一個月後，楊所修再次上疏：“臣等請求仿照明世宗禦製《明倫大典》，將三案章奏編纂成書，頒布天下。”
“關於三案已經有多次明確的旨意，神宗實錄和光宗實錄當然應該修改，這樣才能給後人留下可信的曆史。”朱由校麵不改色心不跳地回答說。
朱由校在依從魏忠賢的意思大肆倒翻“三案”的時候，為了從組織上和思想上徹底摧毀了東林黨，還進一步下令禁毀全國各地書院。
天啟五年正月，閹黨骨幹分子兵科給事中李魯生上疏說：“假道學不如真忠義，臣請將京師書院改為忠臣祠。”
朱由校欣然接受了這一建議。
同年八月，禦史張訥又奏請禁毀天下所有書院，說：“書院雖不止一處，脈絡卻總屬一條，南北相距數千裏，卻聲氣貫通，遙相呼應。參加書院者，自縉紳外，宗室、武弁、舉監、儒吏、星相、山人、商賈、技藝以至亡命罪徒，無所不有，他們遙製朝政，掣肘邊鎮，把持官府，武斷鄉裏，自機密重情以及詞訟細事，無不關說幹預，以致民生不安，邊境不寧，朝廷不得收正人之用，受忠言之益。這還是小事，最大的害處是他們往往借最大題目以箝製人口，打擊正人。如先年借梃擊、紅丸、移宮事，啟釁宮闈，挑發大難，弄得朝端聚訟紛紜，使皇祖、皇考兩朝蒙以不白之冤，使皇上之孝恩大為虧損。今雖改正實錄，宣布史館，先前之事也不能置而不問。請皇上敕令各省直撫、按官，但凡有書院處所，一律拆改，變價收銀，上繳到京師資助宮殿工程。”
朱由校立即批複，令天下書院一律禁毀，田土、房屋估價變賣，上繳為修改皇宮服務。
原來分別主持東林、關中、江右、徽州四大書院的鄒元標、孫慎行、馮從吾、餘懋衡不論是死是活，都削籍為民，追奪誥命 。
朱由校還詰責禮部：“京師書院改為忠臣祠之事，早已命禮部會議，為何遲遲沒有複奏?”
此時，魏忠賢黨羽、南京禦史徐複揚進而提出：“必須將東林黨連根拔除，將京師書院徹底拆除，在其他地方另建忠臣祠。否則，書院雖然改成忠臣祠，但舊貌尚存，倘有邪黨經過，必然會說：‘這是某道學先生舊址。’營壘不拔，必為後憂。況且，京師書院一移，天下書院誰敢不毀，隻有這樣，那些潛在的陰謀才可以杜絕。”
“愛卿實屬過慮，書院改作忠臣祠，誰敢複萌異念。不必移。”朱由校批示說。
經過天啟五年一年的打擊，東林黨人大多已被驅逐削奪，當年受到處分的至少有一二百人。十二月十七日，禦史盧承欽奏請：“應該將一切東林黨人姓名罪狀，出榜告示海內，讓他們無處躲藏，永世不得翻身。”
於是，朱由校下令：“一切東林黨人，不論曾否遭到處分，都要將他們姓名、罪狀刊刻成書，出榜告示天下。”
這就是著名的“東林黨人榜”，當時人們把它與宋朝的“元禱黨人碑”相比擬。
在魏忠賢的支持下，內閣首輔顧秉謙帶領閹黨官員編造了《東林點將錄》、《東林黨人錄》，按圖索驥，企圖將東林黨人一網打盡。
為使翻案一舉成功，確保查不出漏洞，閹黨還把《神宗實錄》、《光宗實錄》等都重新改寫，力圖做到天衣無縫。
以上這些都為《三朝要典》的編纂準備了良好素材。血雨腥風之中，“三大案”的真相已經被掩蓋得麵目全非。
“將來，我們應該再編一部書，徹底推翻三案。”顧秉謙又向魏忠賢進言。
“如何編寫？”魏忠賢盯著顧秉謙問。
“可將方從哲等人竭力掩蓋、歪曲三案真相的奏疏收進去。當然，東林黨人的奏疏絕不能收錄。”
“高！實在是高。”魏忠賢又一次得意地笑了。