周昌晉的預謀成功了。朱由校雖未對移宮、紅丸兩案明確表明態度，沒有露出徹底翻案的話頭，但既已認為楊漣等“向來濁亂朝政”，閹黨自然可以順竿往上爬，從頭清算他們，包括“移宮”在內的“亂政”行為。
天啟五年二月初四日，魏忠賢指示其黨羽大理丞徐大化彈劾楊漣、左光鬥黨同伐異，利用職權接受賄賂，下命逮捕汪文言進行審訊。在談到“移宮”案時，措辭已不像周昌晉那樣含糊，而是直接攻擊楊漣與王安勾結，逼迫李選侍移宮，驚動先帝在天之靈。楊漣等人不以為罪，反而四處宣揚，居為奇功。
魏忠賢還派對自己言聽計從的許顯純掌管鎮撫司監獄，讓他把汪文言抓進了鎮撫司監獄。
許顯純親自拷問汪文言，逼迫他招供楊漣接受熊廷弼的賄賂，並給他提供了一個攀咬的名單，除楊漣外，左光鬥、魏大中也都在其中，隻要汪文言承認就行了。
誰想汪文言在許顯純的嚴刑拷打下，堅決不承認楊漣貪贓。
汪文言仰天大叫：“世界上難道有貪贓受賄的楊大洪嗎!”到死都不承認，大洪是楊漣的別字。
隨後，許顯純自己寫供詞，誣告楊漣貪汙贓款二萬兩銀子，偽造了一份汪文言的供詞，讓人捉著汪文言的手指強行畫押。如此，清廉的楊漣、左光鬥、魏大中等人一夜之間就成了大貪官。
這樣，在魏忠賢的授意下，魏廣微、顧秉謙等將楊漣、左光鬥等六人都被定罪為“黨同伐異、招權納賄”，楊漣被偵查出來的贓銀有兩萬兩，左光鬥也有兩萬兩。
於是魏忠賢便名正言順地命令爪牙把楊漣和左光鬥等六人抓到了監獄裏。楊漣等六人被捕後，每五天便嚴逼交差，逾期則杖打。
尚書崔景榮怕他們立死杖下，趕緊請魏廣微勸諫停止。
魏廣微心中不安，上疏說：“楊漣等人在今天誠為有罪人，但以前實是各部寺的輔臣。即使他們果真有贓私，也應當把他們移交給法司，依法定罪，怎能每日嚴刑逼供，令鎮撫司官員追贓呢?人身非木石，重刑之下，死隻是轉眼之間的功夫。以司法之職，而派他們去追贓，行政長官安在?這不僅傷了好生之仁，而且還違背了祖宗之製，將會導致朝政日亂，與古代帝王的做法大不相同。”
魏廣微的奏疏上呈後，魏忠賢非常生氣，魏廣微害怕了，急忙又替自己辨白。
天啟五年(1625)六月，楊漣被逮押送北京。幾萬人站在道路兩旁追隨哭喊，為楊漣鳴不平。凡是經過的村鎮，全都燒香祭祀，夾道哭送，祈求上天保佑楊漣活著回來。
六月二十八日，楊漣被下鎮撫司詔獄審訊。許顯純將錦衣衛的諸多酷刑一一用於楊漣，楊漣被折磨得遍體鱗傷，全身上下沒有完好的皮膚，氣息奄奄。
後來提審時楊漣被折磨得無法坐、立，許顯純便讓打手給楊漣帶上桎梏，拖他到堂上躺在地下受審。楊漣仍不屈服，在獄中寫下《絕筆》，繼續陳述“移宮”案的真相，痛斥魏忠賢紊亂朝綱。
魏忠賢得知後氣得七竅生煙，令許顯純立即殺掉楊漣。
七月的一天夜裏，許顯純令緹騎在獄中處死了楊漣，時年五十四歲。
臨刑前，楊漣曾作絕命書，交給同監的人藏了。另外他咬破手指，寫下血書一封，稱“欲以性命歸之朝廷，不圖妻子一環泣耳!”寫完便仰天大笑。楊漣被殺死時，土囊壓身，鐵釘貫耳，慘不忍睹。
楊漣死後，向楊漣家征收贓款的命令非常緊急，可是楊漣一向貧窮，財產充入官府還不足千金。母親、妻子最後隻能住在城樓上，二個兒子竟流落到以乞討為生。於是，同鄉的人爭著出錢物幫助他，就連賣菜的雇農也繳納物品資助他。他的節操、忠義一時感動了許多人。
楊漣彈劾魏忠賢時，左光鬥參與了謀劃，又跟高攀龍共同揭發閹黨五虎之首崔呈秀私藏贓物，魏忠賢和他的黨徒都發怒了。等到魏忠賢趕走了趙南星、高攀龍、魏大中，接下來就該收拾楊漣和左光鬥了。
左光鬥很氣憤，草擬奏疏彈劾魏忠賢和魏廣微三十二條死罪，準備在十二月二日上交，並事先派妻子兒女回到南方。
魏忠賢刺探知道後，搶先兩天利用推事將楊漣、左光鬥一起削籍為平民。
