閏八月，琦善被押解到京，投入刑部監獄。當時薩迎阿代替琦善任職，自然不能進京詳細敘述。琦善是先皇重臣，鹹豐皇帝慎重考慮，欽派軍機大臣坐鎮，會同刑部三法司會審。曾國藩身居刑部左侍郎，自然參與會審。
這一天，軍機大臣舒興阿來到刑部大堂，刑部三法司官員將琦善帶上來。曾國藩注意到，琦善麵色紅潤，判斷他押解進京途中並沒有受苦，心裏明白了八分。
恒春是刑部尚書，理當首先發言。他沉著臉說：“琦善，你在青海剿匪妄殺無辜，薩迎阿大人奉旨查訪，件件屬實，今日你有何話說？”
琦善被革職，仍然擺出一等公爵的派頭辯護：“尚書大人，諸位堂官，本官率師剿匪，乃職責所在，何罪之有？本官部下俘獲太平軍，經審訊招供清楚，也是罪嗎？薩迎阿原來隻是伊犁將軍，本官調他協同剿匪，他辦事不力，遭本官訓斥而懷恨在心誣告陷害，為的取代本官總督職位，請大人明察！本官來時寫得有折子，告薩迎阿陷害忠良！”
被告變成了原告，這讓三法司官員十分驚詫。曾國藩看了邵懿辰一眼，邵懿辰愣住了。恒春卻顯出持重的神色，對軍機大臣舒興阿說：“舒大人，琦善說他有折子，告薩迎阿陷害，您看該怎麼辦？”
舒興阿看了琦善一眼，麵無表情地說：“琦善雖說有罪，畢竟還是一品大員。他既然有折子，就讓人收上來，看看他說什麼，再由皇上處置。”
恒春點點頭。邵懿辰主動上前，拿過琦善的辯護折子。琦善的折子洋洋千言分為十九條，顯然是有人替他精心策劃，處處說自己一心為國，攻擊薩迎阿陷害。看了這些，邵懿辰義憤填膺，逐條言辭駁斥。
琦善惱羞成怒地說：“我堂堂一等公，懶得理睬你區區六品郎中！”
邵懿辰氣得渾身發抖，恒春卻不悅地衝他揮手：“下去吧，這裏沒你說話的分！”官大一級壓死人，邵懿辰隻得含恨退出，看了曾國藩一眼。
舒興阿拿過琦善的折子，細細看了一遍，喟歎說：“琦善和薩迎阿各執一詞，薩迎阿現在署理陝甘總督，究竟孰是孰非，一時還難以決斷。”隨手將折子遞給恒春。
恒春看了，沉吟說：“薩迎阿大人是個武官，他原來的奏章，多半是從刑部調去查辦的四個司員寫的。看來，得將那四人叫來，跟琦善當麵對質才行。”
“尚書大人所言極是。”舒興阿連連點頭，“如果是誣告，當按律以反坐論處！”
下麵的琦善興奮起來，高聲說：“二位大人英明，本官願和那幾個奴才當麵對質！”
眼看堂上堂下相互呼應，一場三法司會審就這麼顛倒過來，那些刑部主事郎中們一個個心驚膽戰目眩神迷。邵懿辰膽大敢於言事，是刑部屬官的中堅，已經被堂官嗬斥下去，讓他們心灰意冷。這四個司員是他們的同僚，當初隨同薩迎阿去青海參與審訊，原本是奉旨辦差，竟然成了反坐罪加一等，今後誰還敢出去辦差？他們心知肚明，自己的頂頭上司分明是要討好權貴，不惜讓下屬當替罪羊了！自己官小位微，幫不了無辜的同僚，紛紛把眼光落在新任的左侍郎曾國藩身上。
曾國藩明白，琦善犯罪證據確鑿，務必依法嚴辦。舒興阿和恒春提出傳訊四個司員，實際上是想轉移視線，達到給琦善開脫的目的，自己豈能袖手旁觀？當即起身拱手，沉著地說：“諸位大人，琦善雖位至將相，刑部司員既然奉旨查辦，他們審查當事人，是他們的職責所在。辦案司員雖然官職卑微，按大清律法，從來沒有傳訊辦案司員與犯官到刑部大堂對質的道理，也沒有先例。他們若因此遭罰，將來如果大員有罪，誰敢過問查處？況且，皇上聖諭乃會審琦善，沒有聽說要傳訊原辦案司員。如果有必要傳訊他們，也應當奏請皇上，然後再奉旨傳訊不遲。否則，難免有違旨之嫌。”
他的話滴水不漏無隙可擊，在所有人心裏引起強烈的震撼。琦善如同挨了當頭一棒，霎時啞口無言。舒興阿與恒春麵麵相覷，連聲喃喃：“這……”“這個……”
還是舒興阿最先省悟過來：這個曾國藩不簡單！隻得陪笑說：“曾大人思慮周詳，本官佩服！依曾大人之見，此事該如何處理？”
曾國藩連忙拱手說：“舒大人言重了！國藩以為，我們奉旨辦事，就得時刻遵循皇上聖旨，才是臣子的本分。國藩以為，四個司員不能傳訊，宜將琦善大人的奏折進呈皇上，一並由皇上處置，二位大人以為如何？”
“曾大人老成謀國，隻能這樣了。”舒興阿和恒春無奈地點點頭。不能傳訊司員，琦善原來的罪名就無從否定。他們原來商量好用四個司員攪局，幫琦善免罪的計劃完全落空，心裏惱火卻說不出來。
琦善恨恨地看了曾國藩一眼。他知道，曾國藩和自己都是穆彰阿的門生，曾國藩應該幫自己解脫。萬萬想不到，曾國藩竟然咬定自己是“犯官”，反對傳訊司員，硬把局麵扳回去，實質上就是跟自己為敵嘛。
不久，琦善被革職遣赴吉林。朝中許多官員認定曾國藩跟琦善作對，就是跟整個官場作對，把他看成薄情寡義的得誌小人，漸漸跟他疏遠。至於那些刑部主事郎中們，則對曾國藩充滿敬佩。他覺得自己忠君報國贏得下屬愛戴，感覺不出官場的微妙變化。
3.聖意難測
鹹豐元年閏八月，廣西紛紛送來軍情急報：各路將領有的輕敵潰敗，有的畏縮不前，以至於太平軍養成氣候，攻陷永安府城。賽尚阿坐鎮廣西省城桂林督師，無奈糧餉不足將士不肯用命，一時難以進展。
八月二十六日，禮部考送軍機章京。二十九日，刑部也考送軍機章京。事情繁多，曾國藩事事都要參與，忙得剃頭都擠不出時間來。
九月初一日，他領同鄉京官，為湖南水災豁免錢糧具折謝恩。
十月十二日，曾國藩被欽派順天武舉鄉試大主考，沈兆霖任副主考。忙了好幾天，錄取中式武舉一百六十六名。