康熙十五年八月，傑書領著傅喇塔、李之芳清軍大隊躡足跟進。九月，入仙霞關。十月，傑書大軍即萬馬奔騰地出現在延平城。至此，福州城中的耿精忠已無力言戰。康熙帝這才令傑書“以時勢曉諭耿精忠速降”。耿精忠失去討價還價的籌碼，隻得遵照清軍的安排派兒子耿顯祚到清軍大營中請降。傑書大軍進入福州，耿精忠不過俯首帖耳而已。曾養性也在溫州降清。
耿精忠的降清對於康熙帝的平藩之戰具有非凡的意義。之前，軒軒韶舉之康熙帝與沙場老將吳三桂之間的這場軍事大角力，整整僵持了近三年的時間，康熙帝一直沒有找到有效的突破點。實際上，耿精忠便是抗清軍事聯盟中的那塊短板。隻要耿精忠這塊短板被抽走，吳三桂苦心孤詣構建十數年的軍事冰山，距離消融的一天便靠近了。
耿精忠倒台後，清軍開始出重拳打擊鄭經。鄭家軍數十年間陸戰的能力始終沒有得到有效的提高。鄭經在傑書大軍的閃電攻勢麵前，節節而退。鄭經之前辛辛苦苦自耿精忠手中搶來的興、泉、汀、漳諸州，一時間俱失。康熙十六年二月，鄭經敗退廈門。康熙十七年，姚啟聖出任福建總督。康熙十八年，恢複設置福建水師提督，這個軍事機構當年的主要任務就是對付鄭經。至康熙十九年二月，鄭經在廈門再也無法存身，隻得踉蹌下海，乘船返回台灣島。《海紀輯要》一書為此評價鄭經：“傾國西征，至是，棄思明東歸，兵將多叛去，隨回僅有千餘。”
這氣象跟鄭成功當年的擊櫓嘯歌差得太遠。
投降後的耿精忠，其靖南王權位迅即被架空。康熙帝任命了耿精忠的弟弟耿昭忠為鎮平將軍。此後，福州靖南王府的藩政，便交由耿昭忠代為打理。這樣，耿精忠此人的存在，便成為了康熙帝大力推銷其招撫政策的一個活標本。
回過頭來再說一說引發三藩之戰的那根導火索尚可喜。
當外界“三藩並變”的謠言漫天飛之時，尚可喜卻堅定地認為吳三桂是一種器小易盈的人物，很難成大氣候。因此，尚可喜向康熙帝寫了一本紅彤彤的效忠書：“臣與耿精忠本係姻婭，今精忠反，不能不踧踖於中。但臣叼王爵，年已七十有餘，雖至愚極陋，豈肯向逆賊求功名乎？惟知捐軀矢誌，極力保固嶺南，以表臣始終之誠。” 於是，尚可喜對耿精忠擺出一種作戰的姿態，並且支援廣西的官軍，而非用於對付清軍。
廣東這塊陣地的確保，對於戰爭初期康熙的調兵布陣意義重大。為此，康熙十四年（1675）正月時，康熙帝決定予以“平南王尚可喜著進封平南親王，即令其子尚之孝襲封（王爵）。尚可喜以親王品級頂戴支俸，示朕優眷之意”。
這個階段，康熙帝跟尚可喜的感情，就像南方久雨的梅雨時節，突然晴好，恢複得相當快。康熙帝說：蔚藍的天空像少女的翠袖，土地升騰著蓬蓬的水汽，把門窗推開，還有春天的陽光與風，於是，忽然便思念起南方的尚可喜來了：“今覽王奏，朕與王情同父子，誼同手足。覽疏未竟，朕心惻然。”不久，尚可喜卻病死了，康熙帝為之蕭然落淚：“平南親王尚可喜久鎮疆，勞績素著。自聞兵變，憂鬱成疾，始終未改臣節，遂至殞逝可憫。”前麵的思念，具有很大的表演成分，最後的落淚，卻也不能全然抹去他們的君臣相遇之情。
尚王府一直到康熙十五年二月，尚之信才響應吳三桂的號召，加入到抗清的陣營之中。但是，這個時候，清軍在粵閩的最艱苦時期已經過去。耿精忠已經窮途末路，尚之信坐上的是末班車。所謂的三藩並反之勢，始終未能成形。
尚之信投靠吳三桂之後，不僅沒有撈著半點好處，反而惹來無窮無盡的煩勞。吳三桂不斷地派人向尚之信要錢要兵，整個兒就把尚之信當成了一個冤大頭。尚之信大為失悔。
於是，到了康熙十五年的十二月，簡親王喇布軍奉康熙帝之命，開始由江西進入廣東。尚之信趕緊向耿精忠學習，派人向喇布乞降。康熙十六年五月，康熙帝恢複了尚之信平南親王的爵位。
當然，耿精忠、尚之信兩藩最終未能逃脫被烹殺的命運。