魏忠賢覺得還不解恨，又製造汪文言案，同時列入了左光鬥的名字。
左光鬥在桐城被捕時，家鄉父老頭頂明鏡，手端清水，抱著他的馬頭嚎啕大哭，聲震四野，即使是奉命去逮捕他的皇帝使臣也不禁落下了淚水。
左光鬥被捕以後，他的學生史可法急得不知怎麼辦才好。他每天從早到晚在牢門外轉來轉去，希望有機會探望老師。閹黨把左光鬥看管得很嚴密，不讓人探望。
左光鬥入牢之後，還不知道自己究竟犯了什麼罪。在過堂的時候，才知道是被誣陷受賄。
他對楊漣說：“他們這是存心要殺我們。他們殺我們有兩個辦法，一是趁我們不服，亂棍將我們打死；另外是暗殺我們，說我們暴病獄中。如果在審問我們的時候，我們先承認受賄，在移交法司的時候再翻供，還有一絲機會。”
可是，在他們承認自己受賄後，卻由於平時太過清廉，根本拿不出贓銀，由此就得到了更加殘酷的拷打，這樣日複一日，左光鬥已經被折磨得奄奄一息。
聽說左光鬥被折磨得快要死了，史可法不顧自己的危險，拿了五十兩銀子去向獄卒苦苦哀求，隻求見老師最後一麵。獄卒終於被史可法的誠意感動了，想辦法給史可法一個探監的機會。史可法找到左光鬥的牢房後，隻見左光鬥遍體鱗傷，臉已經被燒得認不清，左腿腐爛得露出骨頭來。史可法見了，一陣心酸，走近前去，跪了下來，抱住左光鬥的腿，不斷地抽泣。左光鬥雖然滿臉是傷，睜不開眼，但是他從哭泣聲裏聽出史可法來了。他舉起手，用盡力氣撥開眼皮，憤怒的眼光像要噴出火來。他罵著說：“蠢才!這是什麼地方，你還來這裏幹什麼?國家的事糟到這步田地。我已經完了，你還不顧死活地跑進來，萬一被他們發現，將來的事靠誰幹?”可史可法還是抽泣著沒完。左光鬥狠狠地說：“再不走，我現在就幹脆收拾了你，省得奸人動手。”說著，他真的摸起身邊的鐐銬，做出要砸過來的樣子。史可法不敢再說話，隻好忍住悲痛，從牢裏退了出來。
天啟五年(1625)七月二十六日，左光鬥和楊漣等被魏忠賢殺害。左光鬥終年五十一歲。
史可法花了一筆錢買通獄卒，把左光鬥的屍體埋葬了。
左光鬥已經死了，贓款還沒有還盡。魏忠賢命令撫按官嚴加追討，牽連下獄的有十四人。長兄左光霽受牽連判罪致死，母親過份悲傷也死了。都禦史周應秩還認為有關部門不努力承辦追查，上疏催促，因此他的家族都破產了。
與楊漣、左光鬥一起被逮捕的還有周朝瑞、魏大中、袁化中等4人，都被殘忍害死，史稱“六君子之獄”。
等到魏忠賢編修《三朝要典》，把楊漣、左光鬥定為移宮案的首犯，議論打開棺材侮辱他們的屍體，有人說情，才得以幸免。
七、八月間，楊漣等人相繼慘死於獄中，熊廷弼也被斬首，閹黨恐人心不平，更感到扭轉輿論的迫切性。
九月初九日，因在“移宮”中替李選侍說話，受到閹黨器重得以複職的禦史賈繼春又跳將出來，上疏說楊漣等人受熊廷弼賄賂隻不過是小罪，其可死之罪“莫大於交結王安，毀誣先帝，虧損聖德，逼辱康妃與皇八公主”，現在他們“止以納賄追贓死，則所以當死之罪未明也”，建議皇上早定爰書，頒布中外，昭示史冊，使天下萬世都曉然而知楊漣等之罪惡。朱由校完全同意賈繼春的見解，並說：
先帝升遐，朕躬嗣服，父子承繼，正統相傳，臣子何得居功?而楊漣、左光鬥等妄希定策，串通王安，倡為移宮之事，捏造垂簾等語。王安奸惡異常，乘機報怨，內外交結，黨眾恃強，不許康妃從容奉旨，而逼令踉蹌出宮。先帝體尚未寒，言猶在耳，楊漣等即有權勢，固亦人臣，乃棄禮忘君，犯上不道，至於此極!
於是，就命令將楊漣等諸奸罪狀及持守正議諸臣的前後章疏，以及近期屢次下達的有關聖旨，都編輯成書，頒行天下，垂示將來。並令今後非經批準不得擅刻書籍，已經刊刻傳抄的私書一律銷毀。否則，一經查獲，即治以妖言惑眾之罪。