災童收容所解散後，清水從日本國內相關慈善團體收到了300日元酬謝金。加上給災民做棉衣剩餘的200日元，清水用這區區500日元，於1921年5月，在北京朝陽門外開辦了一所“崇貞學園”（創立之初叫“崇貞工讀女學校”）。
當時的朝陽門外，是北京社會?底層的貧民窟。“運河停止使用二十年，清朝被推翻、八旗兵撤走十年，朝陽門外所有的人都失業了，可以賣的東西一個不留地都賣了，如果再想賣，就隻有女兒和妻子了……所以那個時候朝陽門外成了‘丫頭’的產地……做‘野雞’、‘租妻’、‘暗門子’的人很多。‘野雞’就是英語streetgirl之意，‘租妻’就是把妻子租借給別人，‘暗門子’就是夜晚站在街頭賣身的良家女子的意思。”正因此，“我們選擇在朝陽門外進行女子教育的最初動機其實就在這裏。……我們就取崇高的貞操、貞潔的貞操之意，選用了‘崇貞’二字作為學校的校名……我在想，隻要教授給朝陽門外的女子們自立之路，那麼就一定不會再有人去賣貞操了”。
崇貞學園的校徽是“3H”，即奉行“hand”（手）、“head”（頭）、“heart”（心）的所謂“3H主義”，提倡工讀，“通過動手來培養愛心，通過勞動來開發智力，產生新的智慧”，且為學生們所做的每一件手工品支付工錢，以鼓勵自立精神。在清水及其先後兩任夫人清水美穗和清水鬱子的努力下，崇貞學園成為麵向北京當地底層貧困家庭和海外日本人、朝鮮人的著名基督教女子學校，一個充滿愛的東亞國際大家庭。
清水同情弱者和弱小民族，即使在戰時，對那些喪失祖國、不得不以日本“屬國”民的身份僑居中國的朝鮮人子女，他也諄諄教誨她們要積極學習祖國的母語、敢於穿朝鮮的民族服飾，為民族的複興和自立做好準備，並以身作則，凡重要儀式，每每以中、日、朝三種語言互譯，特意與夫人穿朝鮮的長袍合影留念。
1945年8月15日（日本戰敗日），上午11時，校長清水召集學園全部日本學生聆聽天皇的“玉音放送”。彼時，全校共有500名中國學生和近200名日本學生。而這200名日本女生，其實三分之二都是朝鮮人。聽完“玉音放送”，清水把日本接受《波茨坦公告》的事情跟學生們做一說明，接著發表了一段即席演講：
朝鮮成為一個獨立的國家了。很長一段，我們和你們在一起，以同一國民相待。但是，從今天開始你們是朝鮮國民。今後也希望我們能互相愛護，互相幫助。為了朝鮮成為一個偉大的國家，希望大家好好幹。祈願上帝保佑你們。
演講結束時，清水高呼“朝鮮國萬歲，萬歲，萬萬歲”的口號，大家也跟著喊起來。這成了清水在崇貞學園所做的“最後的演說”。
1945年11月8日，崇貞學園作為敵產，被北京市教育局接管。清水夫婦及所有的日本教師和女生，被要求限期離境。“每個人都是兩隻手把能拿的東西都拿上，能背的東西都背上了。就這樣，我們所有的一切都在瞬間化為烏有，我們真的幾乎什麼也沒有帶，就被勒令離開了居住了30年的熟悉的朝陽門外。”
在離校前，清水安三與妻子清水鬱子曾於1946年2月聯名致信蔣介石和宋美齡這對基督徒夫婦，信中說：“愚夫婦之來中國為鄰邦服務乃上帝所指示，因而從未希望得到任何報酬，背負十字架亦為吾人樂於擔任之義務也……愚夫婦向秉上帝意旨，為貴國人民服務，此後盼能永久居留中國，為中國之友。”但他們居留中國的願望終未實現。清水一生為自己在朝陽門外所從事的教育事業而自豪，平素為人揮毫題字，無不以“北京朝陽門外清水安三”的字樣落款，對自己的藏書也鈐同樣的印章。
回國後，清水夫婦於1946年5月在東京創業了著名的“櫻美林學園”，清水自任園長。至1966年，櫻美林學園已發展成從幼稚園、小學、初高中，到短期大學、普通四年製大學的著名基督教綜合教育機構。而其在中國創辦的崇貞學園，則在抗戰結束後更名為北平女子第四中學；新中國成立後，為北京市第四女子中學、朝陽中學；1991年，再度更名為北京市陳經綸中學。當年崇貞學園的校舍直至1985年還在使用。
1988年1月17日，清水安三病逝，享年96歲。他的半身塑像，至今仍立在陳經綸中學的校園裏。
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