但是這種不同的聲音如果太過於孤單，即使正確，也不見得會被清廷采用。好在，左宗棠不是孤獨的，他不是一個人在戰鬥。
當時對朝廷有很大影響力的武英殿大學士、軍機大臣文祥和左宗棠持同一論調。他認為居中控製烏桓重鎮，南麵統令回部，北麵安撫蒙古，借助他們共同抵禦英俄人，才能維持新疆的長治久安。所以他力排眾議，堅決主張出兵西征。
這無疑是一個重磅炸彈，在朝堂中引起了不小的轟動。
清政府十分重視左宗棠的主張，更加看重文祥的論調。為了切身的根本利益，清政府最終采納了左宗棠規複新疆的正確主張。
光緒元年三月二十八日（1875年5月3日），清廷發布“上諭”，稱左宗棠籌辦海防塞防的奏疏見解獨到、利國利民。決定任命左宗棠為欽差大臣、督辦新疆軍務，金順仍幫辦軍務，調景廉等來京供職，授左宗棠關外用兵、糧餉轉運等各項權力。
四月二十六日（5月30日），清政府正式決定：命令左宗棠等加強西北防務，準備進軍新疆；分別任命李鴻章為北洋大臣，沈葆楨為南洋大臣，主持海防；命令彭玉麟等同李成謀辦理江防。可見，清政府沒有采納李鴻章放棄新疆的主張，而是采納了左宗棠塞防、海防並重的方針，這是清政府關於國防戰略討論的一項重大成果。
清朝最高統治者不僅對海防與塞防同樣予以重視，而且一改以往任用旗員節製、統轄新疆的慣例，不是以金順接替景廉負責關外用兵事宜，而是賦予左宗棠以督辦新疆軍務權，率軍前去規複新疆，這是清政府做出的一次很難得的正確抉擇。
這樣，陝甘總督左宗棠又以欽差大臣、督辦新疆軍務的新職踏上了規複新疆的征程。英雄有了用武之地，他終於可以放手一搏，實現收複新疆的願望了。
毫無疑問，左宗棠用兵新疆並非是為了個人利益，因為以他此時的成就和年齡，完全可以告老還鄉，享受天倫之樂。但他甘願“引邊荒艱巨為己任”的壯舉，恰恰是出於對祖國邊疆安危高度負責的責任感。雖然征途中困難重重，但他還是義不容辭地擔負起這個規複新疆的曆史重任。
進軍新疆前的最後備戰
六十多歲的左宗棠在西北已經待了十多年了。這些年，他日理萬機，為大清的江山穩固和百姓生活的安定而孜孜不倦地操勞著。他的精力貌似過人，其實，他的身體並不好。多年的戎馬生涯，讓他積勞成疾。
早在來西北前，他就患上了長期腹瀉。在肅州大營時，因為不服西北水土，全身長滿了風濕疹子，瘙癢不止，一度讓他難以成眠。還有，他本來就有咯血病，來西北後更加嚴重了，有一天早晨竟然吐出鮮血十多口。
讓這樣一個多病的老人擔負起抵抗侵略者、收複失地的重任，真是難為他了。不過，左宗棠內心沒有絲毫抱怨，反而異常興奮。
軍人就應該戰死沙場，而左宗棠隻有在戰火紛飛的沙場才能感覺到自己存在的價值，他希望能在大西北流盡自己的最後一滴血，馬革裹屍是他向往的最終歸宿。
左宗棠是一位經驗豐富的統帥，每次在用兵之前，他總能從全局考慮，構思好總體戰略，部署好用兵的先後順序。所以，在軍事部署方麵，左宗棠按照當時經濟、政治、自然條件和沙俄侵占伊犁、阿古柏侵占南疆大部又伸向北疆的具體情況，製訂了詳細的戰略戰術計劃。
左宗棠的戰略構想是先殲滅阿古柏匪幫，收複除伊犁以外的全部新疆失地，讓自己處於有利地位。這樣一來，就有資本就歸還伊犁一事與沙俄交涉，而沙俄在政治上輸理，索還伊犁就有希望了。他還認為實現收複除伊犁外的新疆領土應分為兩步走，即首先平定北疆，接著再平定南疆。
隨後，左宗棠確定了消滅阿古柏勢力的具體步驟。他指出：這次進兵，先北路而後南路。隻要北路軍打幾個大勝仗，就可以挫敗阿古柏勢力的囂張氣焰，將來在南路用兵就容易多了，可以一舉殲滅阿古柏勢力。
不過，左宗棠知道阿古柏勢力的後台是英國侵略者，所以，這次西征不會那麼輕而易舉就能得勝回朝。還有，英國和俄國在新疆都有一定的勢力，如果和這兩個國家真的開戰後，收複新疆就不是兩三年就能了結的事了。但他不擔心自己年近古稀、衰病的身體能否再次回到故鄉，擔心的是自己在有生之年不能親眼看著新疆重新回到大清的懷抱。
左宗棠的擔心是有道理的，因為收複新疆所麵臨的困難是有目共睹的。新疆所麵臨的問題比太平天國要複雜得多，除了要解決與俄、英兩國的矛盾外，還有就是新疆所處的獨特地理位置給行軍打仗、後勤供給帶來難以想象的困難。所以如何做好後勤保障成了左宗棠當前必須要解決的問題。
在這個問題上，左宗棠把精力主要用在籌糧、籌餉和籌轉運上麵。他認為，西北軍事，籌措軍餉比籌兵難，籌措糧食又比籌措軍餉難，而籌措糧食的運輸又比籌措糧食難。
先說籌糧。
當時新疆大部分淪陷，清軍隻控製著東北部褊狹的貧瘠地區。要想解決新疆問題，左宗棠估計必須擁有六七萬大軍的絕對軍事優勢才能行得通。而出關的六七萬大軍，一年就需四五千萬斤糧食。