支農再貸款作為一項支持農村信用社提高農業貸款投放能力、服務“三農”的貨幣政策工具，在發展農村經濟中的作用已充分顯示出來。2005年末，臨潭縣信用聯社借人支農再貸款餘額3400萬元，占農村信用社各項貸款餘額的32.56%，較好地發揮了農村信用社支農的“主力軍”和助推農民增收的作用，有力地促進了當地農業產業結構的調整，增強了農村信用社支農資金實力，營造了多贏的格局。但是，支農再貸款在實際運用和管理中，我們發現了一些不容忽視的問題，影響了這項貨幣政策工具的政策效應口。
一是受支農再貸款的對象局限，使用範圍狹窄二支農再貸款管理辦法規定，支持對象限製為農戶，用途多為農業春播、種子、化肥、農藥及傳統農業種植、畜牧養殖及大棚蔬菜種植等，發放對象為農民自然人。隨著農村經濟的發展和農業產業結構調整的深化，傳統農業空間將越來越小，農村新興產業及鄉辦、村辦甚至戶辦民營企業等應運而生。如果支農再貸款的用途仍局限於農戶貸款，就會出現一方麵支農再貸款用不出去；另一方麵農村產業結構調整又得不到急需的資金的矛盾，這樣不僅影響了信用社的自身利益，而且也會阻礙農村產業結構調整和農村經濟的發展。
二是貸款額度小，對單戶農戶貸款數額過低，不適應農村經濟發展的需要。目前，農村種植、養殖戶多為規模生產，多種經營，同時承包土地、務工從商、購買中小型農機具及農用車者不斷增加，所需資金量較大，而基層農信社對一般農戶貸款額度為3000～5000元，隻有少數農副產品加工企業和種植養殖大戶可獲得3～5萬元貸款，這對從事農副產品深加工的農戶，無疑是杯水車薪，無濟予事，更難滿足市場型、效益型、規模型和搞多種經營的農戶的資金需求。
三是支農再貸款執行利率過高，沒有體現出再貸款利率優惠政策。據調查了解，基層信用社支農再貸款的實際執行利率，絕大多數是在法定利率基礎上執行最高浮動利率。由於縣域資金缺失，農民貸款饑不擇食，不考慮利率的高低，為了及時得到貸款，對利率水平的高低隻能被動接受，因此，在不同檔次的利率區間分布中呈現出利率結構單一且執行最高利率的特點。沒有按所支持的產業、農戶信用程度等實行差別利率和優惠政策。農村種養業生產周期長，風險大，難以管理，收益較低，支農再貸款利率過高，不僅影響了國家貨幣政策在農村的傳導效果，而且加重了農業生產成本，影響了農戶貸款的積極性，進而影響了農戶的農業生產能力。
四是再貸款期限短與農業生產周期長產生矛盾。支農再貸款期限一般為6個月、9個月，最長為一年。用於一年一季的莊稼種植尚可，用於生產周期在一年以上的中藥材種植、經濟作物培育、牲畜養殖等生產周期都在一年以上，甚至三至五年時間，需要注入長期資金支持。但由於受再貸款發放期限的限製，不能得到長期有效的信貸資金支持，在一定程度上阻礙了發展。
五是弱勢農戶借款難問題未得到有效解決。一些弱勢農戶經濟基礎比較薄弱，家庭收入少，抵禦風險和償債能力差‘有貸款需求，不符合信用社貸款條件。信用社出於防範風險和，自身效益考慮，在支農投入上是“雪中送炭”不足，“錦上添花”有餘，不願發放無還款保障的貸款，因此，這部分人往往被拒之門外，難以得到貸款支持，不能借助貸款發展生產、實現脫貧致富，支農再貸款的效能難以得到充分發揮。
六是支農再貸款“統借統還一沉澱不良貸款，增加基層農信社貸款的風險。“統借統還”貸款到期後，信用聯社直接從基層農信社劃賬，加大了基層農信社信貸風險壓力，影響再貸款支農效應。