此時身兼四部侍郎，公務實在忙不過來，他也沒心思再去想江忠源。人各有誌，怎麼能讓別人照自己的想法去生活呢？
曾國藩在翰林院時，時常與倭仁、唐鑒等人聚會講學，每天記日記，此時已中斷了幾年。劉傳瑩曾給他的書齋題額“養德養身綿綿穆穆之室”，如今劉傳瑩已經作古，他不勝哀傷，決心仿照程頤讀書日程之意，堅持寫日記，取名《綿綿穆穆之室日記》。他解釋說：“自戒懼而約之，以至於極中而天地位，此綿綿者由動以之靜也。自謹獨而精之，以至於極和而萬物育，此穆穆者由靜以之動也。由靜之動，有神主之；由動之靜，有鬼司之。終始往來，一以貫之。”
他給自己規定，每日自課八件事：讀書，靜坐，屬文，作字，辦公，課子，對客，複信。突然遇事心生感觸，就在日記眉上記錄。
2.懲辦琦善
鹹豐元年八月，欽派曾國藩順天府鄉試搜檢大臣。他兼刑部侍郎，分管審理刑曹，事物極其繁雜。每天值班奏事，再入署辦公，更加沒有空閑時間。他便見縫插針，在下班和飯後，擠出時間讀書。凡經世之務及在朝掌故，都分門別類記錄，共十八門。
曾國藩剛去刑部管事不久，就碰上了一件十分棘手的大事。
原來，陝甘總督琦善在青海興師剿匪，言官彈劾他妄殺無辜回民，欽派薩迎阿赴青海省城西寧查辦。薩迎阿調刑部司員梁照與奎椿等四人隨同審訊，查實琦善逼供無辜回民十四人屈打成招，實屬罪責難逃，奏請將琦善交刑部治罪。鹹豐皇帝令薩迎阿代理陝甘總督，著刑部差員赴青海押解琦善進京。
提起琦善，上至朝廷大臣，下至黎民百姓，許多人都不陌生。
琦善，滿族正黃旗貴族出身。大清國的臣民都知道，朝廷一向重用滿族旗人而排斥漢人。琦善沾了是滿族正黃旗貴族的光，在嘉慶年間很快升為河南巡撫。這是個不學無術的官僚，督辦治理黃河工程失職，被嘉慶皇帝革職。而道光皇帝登基，又被任命為山東巡撫、兩江總督。又因為河工等事失職，被道光皇帝革職。道光十九年，林則徐奉旨前往廣州禁煙，繳獲英夷鴉片兩百多萬斤，在虎門全部銷毀，國人無不稱快。英夷不甘心失敗，進攻廣州失敗，繞道北上直達天津。道光皇帝驚駭，派琦善為欽差與英夷交涉。琦善將英夷北上侵犯的責任推在林則徐身上，皇上便將林則徐革職，發往新疆軍前效力。琦善畏懼英夷船堅炮利，私自與英夷頭目義律簽訂《穿鼻條約》割讓香港。道光皇帝震怒，將琦善鎖拿進京，也發往新疆軍前效力。道光二十九年，琦善被起用為陝甘總督兼青海辦事大臣。想不到，鹹豐皇帝剛登基一年，他竟然妄殺無辜邀功。
既然欽差大臣薩迎阿查實琦善有罪，奏請將他交刑部治罪，刑部司員已赴青海押解琦善進京，刑部就得按律審查處分。然而，事情並沒有這麼簡單。琦善上折千餘言，聲稱是薩迎阿陷害他。滿族官員是大清柱石，彼此盤根錯節，一人有難八方呼應。琦善長期擔任要職，他提拔的官員也不少，不惜為他賣力奔走。誰都知道，青海回民叛亂，琦善帶兵剿匪，官兵誣良為匪的事情多了去，誰能說琦善有多大的罪責呢？刑部派出的司員還在途中，京師蒙滿官員已經策劃於密室，聚會於茶樓，商量解救琦善的辦法了。
世上沒有不透風的牆。更何況，這些人狂傲得很，公然宣稱大清是咱滿人的大清，皇上是咱滿人的皇上，根本就沒有多大顧忌。所以，京師官場和市井坊間，都說琦善大人隻不過虛驚一場，真正倒黴的還不知是誰呢！
邵懿辰時任刑部郎中、軍機處章京，最先聽到這些消息。一天傍晚，邵懿辰來到曾府，沒等落座，便憤憤地說：“滌生大人，你如今是刑部侍郎，那些滿官四處聯絡，要替琦善翻案，你可得主持正義！”
“位西兄稍安勿躁，先喝杯茶消消火氣。”曾國藩知道邵懿辰學識淵博，性情比自己還要戇直，到了嫉惡如仇的程度，親自給他倒了一杯茶，然後沉思說：“琦善有罪，欽差薩迎阿奏請將他交刑部治罪，刑部司員已前往青海，他們有這麼大能耐翻案嗎？”
邵懿辰恨聲說：“滌生大人，在下說句不敬的話，朝廷說滿漢一家，其實‘蒙滿一體’才是大清國體，皇上對犯事滿官格外優容。那些滿官相互呼應，琦善過去屢次革職，不就是這麼東山再起的嗎？琦善喪權辱國，早就該嚴懲治罪以謝國人了。如今老天有眼，琦善被押解進京，你是刑部侍郎，可不能便宜了他！”
曾國藩深知，大清開國以來，曆代皇帝從骨子裏牢記大清是滿人的大清，康熙和乾隆夠得上聖明的君主，一直執行重滿抑漢的政策。這是大清的國策根本底線，誰也不能觸碰。琦善雖然有罪，他畢竟是滿官，沒準皇上又會赦免他，嚴懲琦善談何容易！剛經曆了上《敬陳聖德三端預防流弊》折的風波，他更加謹慎了。沉吟再三，才說：“位西兄，國藩雖兼刑部左侍郎，畢竟恒春是刑部尚書，眼下事體不明，還得從長計議才好。”
邵懿辰看出他的心思，撅嘴說：“滌生大人，在下官小位微，沒有你那麼多顧忌。我想好了，欽差薩迎阿也是滿官，我就用皇上轉給刑部薩迎阿奏疏上的批示，坐實琦善的大罪，叫恒春他們也無從袒護！”
曾國藩隻得說：“位西兄心懷忠義，國藩感佩，卻不能不投鼠忌器。我思之再三，此事關係重大，待琦善被押解到京，我自然會相機行事。”
“好！反正我準備豁出去了，望滌生大人鼎力相助，不要辜負了朝野期望。”邵懿辰知道曾國藩生性謹慎，隻得起身告辭。