另外，新中國成立後毛澤東同誌對陳獨秀評價的變化，對於評價陳獨秀五四時期的曆史貢獻，起了很重要的導向作用。1955年1月，毛澤東在《關於高崗、饒漱石反黨聯盟問題的報告》中寫道：“我們黨內曾經出現過陳獨秀、張國燾等著名的大叛徒，他們都是階級敵人在我們黨內的代理人。”在中共八大預備會議第一次會議上，毛澤東在談到如何糾正一些黨內同誌的錯誤時說：“像托洛茨基那種人，像中國的陳獨秀、張國燾、高崗那種人，對他們無法采取幫助態度，因為他們無可救藥。還有像希特勒、蔣介石、沙皇，也是無可救藥，隻能打倒。”
毛澤東的上述講話，雖然不是講五四時期的陳獨秀，但痛斥陳獨秀為“大叛徒”，將陳獨秀與張國燾、高崗、希特勒、蔣介石、沙皇並列而言，如此強烈的傾向性，不可避免地在錯誤評價陳獨秀政治地位的同時，對陳獨秀五四時期曆史功績的評價起到了降低作用。
於是，此後至改革開放，關於五四時期的曆史記述出現了“五四無陳論”的狀況。台港學者強調胡適在五四新文化運動中的作用，我們則強調李大釗和魯迅。在那個時期，由著名學者胡華撰寫的作為高校教科書普遍使用的《中國革命史講義》，寫到五四新文化運動時一般不提陳獨秀，隻提李大釗，有的仿照毛澤東的做法，再加一個“新文化運動的主將魯迅”。
在這樣的政治和學術氣氛中，1961年出版的國內權威工具書《辭海》，在“陳獨秀”條目中，隻字不提陳獨秀在五四運動中的領導作用，而在短短的不足200字的介紹中，充斥著“鼓吹”、“投降主義”、“勾結”、“反黨”等字眼，顯然是把陳獨秀當做反麵人物來介紹的。
一些學者由於在具體論述中不能回避陳獨秀的曆史作用，紛紛遭到批判，在“文革”中更遭到“觸及皮肉”的批鬥，“罪名”就是“為叛徒陳獨秀翻案”。
1978年黨的十一屆三中全會重新確立了“解放思想，實事求是”的思想路線，為打破陳獨秀研究禁區，創造了一定的條件。
1979年紀念五四運動60周年、1981年紀念建黨60周年時，國內學者在有關學術研討會上發表了一批重要文章，提出應該肯定陳獨秀在五四和建黨時期的應有地位和作用。
據統計，1979年全年在《人民日報》、北京大學學報和複旦大學學報等公開出版物上發表的研究陳獨秀的論文有60多篇，其中評價陳獨秀在五四時期的地位和作用的文章就有20多篇。學術界研究的新成果在1979年修訂的《辭海》中得到了體現。其中“陳獨秀”條目有這樣與以往不同的表述：“由於他在五四運動時期的名聲，被選為黨的總書記。”這裏雖然沒有明確說明陳獨秀在五四運動中的領導者地位，但點出了陳獨秀在五四運動時期的影響，在當時是一個可喜的現象。
1981年7月17日，《人民日報》在頭版頭條發表毛澤東在1945年4月21日中共七大預備會議上的講話。中央黨報向人民大眾披露毛澤東對陳獨秀的正麵評價，為客觀研究陳獨秀提供了一個重要的政治信號。隨後，對五四時期陳獨秀的研究有了進一步發展。有學者大膽提出：新文化運動是陳獨秀通過創辦《新青年》發動起來的，陳獨秀通過在組織上領導新文化運動的主要陣地《新青年》而領導了全國的新文化運動，魯迅當時是一位在新文化運動的主將領導下“聽將令”行事的優秀戰士。
1989年紀念五四運動70周年之際，在北京召開了首次全國性陳獨秀學術研討會，會上對陳獨秀五四時期的重要貢獻作了進一步肯定。同年修訂出版的《辭海》，再次吸收了學術界、理論界的研究成果，明確指出“陳獨秀是五四新文化運動的主要領導人之一”。之後，“陳獨秀是五四新文化運動的領袖”的提法開始見諸報刊和著作之中。
進入21世紀，“陳獨秀是五四運動的總司令”的提法開始得到廣泛認同。
2001年，為紀念中國共產黨成立80周年，《北京青年報》開辟專欄介紹80位重要黨史人物，介紹陳獨秀的文章標題就是“陳獨秀：五四運動總司令”。2002年出版的著名黨史專家龔育之的《黨史劄記》中，有一篇《講科學反迷信是黨的傳統：五四時期》，其中明確指出：“‘五四運動的總司令’，後來成為建黨初期領導人的陳獨秀，就是一位用科學反對迷信的衝鋒陷陣的戰士。陳獨秀主持的《新青年》雜誌，成了新文化運動的司令部，也是提倡科學反對迷信的指揮所。”