方拱乾，字肅之、號坦庵，安徽桐城人氏。其家族為當地綿繹數百年的名門望族，明清兩代多出官宦，亦多出學界名流，清代文壇上有名的“桐城派”便有很多人來自於方家。方拱乾自己也是明末清初的著名詩人。明萬曆四十六年（1618年）中舉人，十年後中進士。崇禎十三年（1640年）授編修，再晉升詹事府少詹事。入清後出仕少詹事、宏文院侍講學士，頗為順治帝所敬重。
方拱乾生有六子：玄成（孝標）、亨鹹、育盛、膏茂、章鉞、奕箴。方拱乾的長子玄成、次子亨鹹均為成進士。順治十一年時，順治帝想遴選出11個學問拔尖的詞臣、隨侍身邊以為儲備人才，方孝標便以第7名的位次而入選。第二年，順治帝舉行經筵，本來擔任經筵老師的都是一些閣部的老成重臣，但是，方孝標僅以學士的官職即被順治帝選中。有時，順治帝為了表示自己對於方孝標的一種親切之意，便隻稱呼他的號“樓岡”，而不直接叫他的名字。順治帝有一次，由衷地跟人家說：“方學士麵冷，可做吏部尚書。”那時候，順治帝是真正把方孝標作為帝國的戰略性人才加以培養的。方家的老二方亨鹹在朝廷中做監察禦史。老三育盛、老四膏茂均已中舉人。本次春闈入選引起軒然大波的，是老五方章鉞。
剛開始，順治帝看過陰應節的疏劾，尚不以為意。因為方猷、錢開宗兩個主考官出京前，順治帝曾經跟他們交代過森嚴的考場紀律。難道方、錢二人真以為他們的項上人頭比鍘刀還硬嗎？可是，後來，順治帝讀到了才子尤侗的雜劇《鈞天樂》。
他的運氣本來就有些差，曾經六進考場卻名落孫山。但尤侗卻把傳說中的方、錢二人舞弊狀寫進了戲本之中。順治帝判斷：既然這件事，“真才子”尤侗已經把它編進了戲劇之中，那此事在當地的影響肯定十分惡劣。
至此，順治帝決定：索性放手再幹一把。
發雷霆之怒的順治帝，立即給刑部官員下了一道嚴旨：“方猷等經朕麵諭，尚敢如此，殊屬可惡。方猷、錢開宗並同試考官俱著革職，並中式舉人方章鉞，刑部差員役速拿來京……方拱乾著明白回奏。”
方拱乾大約真的沒有跟方猷串通過，他的回答十分快捷：“臣籍江南，與主考方猷從未同宗，故臣子章鉞不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齒錄可據。”這個時候的方拱乾心底很坦蕩：他奶奶的劉正宗，想借陰應節這把黑槍把老子幹倒，沒那麼容易！我老方是江南省桐城人，方猷是浙江省人，我跟方猷雖然同姓，卻八杆子打不到一起，哪來的共一個老祖宗哦，我要反告陰應節！
但是，順治帝望了一眼跪在下麵、眼角上揚、傲氣十足的方拱乾，心中的一股怒火卻更加燃燒起來。他決心把南方籍那一班牛氣衝天的官員們好好地整肅一番。
所以，後來，方拱乾與方猷是不是真正的同祖同宗的親密關係，已經變得不重要了。這個時候，這個案件的性質已經演變成為，順治帝說方拱乾那一班人不行，方拱乾即便是行的，也得整理出方拱乾不行的材料。
順治十五年三月，順治帝比照順天闈的成例，將江南舉人召入京都進行了複試。複試的考場布置，猶如強敵來臨。清人李延年形容為，“試官羅列偵視，堂下列武士，鋃鐺而外，黃銅夾棍，腰市之刀，悉森布焉”。此番複試的結果，僅武進吳鳴珂成績優異，被特別批準直接參加當年的殿試。其他所有的舉人均不允許參加當年的會試。其中，有74人罰停會試一科，24人罰停會試二科，14人成績不及格被廢去了舉人的功名。
又過了大半年的時間，到了該年十一月，順治帝的處理決定才懶洋洋地出來了：“方猷、錢開宗俱著即正法，妻子家產籍沒入官。葉楚槐等同考官17人俱著即處絞，妻子家產籍沒入官。……方章鉞、吳兆騫等8 考生俱著責四十板，家產籍沒入官，父母兄弟妻子並流徙寧古塔（今黑龍江省海林市）。”刑部尚書圖海、侍郎杜立德等人在會審江南科考案時不能體恤順治帝當時的幽暗心境，太不夠意思了，分別給予降級、罰款的處分。
除了死人，最虧的就算方拱乾這一大家子了。當時，方拱乾、方孝標、方亨鹹一門三進士，都在朝廷中做著“花時浪過如春”的高官。江南闈案一發，方家所有的努力，都化為了一種香消紅褪的殘敗。全家所有人的功名均被革去了，家產也被順治帝查封充實了國庫。方拱乾領著方孝標、方亨鹹、方育盛、方膏茂、方章鉞五個垂頭喪氣的兒子，全家老小合計60餘口，磕磕碰碰地被發配去到東北的苦寒極地寧古塔，接受勞動改造。