本來崇厚這次出差的主要任務是“修約、定界”，收回伊犁是重中之重。他本該親身經曆西陲，了解邊疆形勢，做到知己知彼，才能在雙方的辯論中取得優勢。
讓人大跌眼鏡的是，崇厚不願前往艱苦的西北，所以他不打算到新疆與左宗棠商議後再前往俄國，而是從南洋取道地中海、黑海前往俄國首都彼得堡。
這樣的大臣，這樣的行為，如果能收回伊犁，地球也不轉了。所以，一些有識之士十分不放心清政府給予崇厚這麼大的頭銜和權力，建議清政府另派他人。但是朝廷非常寵信這位大臣，結果，沒有人能撼動位高權重的崇厚。
十月十四日（11月8日），崇厚與頭等參讚邵友濂在人們的質疑聲中仍然從上海啟程，取海道前往俄國。十二月初八日（12月31日），崇厚等到達了俄國首都彼得堡。
對這位遠道而來的使者，沙皇政府用金錢和美女款待，目的是籠絡崇厚，引誘他上鉤。崇厚本來就不是什麼君子，在誘惑麵前敗下陣來。
不過，在談判中，清政府多次訓令崇厚，不能因為急於索回伊犁而留下後患，還有絕對不能答應割地。所以，崇厚雖然吃了並拿了沙皇的東西，但還是不敢違背這個原則。
軟的不行就來硬的。最後，沙皇政府用開戰和崇厚性命相威脅。在沙皇政府的壓力之下，崇厚一再退讓，把清政府的訓令放在了腦後。
光緒五年八月十七日（1879年10月2日），昏庸無能的崇厚擅自在克裏米亞半島與俄國簽訂了喪權辱國的《中俄伊犁條約》。按照該約，俄國雖然交還中國伊犁，但割去中國霍爾果斯河以西、特克斯河流域及穆素爾山口等要地，從而隔斷了伊犁與南疆阿克蘇等地的聯係。此外，中國還得償付俄國代為收回和守衛伊犁的費用各五百萬盧布（約合白銀二百萬兩）。並準許俄國在嘉峪關、吐魯番、哈密、古城、烏魯木齊、科布多、烏裏雅蘇台七處設立沙領事館。還要全部免除俄商在蒙古地區和新疆全境的貿易稅費。俄人在伊犁置有財產，允許照舊經營等。
消息傳開後，全國輿論嘩然，群情激憤，要求改約，人們不僅呼籲嚴懲出賣國家利益的人，而且用武力解決問題的呼聲也越來越高。
左宗棠更是義憤填膺，對俄方行徑憤慨萬分，他進一步確認了自己的判斷：伊犁問題同整個新疆問題是密不可分的，必須有強大的軍事實力才能收回伊犁。
如果是戰敗國，簽訂這樣的條約是逼不得已；如今是戰勝國，竟然還簽訂這種條約。這是哪門子道理？所以，清廷對崇厚的所為也十分的不滿意，對於是否承認這個條約有些猶豫不決，便詢問朝中重臣的意見。
作為對新疆情況最了解、最有發言權的朝廷大員，左宗棠的態度顯得尤為重要。他上奏指出：“割地求和是戰敗國所為，如今我們戰勝了，卻還要犧牲自己的利益求和，這就好像給狗投骨頭一樣，骨頭總會投完的，但狗的欲望卻不會減少。如果承認了這個不合理的條約，會後患無窮。另外，俄國人一直以為官軍很弱，所以想獨霸伊犁不還。如今看到官軍的勢力越來越強，難以長久占據伊犁，便借這次崇厚出使之際，簽訂了對我朝不利的條約。我們應該先通過外交談判爭取和平解決伊犁的問題，如果沙俄拒不交還，就要用武力收複伊犁，驅逐沙俄侵略者。”
另外，左宗棠還指出，明春解凍後，他願意親率馬步各軍，進駐哈密，在南北兩路適中之地，指揮各軍應變，一定把伊犁收回來。
在這種時刻，左宗棠本以為全國上下應該一致對外，收不回伊犁絕不罷休，沒想到朝中竟然還有不和諧的聲音。
比如，李鴻章的私心很重，為了結束西北用兵，集全國之力加強海防建設，便勸朝廷接受條約。他認為：伊犁就好像蛇足一樣，收回與否對大局沒什麼影響。既然崇厚已經簽訂了條約，就不能反悔了。否則，一旦兩國發生爭鬥，那麼俄方的要求就不會像現在這麼少了。所以隻有先全盤接受，然後再想辦法加以補救。
當左宗棠聽到李鴻章的這種言行後非常憤慨，便給總理衙門寫了一封信駁斥了李鴻章的主張。他這樣寫道：“崇厚雖然全權出使，但隻是草簽了約章，還沒有經過禦筆批準，就無所謂先允後翻了。再說，俄國占據我方領土伊犁久久不還，還騷擾我邊境，俄方理屈在先。所以，我方不僅占理，勢力也不弱，隻要萬眾一心，就能成功解決伊犁歸還的問題。”
結果，不出所料，清廷采納了左宗棠的建議，畢竟，再也沒有人比左宗棠了解新疆的事情了。再說，左宗棠手裏有一支強有力的軍隊，大不了就和沙俄幹一仗，未必就會輸。