1941年4月，鎮海淪陷不久，遷駐寧海的國民黨縣政府派員在龍山建立江北辦事處（簡稱“北辦”），並組建龍山區署。中共黨員虞天石、戚銘渠奉中共寧屬特派員王文祥指示，潛入區署任指導員，進行秘密工作。12月，因“北辦”主任潛逃而解體。1942年5月，以國民黨鎮海縣政府名義再次建立江北辦事處，置主任、副主任、指導員各1人，下設龍山、莊市兩區署。張誌飛任主任，李長來任副主任兼莊市區長，虞天石任指導員，戚銘渠任龍山區長。李、虞、戚3名黨員建立中共北辦黨支部，貫徹團結抗日政策。1942年7月，為適應敵後遊擊戰爭形勢，中共三北工委將會鎮海縣以甬江為界劃分成兩部分，甬江以北的莊市、龍山區和慈溪縣的慈東、慈西、慈北區新組建為慈鎮縣。龍山區管轄16個鄉鎮。1943年2月，“北辦”按慈鎮縣工委決定，為開辟鎮海江南敵後新區，率武裝進入柴橋，遭盤踞該地的定海國民兵團突然襲擊，李長來犧牲，“北辦”政治麵目暴露，被國民黨縣政府撤銷。
1944年4月，新建浙東敵後臨時行政委員會慈鎮縣辦事處，下設民政、財政、文教等科，置莊市、龍山、慈東（樟橋）3區46鎮。主任戚銘渠兼民政科長，財經科長葉貽中，文教科長李健民。龍山區轄灣塘、福田、沙河、清湖、覺渡、曲塘、通德、澥浦、雁門、龍城、龍山、田央、甸山、靈湖、範市、升平。1945年2月，慈鎮縣分置慈溪、鎮海兩縣，鎮海縣下轄龍山、莊市、沿山3個區署。這一時期龍山區長分別由趙鳴皋、華一鳴、王夢之、毛元仁擔任。同年10月初，縣、區工作人員奉命隨同新四軍浙東縱隊北撤。
1945年10月後，國民黨鎮海縣政府卷土重來，12月撤銷龍山等區署，各鄉鎮直屬於縣政府，至1948年，又恢複龍山等區署。
1946年8月，國民黨政府為發動“反共”內戰所需，強化鄉鎮組織，進行縮編，龍山區原有16個鄉鎮合並為沙塘鄉、清湖鄉、緒中鄉、澥浦鎮、龍山鎮（原龍城鎮、龍山鎮、雁門鄉）窖湖鄉（原田央鄉、甸山鄉）、靈緒鄉（原範市鎮、靈湖鄉）、升平鄉等8個鎮。1947年10月起，龍山區有8個鄉鎮又縮編為6個鄉鎮，即沙塘鄉、清湖鄉、澥浦鎮、龍山鎮、窖湖鄉、靈緒鄉。
新四軍浙東縱隊北撤後，留下少數幹部堅持鬥爭，中共慈鎮縣特派員蔣子瑛不幸犧牲，由於環境惡劣，中共龍山區特派員林之山曾一度去上海隱蔽。1947年10月，建立中共中區（龍山、觀城）工作委員會，區委書記先後由葉靳、林之山、許梅生擔任。
1947年10月，根據浙東行署四明特派員辦公室指示，重建慈鎮縣辦事處，設財政科，後改設財經和行政指導員，開展征收公糧、籌集經費和統一戰線等工作。下轄東區（轄莊市區、龍山區南部和慈溪縣莊橋區）、中區（轄龍山區北部、慈溪縣觀城區）、西區（轄慈溪縣丈亭區，餘姚縣橫河區、逍林區）。1949年3月，忻一波任中區區長。1949年5月26日，鎮海縣城解放。
1949年6月建立龍山區人民政府。10月廢除保甲製，改建村閭製。1950年6月改稱區公所，下轄龍山、窖湖、靈緒、澥浦、沙塘、清湖6個鄉，隸屬鎮海縣管轄。區長忻一波，龍山鄉政府鄉長姬永生、窖湖鄉政府鄉長楊漢耕、靈緒鄉政府鄉長劉嶽福。【詳見附錄“解放後各鄉鎮黨委、政府（人大、政協）主要領導任職情況”】
同年6月建立中共龍山區委，書記李學善、副書記呂書斌，委員忻一波、許梅生等。下轄中共龍山鄉支部，書記南玉榮；中共窖湖鄉支部，書記燕洪雲；中共靈緒鄉支部，書記洪燕雲。（詳見附錄“解放後龍山區委、區公所主要領導任職情況”）