“臣請求今後完全依照《三朝要典》判定是非，其他私人所撰書籍，都應該下令將它們毀絕。”四月十九日，工科給事中虞廷弼上疏。
“很好！依議施行！”朱由校非常讚同。
五月，《三朝要典》經過總裁官刪潤，裝訂成帙，呈送禦覽。
朱由校粗略覽畢，下旨予以肯定，並命令再加修改，特別是關鍵之處，評論應再詳明一些，“必須要剖決是非，炯昭後世之鑒，使三朝的大案，就好像在目前，邪正了然，這樣就能做到萬代不易”。
“傳朕旨意，《三朝要典》修訂完畢後，即抄成正本，選擇吉日，舉行進呈儀式！”朱由校又傳口諭。
“陛下聖明！”眾臣一齊跪倒稱頌。
這樣，經過閹黨數月的辛勞，天啟六年（1626年）六月，《三朝要典》終於出爐。該書從萬曆四十三年(1615年)寫到天啟元年(1621年)，共二十四卷，開始時擬名《從信鴻編》，又稱《三大政紀》。在明朝曆史上，《三朝要典》是一部臭名昭著的“名著”。
根據魏忠賢的意思，內閣首輔顧秉謙代熹宗朱由校寫了“禦製序”，使該書完全一副欽定的派頭。
為了達到陷害東林黨人的目的，顧秉謙、黃立極、馮銓等人纂輯萬曆、泰昌、天啟三朝有關梃擊、紅丸、移宮三大案的示諭奏疏檔冊，加上案語而成，中間許多地方都是混淆是非，顛倒真相。
六月十九日，在皇極門內殿隆重舉行《三朝要典》的進獻儀式。
“《三朝要典》完成，請陛下禦覽！”朱由校升禦座後，顧秉謙等恭恭敬敬地將正本呈獻上去。
“吾皇萬歲萬萬歲！”百官都叩頭稱賀。
“很好！為編輯《三朝要典》，你們忙了半年，你們辛苦啦！速將將正本送到皇史宬收藏！”朱由校傳旨。
“將《三朝要典》副本發到禮部刊刻，賜給百官，頒行天下！”第二天，朱由校傳旨。
“比照《光宗實錄》告成的前例，賞賜所有參與纂修《三朝要典》的工作人員！”六月二十六日，朱由校又一次傳下聖命，這充分體現出他對《三朝要典》的重視。
事實上，《三朝要典》正式進獻後，在刊刻過程中仍有增補改正。
“《三朝要典》關係匪輕，乞請將劉光複前後的正論纂入。”崔呈秀見與他關係較好的劉光複在《三朝要典》中沒有名字，便於閏六月十七日上疏。這個劉光複就是先前在明神宗出麵調和鄭貴妃與皇太子、眾臣矛盾時出來拍馬屁反受到處分的那個家夥。
“準奏！”朱由校予以批準。
最後，定稿的《三朝要典》，共二十四卷，始於萬曆四十三年，訖於天啟六年，曆萬曆、泰昌、天啟三朝。內容包括梃擊八卷，紅丸八卷，移宮八卷。
前麵有《要典原始》，記述了明神宗冊立朱常洛為太子的過程。
後麵附載了天啟六年三月，崔呈秀所上《三案本末》一疏。
“臣等請求依照《明倫大典》事例，將《三朝要典》賜給朝中諸臣，頒行天下，並命令各省直接加以翻刻，廣為傳布。”八月，《三朝要典》刊刻印刷完畢，顧秉謙請旨。
“依議速行！”朱由校傳旨。
“現在，《三朝要典》已經頒行天下，應該立即著手修訂《光宗實錄》。以前，陛下已經下過修訂《光宗實錄》的聖旨，迄今也未見竣工。近來聽說有不法之臣如廣西副使曹學儉私自撰寫《野史紀略》，以惑天下。倘若《要典》與《實錄》評論不合，用語參差，必將導致天下猜疑誹謗。”八月二十九日，都察院左副都禦史劉廷元上疏說。由於明光宗朱常洛隻在位一個月，時間很短，《光宗實錄》的編纂比較容易，早在天啟三年七月即告成進獻，其中充滿了東林黨的觀念。在閹黨圖謀翻案的過程中，朱由校曾於天啟五年四月令修改《光宗實錄》。但由於閹黨的注意力一直集中在重纂一部能係統反映他們觀點的“信史”上，故遲遲沒有著手。
“準奏！朕現在重申修訂《光宗實錄》的前旨。曹學儉私撰《野史紀略》，革職為民！所著《野史紀略》的書版一一追繳毀掉！”朱由校下令。
“《光宗實錄》於十月十四日正式開館重修，朕特別任命英國公張惟賢為《光宗實錄》的監修官，內閣大學士黃立極、施風來、張瑞圖、李國槽為總裁，禮部侍郎李康先、楊景辰、詹事府詹事孟紹虞、曾楚卿為副總裁，翰林院官餘煌、朱繼祚、陳仁錫、吳孔嘉、張士範、陳盟等為纂修官。”朱由校傳旨。
“如今，《三朝要典》和《光宗實錄》都已經完成，不再來點血腥，不足以震攝東林黨人的不滿情緒和將來企圖重新翻案的圖謀。如今，主要的東林黨成員都已經被打倒，隻有惠世揚這個刺兒頭兒還在朝中，不妨拿他開刀，來慶祝《三朝要典》和《光宗實錄》的完工！”魏忠賢決意以斬惠世揚的頭顱為《三朝要典》和《光宗實錄》劃上句號。
惠世揚之所以被閹黨的《三朝要典》列為移宮案的罪魁禍首，是因為在梃擊案中，惠世揚堅決支持王之寀，主張窮究背後的主使鄭國泰和鄭貴妃；在移宮案中，惠世揚又站在楊漣一邊，攻擊李選侍意欲垂簾聽政，他還檢舉方從哲的十條罪狀、三條可殺的理由。
惠世揚上奏稱：“方從哲獨任七年宰相，妨礙賢良禍害國家，為第一條罪狀。驕橫愚鈍，沒有禮節，在皇帝去世處理事務時出現失誤，為第二條罪狀。在太子宮中發生梃擊案，庇護奸黨，為第三條罪狀。隨心所欲，破壞皇帝的詔書，為第四條罪狀，縱容兒子殺人，蔑視法令、典章，為第五條罪狀。阻撓、抑製言官，堵塞皇帝的耳目，為第六罪狀。丟失城池違反法令，寬縱撫臣，為第七條罪狀。馬上督戰，全軍覆沒，為第八條罪狀。徇私騙上，使輔臣蒙羞，為第九條罪狀。代征專賣稅，侵蝕國家，殃及百姓，為第十條罪狀。”