這一戰，吳三桂特幸運。因為滿洲人爭功，雜遝而上，吳三桂營被落在了後麵，所以損失最小。後人總結他的三次逢凶化吉：一次是年輕時與女真兵交戰，為解救危急中的父親，吳三桂殺透重圍，“胡人重傷其容而不死”。另一次，則是與李國翰慘敗保寧，“意欲卷甲棄眷而奔，反奏凱歌”。最幸運的則為本次磨盤山之戰，“不與虜王同危”，戰死的都是滿洲戰士。
當時，永曆帝朱由榔聽得磨盤山上炮聲轟鳴，跑得比兔子還快。朱由榔在路窮茅翳的邊境線上奮力前行，不久，便消失於緬甸國的石壁峻絕之中。
至此，雲貴高原大規模用兵的時期已經過去了。雲南的當務之急已為重建政治、穩定次序。考慮到雲南一省的山川雄壯、地盤廣大，非內地人煙浩穰省份可比擬，順治十六年三月，老臣洪承疇提議孝莊太後與順治帝母子，聘請一位王公級的重量級人物坐鎮雲南，彈壓地方。洪承疇的傾向性很強。他特意強調了永曆帝寄居緬甸、李定國仍出沒於雲南邊疆的現實情況，最好請一個熟悉雲南形勢的王公出任。
孝莊太後看到這裏便發話了：咱滿洲親王肯定不能老待在那瘴氣彌漫的雲南。必須由平西、平南、靖南三藩王中找一個能幹的出任。尚可喜的能力不錯，可現在鄭成功在沿海的勢力還很猖狂，尚可喜鎮守廣東似乎是不宜挪動的。我看洪先生似乎有推薦吳三桂坐鎮雲南的意思。洪先生的眼光一向是不錯的。
因此，清朝以異姓王分鎮西南與東南諸要害之地，實發議於洪承疇。
開始，順治帝的決定是：異姓三藩王中，吳三桂鎮雲南，尚可喜鎮廣東，耿繼茂鎮四川。後來，順治帝考慮尚、耿二人配合默契，為增加抵抗鄭成功的力量，就把耿繼茂的駐鎮地移到福建。
順治十七年四月，吳三桂給順治帝上了一道《三患二難》的奏折，自告奮勇地要求出兵緬甸，徹底解決朱由榔這個後顧之憂。
順治十八年八月二十四，吳三桂、征西將軍愛星阿兵分兩路，由昆明向緬甸挺進。當時，緬甸國王莽猛剛立。莽猛設計殺掉了朱由榔的親信大臣沐天波、馬吉翔、李國泰等40餘人。這就是南明史上令人泫然淚下的“咒水之難”了。十一月初九，綠營兵總兵馬寧、副都統石國柱以及降將祁三升、馬寶等人抵近緬甸木邦。吳三桂、愛星阿正式致書緬甸國王，要求引渡朱由榔。緬甸國王莽猛爽快諾之。於是，劉健《庭聞錄》中記載說：“十二月初二日，吳三桂遣高得捷等往迎，是日日昃，緬紿永曆曰：‘晉王李定國至矣。今送帝出就晉王軍。’縛竹椅為肩輿舁永曆入舟，及岸，水淺舟膠，高得捷負以登岸。永曆問其名，曰：‘臣平西王前鋒高得捷也。’永曆曰：‘平西王，吳三桂也。今來此乎！’遂默然。初三日，永曆至舊晚坡。”
據當地居民流傳，當年，當朱由榔與他的眷屬押到昆明的雞鳴橋之時，時值寒冬，又是淩晨，昆明城的雄雞忽然泣聲報曉。東方的天色如血。百姓默默起床前來迎接永曆帝者，皆歔欷不已。昆明草木曆曆可數，有風淒然而過。如此，康熙元年(1662年)四月，朱由榔、朱慈烺和國戚王維恭的兒子，被抬到五華山西麓之金蟬寺內，由吳三桂部屬用弓弦絞殺。後人因此稱該地為“逼死坡”。
這就是一個氣象宏敞、風日清美之偉大大明帝國的最終落幕。
最後，再交代一下兩個主要人物的最終結局。李定國自朱由榔被逮捕後，不再有任何作為。他聽到朱由榔罹難的消息之後，大慟投地，“不食三日”。大約於康熙元年六月，一縷忠魂即追隨故主朱由榔而去了。臨死前，李定國曾經叮囑兒子李嗣興，“寧死荒微，無降也!”但是，荒坡野嶺的苦日子李嗣興實在是受夠了。不久即以殘部投奔了吳三桂。
至於孫可望，吳偉業則在《鹿樵紀聞》中記載：順治十七年(1660年)十一月，孫可望在一次隨從出獵時，被清兵用箭誤射而死。聽過這個消息，大明朝遺民方文先生曾寫詩感歎其事：“南海降王款北庭，路人爭擁看其形。紫貂白馬蒼顏者，曾攪中原是殺星。”