天啟六年(1626)二月，以魏忠賢為首的閹黨想殺高攀龍、周宗建、周順昌、繆昌期、黃尊素、李應升等六人，拿李實沒有蓋印的奏疏，命令他的黨徒李永貞、李朝欽誣陷周起元當巡撫貪汙國家錢財十多萬兩銀子，每天跟高攀龍等人來往講學，因而在中間煽動。
在魏忠賢及閹黨之首崔呈秀的唆使下，李實奏疏加給周起元、繆昌期、周順昌、周宗建、李應升、黃尊素、高攀龍七個人的罪名是：“周起元為巡撫時，吞沒公款十餘萬，終日與高攀龍、繆昌期、周順昌、周宗建、李應升、黃尊素這些人往來講學，動輒詆毀朝政。”
奏疏遞上，假傳聖旨：“除周宗建、繆昌期已經逮捕入獄外，周起元等五人，都著錦衣衛扭解來京追究審問。”時為天啟六年二月二十五日。
接著，一場大逮捕即進行起來。
三月十六日早上，高攀龍在無錫老家拜謁宋代儒家學者楊龜山祠，有人把這逮捕他的公文告訴了他。
高攀龍回去和二個門生一個弟弟在後園的池上喝酒，聽說周順昌已經被逮捕，笑說：“我視死如歸，現在就要實現了。”進去和夫人說話，跟平時一樣。出來，寫了兩張紙告訴二個孫兒說：“明天交給官府的校尉。”
兩個孫子出去後，高攀龍關好了門窗。過了一段時間，他的兒子進入他的房間，隻見一盞燈還亮著，高攀龍卻不見了。尋找了一陣，發現高攀龍已經整整齊齊地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。
拆開他所封的紙，是一個遺表，說：“我雖然被革職，從前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱國家。謹向北麵叩頭，效仿屈原投水而死。”又有告訴門生華久誠的信說：“我能夠像這樣從容不迫地死去，多少還是得力於我一生治學的結果。”當時他六十五歲。遠近的人聽到他的死訊，沒有不為他哀傷的。
崔呈秀還不解恨，假傳聖旨把高攀龍的兒子世儒交給同法部門審理，刑部判世儒不能防範他的父親，流放服勞役。
事實上，周宗建早就與客氏與魏忠結下了梁子。
天啟元年(1621)冬天，奉聖夫人客氏搬出宮城又回到宮中，周宗建首先上疏極力反對客氏回宮，他說：“天子說出的話，就如同兒戲一樣，法律所在的宮禁之地，幾乎跟老百姓的家庭相同。朝廷的行為不協調，朝廷內外的防範措施都被廢除。這幫人一旦蒙受了皇恩，便有了非份之想，輕侮沉溺目無法紀，慢慢地變得驕橫放縱，災難和罪禍一天天增多，後患將難以杜絕。王聖、宋娥、陸令萱的覆轍，可以提供很多借鑒。”周宗建違背聖意，受到了責備。但公眾輿論卻都很看重他。
天啟二年，京師長期幹旱，五月份下了場冰雹。周宗建借機攻擊魏進忠，大意說：“近來的政府事務，外廷頗有微辭，都說深宮之中，沒有辦法預料，聖旨詔書，必然有所依據。像魏進忠這樣的人，目不識丁，而陛下與他同憂愁共歡笑，一天天地親近。一切用人的行政權利，都按他的說法辦理，東西改換了方向自己卻不知道，邪惡與正直被顛倒了而自己卻不覺察。況且內廷的借口，與外廷的投機者，互相支持。離間的禍苗將起於鑽營之人，讒言陷害必定在到處傳話的人中間發端。這些隱禍，無從說起啊!”魏進忠是魏忠賢原來的名字。這時正勾結客氏，夫妻相稱，很多朝臣都巴結依靠他，他的勢力日益昌盛。看到周宗建的上疏，魏忠賢恨他入骨，但沒有發作。
見魏忠賢勢力更加昌盛。周宗建擔心他們內外聯合，禍害將更大，實在看不下去了，便於天啟三年(1623)二月上疏直接攻擊魏忠賢，並在奏疏中揭露了王安被害死的真相。他說：
“我在去年指名彈劾上奏，魏進忠沒有一天忘記卑臣。於是乘他的私黨郭鞏進入北京時，唆使他排擠我和各意見與他不同的人。郭鞏於是創造“新幽禁大幽禁”的說法，掌握選舉法令，將廷臣數十名的姓名編成一個名冊，想把他們一網打盡。又寫匿名信，羅織五十多人的罪名，丟在路旁。給事中則以劉弘化為首，其次為周朝瑞、熊德陽等若幹人；禦史則以方震孺為首，其次為江秉謙等若幹人。卑臣也為其中之一人。他既想羅織各臣的罪名，來報複發泄私人的仇恨；更想以中臣獨斷，來替魏進忠解除遺憾。由此看來，選舉法令不是由朝廷掌握的，隻不過是郭鞏和魏進忠的選舉法令。幸虧正義在於人心，郭鞏的說法不能奏效，這才另借熊廷弼的罪名，想設置陷井一網打盡。