海關行政複議機關是作出具體行政行為的海關的上一級海關或者作出具體行政行為的幾個海關的共同上一級海關。海關總署作出具體行政行為時，複議機關是海關總署。海關總署與國務院其他部門共同作出具體行政行為時，海關總署與國務院其他部門共同作為複議機關。根據《海關行政複議辦法》第4條的規定，海關行政複議機構履行下列職責：受理行政複議申請；向有關組織和人員調查取證，查閱文件和資料，組織行政複議聽證；審查被申請行政複議的具體行政行為是否合法與適當，擬定行政複議決定，主持行政複議調解，審查和準許行政複議和解；辦理海關行政賠償事項；依照《行政複議法》第33條的規定，辦理海關行政複議決定的依法強製執行或者申請人民法院強製執行事項；處理或者轉送申請人依照本辦法第31條提出的對有關規定的審查申請；指導、監督下級海關的行政複議工作，依照規定提出複議意見；對下級海關及其部門和工作人員違反行政複議法、行政複議法實施條例和本辦法規定的行為依照規定的權限和程序提出處理建議；辦理或者組織辦理不服海關具體行政行為提起行政訴訟的應訴事項；辦理行政複議、行政應訴、行政賠償案件統計和備案事項；研究行政複議過程中發現的問題，及時向有關機關和部門提出建議，重大問題及時向行政複議機關報告以及其他與行政複議工作有關的事項。
對受理複議申請後如何審理複議，《行政複議法實施條例》規定，行政複議機構審理行政複議案件，應當由2名以上行政複議人員參加，必要時，可以實地調查核實證據；對重大、複雜的案件，申請人提出要求或者行政複議機構認為必要時，可以采取聽證的方式審理。《海關行政複議辦法》則規定，海關行政複議案件實行合議製審理。合議人員為不得少於3人的單數。對於事實清楚、案情簡單、爭議不大的海關行政複議案件，也可以不適用合議製，但是應當由2名以上行政複議人員參加審理。合議人員的資格要求為海關行政複議機構負責人指定的行政複議人員或者海關行政複議機構聘任或者特邀的其他具有專業知識的人員擔任。被申請人所屬人員不得擔任合議人員。對海關總署作出的具體行政行為不服向海關總署申請行政複議的，原具體行政行為經辦部門的人員不得擔任合議人員。該辦法規定具備：申請人提出聽證要求，申請人、被申請人對事實爭議較大，申請人對具體行政行為適用依據有異議，案件重大、複雜或者爭議的標的價值較大，海關行政複議機構認為有必要聽證的其他情形這五種情形之一的，海關行政複議機構可以采取聽證的方式審理行政複議。
在自受理之日起60日內，重大疑難案件在受理之日起90日內作出維持、變更、撤銷具體行政行為的決定，《行政複議法實施條例》規定，行政複議機關在申請人的行政複議請求範圍內，不得作出對申請人更為不利的行政複議決定。《海關行政複議辦法》在此基礎上進一步規定，被申請人不得作出對申請人更為不利的具體行政行為，除非有如下情形：1.不作出對申請人更為不利的具體行政行為將損害國家利益、社會公共利益或者他人合法權益；2.原具體行政行為適用法律依據錯誤，適用正確的法律依據需要依法作出對申請人更為不利的具體行政行為；3.被申請人查明新的事實，根據新的事實和有關法律、行政法規、海關規章的強製性規定，需要作出對申請人更為不利的具體行政行為；4.其他依照法律、行政法規或者海關規章規定應當作出對申請人更為不利的具體行政行為。
行政複議期間海關具體行政行為不停止執行，但有《行政複議法》第21條規定情形之一的，可以停止執行：第一，被申請人認為需要停止執行的；第二，行政複議機關認為需要停止執行的；第三，申請人申請停止執行，行政複議機關認為其要求合理，決定停止執行的；第四，法律規定停止執行的。
三、行政訴訟
行政訴訟是公民、法人或者其他組織認為海關的具體行政行為違反法律，侵犯其合法權益，向法院起訴，要求判決海關撤銷、變更或者作出具體行政行為的活動。行政訴訟主要是對海關的具體行政行為實施合法性審查，在整個訴訟過程中，由海關負舉證責任，並且不實行調解。涉及海關的行政訴訟在法院的管轄上由中級人民法院作為一審法院，不可通過指定管轄加以變更。
因不服海關具體行政行為而提起的訴訟主要涉及納稅爭議、關於報送資格等的行政許可、對走私違規行為的行政處罰等。公民、法人和其他組織認為海關的具體行政行為違反法律規定、對其合法權益造成了侵害，如果經過行政複議程序的，必須在收到複議決定書之日起15日內向人民法院提起訴訟；對複議機關逾期不作決定的，申請人可以在複議期滿之日起15日內向人民法院提起訴訟；如果直接向人民法院提起訴訟的，應當在知道作出具體行政行為之日起3個月內提起訴訟。法院在審理涉及海關處理案件的行政訴訟時，除審查海關具體行為的合法性外，還對海關具體行政行為的程序進行審查。《行政訴訟法》明確規定違反法定程序的具體行政行為判決撤銷或者部分撤銷，並可以判決被告重新作出具體行政行為。
法院在審理案件後，根據不同情況作出維持和撤銷海關具體行政行為的判決。和其他判決一樣，行政訴訟案件實行兩審終審的審判製度。對判決後敗訴一方拒不執行法院判決的，海關可以依法強製執行，公民、法人或者其他組織可以申請法院強製執行。
四、國家賠償
海關在執法過程中對相對人造成損害的，需依《國家賠償法》的相關規定進行賠償。《海關行政賠償辦法》把海關的賠償分為行政賠償和查驗賠償。行政賠償是指海關及其工作人員違法行使行政職權造成公民、法人或者其他組織損害，依法給予的賠償；查驗賠償是指海關依法對進出境貨物、物品實施查驗而發生的損害。因此，海關的賠償主要分成違法行政的賠償和依法查驗的賠償。但是總體而言，無論是違法行政的賠償還是查驗賠償，實際都屬於行政賠償的範疇。
違法行政主要侵犯的是公民、法人或者其他組織的人身權利和財產權利，包括：
1.違法扣留公民的，具體包括：對沒有走私犯罪嫌疑的公民予以扣留的；未經直屬海關關長或者其授權的隸屬海關關長批準實施扣留的；扣留時間超過法律規定期限的；有其他違法情形的。
2.違法采取其他限製公民人身自由的行政強製措施的；
3.非法拘禁或者以其他方法非法剝奪公民人身自由的；
4.以毆打等暴力行為或者唆使他人以毆打等暴力行為造成公民身體傷害或者死亡的；
5.違法使用武器、警械造成公民身體傷害或者死亡的；
6.造成公民身體傷害或者死亡的其他違法行為；