在此簡要敘述一下各派假說的論據：
(1)蛇頸龍說
最初，有人認為是鯨魚、鯊魚，也有人說是海豹、海龜。但是這幾種猜測，依照留下的3個證據都被一一否定了：鯨魚的頸骨比怪物短；鯊魚的脂肪藏在肝髒裏，而怪物則在表層；最大的海豹長5~6米，最大的海龜長2米，都比這個10米長的怪物要小得多，並且骨骼也不同。
於是人們懷疑它是蛇頸龍。其中一個主要的依據是蛇頸龍有和它一樣長的頸。許多學者欣喜地宣布：它是“活著的蛇頸龍”。
日本橫濱國立大學的鹿間時夫教授認為：“從照片上看，它僅限於爬行類，然而可以考慮太古時代存活過的蛇頸龍，我們可能發現了名副其實的活著的化石。”
日本國立科學博物館古生物第三研究室小島鬱生也說：“從照片看來，這個‘怪物’好像是蛇頸龍後裔。蛇頸龍有兩種，一種是頭小頸長，一種是頭稍大頸短。這似乎是頸短的一種……”
法國自然博物館副館長包雪女士以及幾位新西蘭生物學家都同意這種說法。
的確，怪物與蛇頸龍有著極其相似的地方。人們以“怪物”骨骼圖與蛇頸龍的化石做了比較，無論是整個骨架結構，或者局部的鰭、尾、頸，兩者都很相似。當然矢野的怪物骨骼圖是根據他的目測來畫的，並不一定完全準確，但從很大程度上成為支持蛇頸龍說的重要根據。
(2)鯊魚說
但是不久，東京水產大學對怪物的須條進行了蛋白質分析，發現它的成分酷似鯊魚的鰭須。一時間，“巨鯊”、“一種未見過的鯊魚”的說法又充滿了報紙。此時，英、美一些國家的生物學家也偏向這一觀點。
英國倫敦自然史博物館的奧韋恩·惠勒說：“這個東西大概是鯊魚。以前在世界各地曾發現許多別的怪物，結果弄清楚後，都是死鯊魚。鯊魚是一類軟骨魚，它們沒有硬骨架。當鯊魚死後，屍體逐漸腐爛時，頭部和鰓部先從軀體脫落，這樣就形成一個細長的‘頸’，末端像個小小的頭。許多日本漁民，甚至更為內行的人都被怪物那類似蛇頸龍的形狀所愚弄……”
這種說法似乎很有道理，一時間許多持有蛇頸龍說法的人也都放棄了自己原來的主張。“怪物是鯊魚”仿佛已成定論。
但是，經過再次測試須條，又不能肯定它是鯊魚了，加上一部分學者堅持爬蟲說，鯊魚說又開始動搖。
的確，根據科學家和日本記者的現場調查，有人提出了種種否定它是鯊魚的根據：
其一，鯊魚的肉是白的，而怪物的肉則是赤紅的。
其二，當船員們把它撈上來時，現場沒有一個人懷疑它是鯊魚，為什麼呢?原來，鯊魚沒有排尿器，體內積蓄的尿是利用海水的浸透壓力，從全身排出的。因此，鯊魚的肉有一種尿臭味，有經驗的漁民都會聞出來。船上的漁民們正是由於這一點而否定了它是鯊魚。
其三，如果真是鯊魚，那麼具有軟骨架的鯊魚，在死了半年之後，是絕對不會被起重機吊起來的。因為鯊魚的軟骨架絕對經受不住大約兩噸的自重。這是否定鯊魚說的一個重要論據。
其四，怪物有較厚的脂肪層，包裹在全身的肌肉上，而鯊魚隻在肝髒裏才有脂肪。
於是，從鯊魚說又轉到爬蟲動物說。證明怪物可能是爬蟲動物還有一個重要的論據，即怪物的頭部呈三角形，這是爬蟲動物獨具的特點。
1977年9月1日和19日，在東京召開了兩次有關怪物身份問題的學術討論會。參加會議的人有魚類、化石、鯨魚、古生物學、比較解剖學、生物化學、血清等方麵的學者共19人。他們研究了“怪物”的照片、草圖和鰭須的組織切片，進行了認真的討論，寫了9篇論文。
綜合兩次座談會的討論意見，會議主持人、東京水產大學校長佐木忠義於同年12月15日下午向報界發表了座談會的結論：
(1)從怪物鰭端須條的化學成分來看，它不是鯊魚；
(2)從怪物的兩對腹鰭、長身體、長尾巴以及身體表麵都是脂肪等特點來看，是和迄今已知的魚類完全不同的一種動物；
(3)在分類學上，很可能是一種人類未認識的動物(海棲爬蟲類)。
現在，人們都盼望在南緯43°53′，東經173°48′曾經打撈上怪物屍體的地方，有一天會再現“怪物”的蹤影。或許它正是人們所期待的史前爬行動物。
可是隻要沒有真正找到水怪，這個謎就不能揭開。直到現在，人們對於水怪是否存在仍然爭論不休。
正如英國作家齊斯特說：“許多嫌疑犯的犯罪證據，比“尼斯湖水怪”存在的證據還少，但最後也都被絞死了。”
這真是對神奇而又微妙的“尼斯湖水怪”之謎一個非常幽默的評價。