很多神秘動物專家、生物學家以及地質學家對尼斯湖的不明生物有著多種解釋。很多人認為這可能是一種之前沒被人發現的史前遺獸。這種情況在過去也曾發生過，人們曾經在海洋和陸地上發現了好幾種曾認為是很早就已經滅絕的古代生物。
但是尼斯湖“水怪”是史前遺獸的學說有一些很難解釋通的地方。這是因為，地質學家對尼斯湖的地質起源進行了研究，發現尼斯湖處於兩個地質斷層之間，曆經幾次冰河時期的侵蝕才慢慢形成湖泊，每次的侵蝕都使湖變得更深一些，後來與大海相通，最終形成了尼斯湖。
地質學家認為，尼斯湖在每次冰河時期，都被厚厚的冰層覆蓋，表層完全凍結。這樣寒冷的條件，大型動物隻有溫血哺乳動物有可能生存下來，而蛇頸龍是冷血動物，在尼斯湖生存下來的可能性非常小。
另外，尼斯湖的湖水非常渾濁，水中光線不足。因此尼斯湖中的生物並不多，大型動物能在這種環境下獲取足夠的食物以保證繁衍嗎?
還有一種解釋，“水怪”是尼斯湖的另一種大型魚類——鮭魚，最大的鮭魚個體可長達4～5英尺(12～15米)長。也有可能是從海洋中偶爾逆水而上的鱘魚或鰻魚，這些魚類的個體也很大。
但目擊者不接受這些解釋，他們堅信他們看到的不是這些魚類——這些魚類的外形與他們所見到的“水怪”外形相差太大。
1981年，在尼斯湖水深超過213米的地方，竟然發現了北極嘉魚的蹤影。據此人們心中不免產生疑問：是否有可能還有其他未知生物生存於湖底呢?
還有一些科學家們表示，所謂的“水怪”，其實隻是幾條生長在湖中的百年老鰻魚。
科學家們依據拍攝到的“水怪”影片，以及對湖中生態的判斷，所謂的尼斯湖“水怪”，實際上是好幾條七八米長的老鰻魚，年紀大概超過了100歲。這些住在尼斯湖裏的鰻魚，通常長到10歲大就會遊進大西洋，遊到美國佛羅裏達州產卵，然後老死。但是有些鰻魚因為沒有繁殖能力，於是就留在尼斯湖中，加上沒有任何天敵，鰻魚越長越大，就成了大家眼裏的“水怪”。
1982年5月，工程師羅伯特·克雷格在英國《新科學家》雜誌上撰文稱：“尼斯湖‘水怪’並不是動物，而是古代的鬆樹。他說，一萬多年前，尼斯湖附近長著許多鬆樹。冰期結束時，由於冰雪融化，湖水上漲，許多鬆樹深埋湖底。後來因為樹幹內的樹脂排到表麵，使樹內產生的氣體排不出來，於是這些鬆樹有時就會浮上水麵。它們在水麵上釋放出一些氣體後又沉入水底。這在遠處的人看來，就像是‘水怪’的頭頸和身體。”
但這種觀點無法使那些聲稱親眼目睹了“水怪”的人們信服。而且在20世紀70年代，人們幾次拍下了水怪的照片。因此仍然有很多人相信尼斯湖中確實有“水怪”。
尼斯湖“水怪”究竟是什麼?是鱘魚，是史前動物，還是外星生物?
一位名叫謝恩的研究者曾經宣稱，這個困擾世人的蘇格蘭之謎可能什麼也不是，隻是湖麵下的暗流而已。
為了對世人所稱的尼斯湖“水怪”之謎做出科學解釋，25年來，謝恩一直在測量尼斯湖的水溫，探究其潮汐模式。謝恩解釋，尼斯湖的狹長形狀及迎著西南風的位置是產生暗流的原因。
他認為，“水怪”很可能隻是大範圍的湖下暗流。他已經建立了一套激光驅動的裝置來向人們再現這一潮汐現象。1993年，謝恩還曾提出尼斯湖“水怪”隻是一條大魚之說，並向湖中放養了一條波羅的海鱘魚以做試驗。
但是一位叫卡麥隆的目擊者卻堅稱，他在1965年的一個夜晚看到的“怪物”絕不是謝恩所述的鱘魚或潮汐現象。
卡麥隆說：“我看到的那個龐然大物肯定長有像腦袋那樣的東西。”
卡麥隆的陳述得到了其他七名目擊者的認同。卡麥隆稱這頭“怪物”浮出水麵達50分鍾之久，也是史載最長的一次目擊。