而西北的糧食生產原本就不夠，再加上多年的兵荒馬亂，百姓逃亡，田畝荒蕪，糧食生產又減少不少，根本就無法供給大量兵馬消費。如果從關內和其他地區遠途采運，以當時的運輸能力，大多是沙漠地區的新疆，翻越險峻的天山籌運軍糧，又是非常困難的事情。
考慮了各種因素後，左宗棠建議北路在歸化（今呼和浩特市）設立北局，南路以肅州（今酒泉市）為南局，負責北、南兩路的糧食補給。他還命令已出關各軍在巴裏坤、哈密等地辦理采糧、開墾。
再看籌餉。
西北地區比較偏僻落後，經濟水平不及內地。所以，甘肅和新疆的政費在平時也要靠江蘇、浙江和四川等省接濟。但這些省份對於甘肅和新疆的政費需要，大都漠不關心。比如，西征軍的軍費每年支出約800萬兩，但實際收到的各省協餉隻有500萬兩。後來各省為了協濟海防，更不把塞防當回事了。以致西征軍在光緒元年每年隻能發一月滿餉。
手心手背都是肉，清政府看不下去了。
在左宗棠多次上奏請求下，光緒二年（1876年）三月，在左宗棠督率大軍出關之際，清廷發布“上諭”稱：為了西征軍旗開得勝，從國庫拿出銀二百萬兩，並借用洋款五百萬兩，各省協餉三百萬兩，湊足一千萬兩。
總算有錢了，出征將士有了物質上的保障，就沒有後顧之憂了。左宗棠對朝廷的恩賜感激涕零，渾身存滿了幹勁，發誓一定扞衛大清國土，把侵略者趕回老家去。
除了籌糧、籌餉之外，左宗棠還十分重視糧食和軍火物資的轉運問題。
西北地廣人稀，多年的兵禍致使勞力更加缺乏。西北的運輸工具，隻有車和駱駝，不能船運。過高的山地又不便行車，沙漠裏隻能用駱駝。而駱駝因為曆年變亂而減少，不好雇購。還有些交通線路，必須找有水可喝的地方歇腳。總之，各種艱阻使運輸量受到了很大的限製。
左宗棠計算，在關內，要花兩石的糧價，才能運到一石的糧。因此，要花一個半人的餉， 才能養活一名兵。而在關外，要十石的糧價，才能運到一石的糧了。也就是說要花七個半人的餉，才能養活一名兵。
雖然困難不小，但左宗棠收複新疆的決心不會改變。他主張關內運糧以車和駱駝運輸為主，關外則隻能以駱駝運輸為主。他還通過上海采辦轉運局、漢口後路總糧台、西安總糧台等轉運軍火物資，並由蘭州機器局自造槍炮供應前線。從而基本上解決了糧食和軍火物資的轉運難題。
解決了糧餉和轉運問題後，如何提高軍隊的戰鬥力也是一個迫切需要解決的問題。畢竟，有了錢不一定能打勝仗，隻有有了戰鬥力一流的軍隊才能做常勝將軍。
我們知道，這次參加收複新疆的部隊十分複雜，分別來自湘、川、豫、陝、皖、甘、新、吉、黑等省，可以說是一個雜牌軍隊。各軍的素質、武器裝備和戰鬥力都有很大的差別，使得調遣比較困難，不容易統一指揮。為了提高軍隊的戰鬥力，左宗棠對手中的軍隊進行了集訓、整頓。
其中，值得一提的是他注意選拔重用青年將領。比如，湘軍統領劉錦棠帶兵出關時僅33歲；羅長祜識略過人，出塞從征時隻有29歲等等，左宗棠對他們都十分賞識。
左宗棠在選拔將帥之才時，從不以個人的好惡為取舍標準。而是以“勇”、“廉”、“樸” 作為選將的標準，但居於首要地位的是德而不是才。因為如果品德不好，就是有再好的才幹也是白搭。
左宗棠在總結自己用將的經驗時曾這樣說：“如果不了解一個人就不能很好地任用他， 而不能很好地任用一個人也就不能說了解他；如果不開誠布公，就無法得到人心；如果不獎勵一個人的長處，庇護他的短處，就不能讓一個人全心效力。”
左宗棠的這套具有辯證色彩的用將之道，使他統率的湘楚軍不斷壯大，許多名將的才能和智慧在反侵略戰爭中得到了充分的發揮。
左宗棠從不任人唯親，他嚴格要求將領們做到“忠”、“誠”、“公”、“廉”、“勤”， 即以“忠義”倡其勇敢之氣；對部下以誠相待；秉公行賞議罰；廉潔為官；勤以練兵。而這五點左宗棠都能以身作則，所以他在軍中才有了較高的威信。
另外，沒有嚴明的軍紀，就沒有驚人的戰鬥力。所以，嚴肅軍紀是融洽軍民關係，提高部隊戰鬥力不可缺少的措施。左宗棠知道軍紀的重要性，所以他曾經多次傳令入疆的部隊， 要求加強軍紀。左宗棠一旦發現不守軍紀的部隊，馬上采取斷然措施，予以處理。
據有關記載，隻要清軍到達，當地人民立時歸附，阿奇木、阿渾、玉子巴什的人們帶著酒、酪、牛、羊，夾道迎接清軍。這說明入疆清軍確實紀律較好。
左宗棠還采取了正確對待俘虜的政策。他對部將反複強調：這次進兵主要是打擊阿古柏匪幫、白彥虎等叛國逆匪和以前的叛軍。除了持械頑抗、死不悔改者以外，隻要放下武器投降的，就要加以安撫，給予資費返回原籍，安排好他們的生產和生活。