弘忍死後，他在江陵當陽山（今湖北當陽縣東南）玉泉寺，大開禪法，聲名遠播。四海僧俗聞風而至，聲譽甚高。武則天聞其盛名，於久視元年（700）遣使迎至洛陽，後召到長安內道場，時年90餘歲，深得武則天敬重，命於當陽山置度門寺，於尉氏置報恩寺，以旌其德。中宗即位，更加禮重。中書令張說也向他問法，執弟子禮。神龍二年（706）在天宮寺逝世，中宗賜諡“大通禪師”。弟子普寂、義福（行思）繼續闡揚其宗風，盛極一時，時人稱之為“兩京法主，三帝門師”，兩京之間幾皆宗神秀。後世稱其法係為北宗禪。
神秀的根本思想，可以從他作的示眾偈看出：“一切佛法，自心本有；將心外求，舍父逃走。”他繼承道信以來的東山法門，以“心體清淨，體與佛同”立說。因此，他把“坐禪習定”、“住心看淨”作為一種觀行方便。後惠能弟子神會出來論定南北宗優劣，以神秀之禪由方便入為漸門，以惠能禪直指人心為頓門，於是有南頓北漸之分。北宗禪僅傳數代即衰。普寂弟子道璿曾將北宗禪傳往日本。
菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃
惠能用“菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃”來應對神秀的“身是菩提樹，心如明鏡台，時時勤拂拭，勿使惹塵埃”，道出了禪宗“心外無物”的主旨：菩提原本就沒有樹，明亮的鏡子也並不是台。本來就是虛無沒有一物，那裏會染上什麼塵埃？
在修行方式上，禪宗講究“頓悟”，反對“時時勤拂拭”的“漸修”。神秀的“漸修”是通過在思想、言行、生活方麵嚴格要求自己，按照佛法所要求的去修行，在“強迫”自己的過程中逐漸領悟佛法要旨，從而成就正果。而惠能則認為，智慧不是通過學習得來的，也不可能假以時日能奏效的。正如著名哲學家馮友蘭所說，修行不是吃大餅，今天吃一點，明天吃一點，早晚能吃完。對智慧，隻能“悟”，而不可“學”，所以禪宗強調當頭棒喝般的“頓悟”，主張“物來則應，應不以心”。認為“聖人之心若鏡，應而不藏”，吃齋念佛難以悟道，吃肉喝湯照樣成佛。
塵在外，心在內，常拂之，心淨無塵；塵在內，心在外，常剝之，無塵無心；心中有塵，塵本是心，何畏心中塵，無塵亦無心？正如慧能所說的：仁者心動。又如道家所說的：道可道，非常道。它們的道理是一樣的。佛家講究萬物在心，追求修世；道家講究無牽無掛，追求避世；佛家想超脫今世，道家則是修行今世，而追究其原理來說都是一種修行，一種超脫，卻不是刻意的尋求。主旨在心，世間人，法無定法，然後知非法法也；天下事，了猶未了，何妨以不了了之。