微生物可以通過加熱的方法被殺死。如果食物的所有部位可以在大於78度的加熱條件下持續幾秒鍾，所有的寄生蟲，病毒和細菌基本都可以被有效的殺死，除了杆狀細菌和棱狀菌。
因為它們都是抗熱型的孢子菌。隻要在溫度達到沸點以上時候，孢子才可能被殺死。而目前國內飲品生產密閉化、自動化程度不高，手工操作多，而飲品含有一定營養成分，在生產過程中隻是一次性滅菌，飲用時不再加熱處理，很容易成為微生物繁殖的良好場所。
因此在生產過程中極易造成微生物汙染，使產品變質。飲品的細菌指標不合格是影響飲品合格率的主要指標。
反映食品衛生質量或與衛生質量相關的指標，包括：水分、含氮化合物、揮發性鹽基氮、酸價等。但這些指標常常被簡單地看做一般質量指標，因而，忽視了它們對保證食品安全的重要意義。
如水分，盡管它常常用於控製食品應具有較好的口感質量，但它卻是食品中微生物生長繁殖的有利條件，水分越高，食品中的細菌越易生長繁殖，食品也就越易腐敗變質。這類指標在不同的食品中有不同的規定，但在食品衛生標準它的意義僅在於控製食品的安全與衛生質量。
反映飲品是否被汙染以及汙染程度的指標，如：菌落總數、大腸菌群等。一般說來，菌落總數的多少並不代表引起疾病發生的可能性與危害程度，但卻反映了食品在生產加工過程中的衛生狀況。
如菌落總數升高時，提示加工過程中可能存在以下問題：較重的微生物汙染源、食品的熱加工或其他消毒工藝不徹底、食品的冷卻與貯藏過程不合理、食品生產加工過程缺乏有效的衛生管理。
鑒於我國的大多數食品生產企業尚不能廣泛和全麵地應用食，品廠衛生規範或HACCP進行食品生產過程的衛生管理。所以，在我國的食品衛生標準中規定了相對於國外和國際標準更為嚴格的“菌落總數”指標。
其意義就在於：通過對終產品的菌落總數指標進行嚴格的監控，迫使企業能重視食品生產加工過程的衛生管理，並逐步全麵實施“食品廠衛生規範”和“HACCP”管理模式，真正把食品的衛生質量控製在生產過程。
從以往監測資料顯示，近年來，我國食品總體合格率穩步提升，在1998～2005年8年間，飲料食品每年合格率在53%～72%之間，2006年全國食品國家監督抽查合格率達到77.9%，2007年上半年，食品專項國家監督抽查合格率達到了85.1%。
與此同時，中國進出口食品質量保持高水平，多年來出口食品合格率一直保持在99%以上。其中影響合格率的指標主要是大腸菌群、細菌總數超標，占不合格指標的60%～90%之間。其次，色素、糖精等食品添加劑超過限量，還有個別產品鉛超標。
微生物可以通過加熱的方法被殺死。如果食物的所有部位可以在大於78度的加熱條件下持續幾秒鍾，所有的寄生蟲，病毒和細菌基本都可以被有效的殺死，除了杆狀細菌和棱狀菌。
因為它們都是抗熱型的孢子菌。隻要在溫度達到沸點以上時候，孢子才可能被殺死。而目前國內飲品生產密閉化、自動化程度不高，手工操作多，而飲品含有一定營養成分，在生產過程中隻是一次性滅菌，飲用時不再加熱處理，很容易成為微生物繁殖的良好場所。
因此在生產過程中極易造成微生物汙染，使產品變質。飲品的細菌指標不合格是影響飲品合格率的主要指標。
反映食品衛生質量或與衛生質量相關的指標，包括：水分、含氮化合物、揮發性鹽基氮、酸價等。但這些指標常常被簡單地看做一般質量指標，因而，忽視了它們對保證食品安全的重要意義。
如水分，盡管它常常用於控製食品應具有較好的口感質量，但它卻是食品中微生物生長繁殖的有利條件，水分越高，食品中的細菌越易生長繁殖，食品也就越易腐敗變質。這類指標在不同的食品中有不同的規定，但在食品衛生標準它的意義僅在於控製食品的安全與衛生質量。
反映飲品是否被汙染以及汙染程度的指標，如：菌落總數、大腸菌群等。一般說來，菌落總數的多少並不代表引起疾病發生的可能性與危害程度，但卻反映了食品在生產加工過程中的衛生狀況。
如菌落總數升高時，提示加工過程中可能存在以下問題：較重的微生物汙染源、食品的熱加工或其他消毒工藝不徹底、食品的冷卻與貯藏過程不合理、食品生產加工過程缺乏有效的衛生管理。
鑒於我國的大多數食品生產企業尚不能廣泛和全麵地應用食，品廠衛生規範或HACCP進行食品生產過程的衛生管理。所以，在我國的食品衛生標準中規定了相對於國外和國際標準更為嚴格的“菌落總數”指標。
其意義就在於：通過對終產品的菌落總數指標進行嚴格的監控，迫使企業能重視食品生產加工過程的衛生管理，並逐步全麵實施“食品廠衛生規範”和“HACCP”管理模式，真正把食品的衛生質量控製在生產過程。
從以往監測資料顯示，近年來，我國食品總體合格率穩步提升，在1998～2005年8年間，飲料食品每年合格率在53%～72%之間，2006年全國食品國家監督抽查合格率達到77.9%，2007年上半年，食品專項國家監督抽查合格率達到了85.1%。
與此同時，中國進出口食品質量保持高水平，多年來出口食品合格率一直保持在99%以上。其中影響合格率的指標主要是大腸菌群、細菌總數超標，占不合格指標的60%～90%之間。其次，色素、糖精等食品添加劑超過限量，還有個別產品鉛超標。
2.重金屬汙染
一般飲品酸度較高，如果不符合衛生要求的設備、管道容器、模具接觸時，可以從中溶出某些有毒有害的金屬，如鉛、鋅、銅等，從而使飲品受到汙染。從2002逐步形成某地自產飲品80份樣品各外埠冷飲48份樣品檢驗結果來看，都有鉛超標的產品，有的甚至超過國家標準限量幾倍多。在128份樣品中查出7份鉛超標，占55%，1份銅超標。我國曾多次發生因飲用鍍鋅白鐵桶存放的酸性飲料或用銅器盛放、熬煮的酸性飲料而中毒的事件。