“貴妃請求封為皇後，舉朝極力爭辯，方從哲模棱兩可，為第一件該殺的事。李選侍是鄭氏親近的人，淩辱聖母，致使聖母飲恨而死。方從哲接受了劉遜、李進忠所盜取的美珠，想封選侍為貴妃，又聽任她長期居住乾清官，為第二件該殺的事。崔文升用泄藥傷害先帝的身體，諸位大臣議論此事，方從哲想逃脫罪責，李可灼奉獻毒藥，方從哲還擬作賞賜，為第三件該殺的事。”
奏疏呈入，皇帝責備惠世楊輕率地詆毀人。
方從哲多次請求離去，皇帝都撫慰挽留。不久，張潑、袁化中、王允成等人接連彈劾方從哲，皇帝仍不聽。當年冬天，給事中程注又彈劾方從哲，皇帝仍不聽。方從哲六次上奏，極力請求離去。朱由校便任命他為中極殿大學士，賞賜銀幣、蟒衣，派遣行人護送他回鄉。
天啟二年二月，惠世揚再一次上奏《論宰輔沈綋交通客魏狀》，這無疑於直接將矛頭指向客氏和魏忠賢。顯然，惠世揚彈劾沈綋的目的還是為了打擊客氏和魏忠賢。沈綋一向名聲不好。朱常洛即位後，召沈綋為禮部尚書兼東閣大學士。沈綋與魏忠賢關係非同一般，他們是師生關係。他曾在內書堂教過宦官，魏忠賢、劉朝等都是他的弟子。沈綋到任後，密結魏、劉二人以為內援。當時魏忠賢等宦官，在宮內訓練其他閹人，叫內操。真如當時有大臣說的：“長安(宮內)片土，成戰場矣。”沈綋就曾推薦、招募所謂“材官勇士”二百餘人。
所以，禮科給事中惠世揚彈劾沈綋說：“沈綋指使他的門客晏嘩潛入大內，誘劉朝練兵，頓使聖明之朝，再見江彬 之事。”
刑部尚書王紀也彈劾沈綋與客氏、魏忠賢勾結的情況，直指沈紡為蔡京。
客氏和魏忠賢得之後非常憤怒，為了解救沈綋，到朱由校麵前哭訴。
後來，魏忠賢就矯旨削去了王紀的官籍。
因為借攻擊沈綋打擊客氏和魏忠賢，惠世揚因此遭到魏忠賢黨羽的誣陷，並將其編入東林《點將錄》，冠以《水滸》人物綽號“霹靂火”，羅織罪名。
從此，客氏和魏忠賢都將惠世揚視為眼中釘，肉中刺，必欲除之而後快。
天啟四年(1624)，閹黨給事中傅木魁交結魏忠賢的外甥傅應星為兄弟，上書誣告原王安的門客中書舍人汪文言，並且連及左光鬥、魏大中。汪文言被投進鎮撫司監獄，並將被大行羅織罪名。
天啟五年，惠世楊陳辭，為已入獄的汪文言辯解，這無疑又一次捅了馬蜂窩。
天啟五年九月，剛正不阿的惠世揚被扯進楊漣案中，朱由校命逮捕來京究治。
天啟六年正月到達北京後，先由鎮撫司審過，然後轉交刑部，由三法司會審。
審訊由刑部尚書徐兆魁和左都禦史周應秋主持，他們都是魏黨黨羽，隻想把惠世揚奚落一番，然後定個死罪。
惠世揚被帶進設在城隍廟的審判廳。
“你曾說邵輔忠是小人，現在看來真是小人嗎?”人一帶進來，掌河南道禦史徐揚先就搶先問。
“你們見他高明，以為是君子，而我惠世揚愚昧，所以認為他是小人！”
周應秋問：“你說徐大化、孫傑是不是好人?”
惠世揚答：“是好人!”
周應秋又問：“那你為什麼參劾他們?”
惠世揚坦然回答：“這正是犯官愚笨之處，犯官罪既該死，情願赴死！”
周應秋、徐兆魁、徐揚先等不問正事，隻想戲弄戲弄惠世揚以取笑。不想惠世揚不屈不撓，話中帶刺，倒把他們譏嘲一番。
“將惠世揚重責二十五大板！”他們不由地勃然大怒，喝令衙役開打。惠世揚頓時肉開骨露，幾乎命赴黃泉。
打完之後，也不再審問，將惠世揚又關進監獄之中，周應秋、徐兆魁、徐揚先幾個人便討論判決書的寫法。後來，三法司將擬定的判決書奏上，內中將惠世揚牽扯進移宮案，判處死刑。
“準奏！”朱由校批準了三法司的判決。
“不要將惠世揚立即執行死刑，這未免也太便宜了他。我留著他還有更大的用處！如今，《三朝要典》和《光宗實錄》還未完全修成，等到《三朝要典》和《光宗實錄》修成，再梟惠世揚之首，以布告天下，為三案定案，這樣，更能擴大輿論的聲勢！”魏忠賢對判決也很滿意，但他不想立即處死惠世揚，而是想貓抓老鼠一般玩死這個跑不掉的死對手。
“明日，將惠世揚、方震孺棄市 處死！”天啟七年(1627)某晚，惠世揚獲悉將被棄市處決，就同難友方震孺在獄中慷慨悲歌，以示抗議。
“熹宗生子，大赦天下！惠世揚、方震孺準予釋放！”天明，忽然又得到這樣的喜訊，大刺頭兒惠世揚和方震孺等獲釋，幸免於難，恐懼和驚喜的情緒使他們激動地流下了眼淚。
《三朝要典》修成時，三案中的主要人物，在《三朝要典》修成以前已經被定罪。《三朝要典》於是又開列出了許多從屬人物，都應逮獄治罪。
然而，魏忠賢萬萬想不到的是，第二年，年僅23歲的天啟皇帝朱由校猝死，其18歲的弟弟崇禎皇帝朱由儉繼位，朝政重新又翻了回來，魏忠賢也被處死，魏忠賢這一龐大計劃的沒能實現，三案中的從屬人物終於僥幸免於殺身之禍。