國用50萬兩白銀換取日軍從台灣撤兵。
沒想到一個小小的日本也如此囂張，日本侵台事件在朝野上下引起很大的震動。
總理衙門在九月二十七日的上奏中指出，因為海防虛弱，所以被理屈的日本占了便宜。
清廷也認識到了海防的重要性，便根據總理衙門提出的“練兵”、“簡器”、“造船”、“籌餉”、“用人”、“持久”等6項加強海防的措施，讓直隸總督李鴻章、兩江總督兼署江蘇巡撫李宗羲、欽差大臣辦理台灣等處海防沈葆楨等10多人詳細議論，限期一月內複奏，拿出一個妥善的解決方案。這就是曆史上的海防之議。
雖然左宗棠在陝甘總督任上，管轄的地方並非濱江、沿海，但總理衙門認為他留心洋務，對中外交涉事宜比較熟悉，便讓他也參與了討論。可見，左宗棠非常受總理衙門的器重。
其實，相對於海防來說，新疆已經陷入了嚴重的危機之中，如果清政府不果斷采取行動，新疆全境就可能從中國分離出去。收複新疆、驅逐侵略者是當務之急的事情。但這需要粉碎阿古柏勢力，還得堅決同英、俄做鬥爭。
戰爭就是燒錢的機器，要想規複新疆，自然需要白花花的銀子做後盾。左宗棠恨不得集全國之力來規複新疆。但作為一個愛國者，他同樣知道海防的重要性，所以他完全讚成加強海防。但他內心隱隱有一些不安，因為用兵新疆主要依靠沿海各省協濟軍餉，如果沿海各省因為籌辦海防而紛紛停緩協濟的話，西北用兵就成了一句空話。
最讓左宗棠想不通和氣憤的是，在關係國家領土完整的問題上，朝中大臣在給清廷的複奏中不僅要停止西征之餉，而且還提出要放棄新疆。這真是赤裸裸的賣國行為。
比如，當時位高權重的李鴻章在同治十三年（1874年）底的《籌議海防折》中，就明確主張：財政困難，塞防、海防不能同時兼顧。再說，塞防不如海防重要，新疆也不如東南沿海重要。所以應該暫棄新疆，靜以待變，再圖後舉。
官場中人都習慣於跟風，既然有了主論調，自然不會放棄自己的表現機會。
在地方大吏中，如河南巡撫錢鼎銘、山西巡撫鮑源深等紛紛上奏，表示支持李鴻章的主張。在內廷中，光緒皇帝的生父醇親王和刑部尚書崇實也力挺李鴻章。另外，禦史餘上華、刑部左侍郎黃鈺等也紛紛上書請求放棄西征。
本來，清政府希望封疆大吏們能對如何籌辦海防獻言獻策，沒想到，卻引起了對繼續還是暫緩西征問題的激烈爭論。這樣一來，已經遠遠越出了總理衙門的原奏範圍，實際上成了放棄新疆還是收複新疆的一場原則性爭論。
為什麼有這麼多人主張放棄新疆呢？
著名學者胡繩指出：“當時，李鴻章正在把國家財力大量用於經營他的北洋海軍，所以他極力強調海防的重要，而視西北邊防可有可無。”當然，除了人的自私以外，還有深刻的社會曆史根源。
從曆史上看，西北邊疆自古就是多事之地，常年的戰亂耗費了大量的軍費，這讓已經衰敗不堪的清王朝越來越吃不消了。尤其是大和卓的後裔在浩罕汗國支持下不斷地在南疆製造叛亂，大大地削弱了清王朝在這一地區的統治，使清廷深感無論在財力、軍力上都鞭長莫及，無力西顧。所以，放棄新疆的論調開始在封建王朝的統治集團內部彌漫起來。到了同治末年，新疆局勢更為險惡，放棄新疆的論調更是風行一時。
其實，李鴻章主張加強海防毫無疑問是正確的，但僅強調國防中的海防一麵，而不重視國防中的其餘環節，主張放棄新疆的思想則是錯誤的。
而左宗棠的主張與李鴻章針鋒相對，早在同治十二年（1873年），他就向朝廷上書，提出了規複新疆的整體規劃。
真理往往掌握在少數人的手中，麵對這種不同的聲音，清廷自然不會輕易放過。
所以，在光緒元年（1875年）朝中展開海防、塞防的激烈爭論時，清廷給左宗棠發出了一道密諭，想聽聽這員老將的主張和意見。
在三月初七日（4月12日），左宗棠便呈上《複陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》和《遵旨密陳片》。左宗棠肯定了乾隆皇帝用兵新疆，統一祖國的功績，並批駁了李鴻章的論調，提出收複新疆與加強海防並重的主張。他認為處理國家大事要考慮周全，為國家長遠安危打算，而不能隻顧眼前利益。還有，為官者不能心存忌疾、謀取私利，要以國家社稷為重，鞠躬盡瘁死而後已，這才是一個封疆大吏應有的胸襟。左宗棠的主張無疑是正確的。