當然家族企業製度的弊病是明顯的，一旦生產規模擴大、經營領域拓寬、技術層次提高、市場競爭加劇，這種家族管理製度就很難適應。在當前製約民營企業發展的諸多障礙性因素中，家族製是一個重要方麵。具體而言，家族企業製度主要有以下六大局限性。
（１）“家族情結”困擾。在家族製企業中，企業目標與家族目標是矛盾的，前者奉行公平效率，後者重視長幼尊卑。而家族最深層的基礎在於血緣，血緣關係無論如何是無法割斷的，所以民營企業在其經營決策時，血緣親緣關係是其關注的主要內容，家族成員利益是其考慮的重要因素。在民營企業內部，並非依靠嚴格的規章製度對員工進行約束，而是憑借人情、親情基礎上的信任實施管理，所以企業製度和管理模式上的“家族情結”始終困擾著絕大多數民營企業，馬克斯?韋伯在其著作《中國的宗教》裏深刻指出：中國家庭關係的緊密聯係創造出一種限製性過強的家族牽製，在這種情況下，現代化企業組織所需要的共通價值和對事不對人的社會聯係，便難以順利發展起來。
（２）決策易於失誤。家族製企業在經營中是家長個人決策，許多業主僅僅是靠自己的感性認識和傳統經驗來經營企業，對業務係統缺乏詳盡論證和綜合分析，然而其經驗未必都是財富，很有可能就是“包袱”；完全憑藉個人經驗，一旦投資決策失誤，整個家族企業就會一蹶不振。另外家族式集權管理，缺乏有效的監督、反饋和製約，這也是決策容易失誤的根源所在。
（３）“內耗”效應彰顯。在家族製企業中，親情和事業經常糾纏在一起，一旦家族成員間關係緊張，親情疏遠和感情淡漠，就可能導致企業無法正常經營，甚至走向衰敗乃至破產。家族製企業選拔接班人也很難，子女未必適合經營企業，而多個子女又難免為爭奪接班人位置而互相傾軋。由於家族成員之間的關係沒有真正明晰，職責含混不清，財務收支很不規範，內部產權混濁模糊，在企業壯大後就容易形成“內耗”，嚴重影響了企業的效率。家族製企業中的家長權威製度、遺產繼承製度、親情規則糾纏所形成的“內耗”，是使企業難以持續成長的重要原因。
（４）人才壁壘高築。在家族製企業中，家族成員具有天然的優越性，容易導致企業外來人員缺乏成就感。外來員工為老板打工的心理十分強烈，不會把企業的發展作為自己的事業。優秀人才難以進入，從而導致企業人才渠道不暢。家族製企業往往用人惟親，而非用人惟賢，特殊人物把持關鍵崗位，讓家族以外的能人感到前途渺茫、信心失落，難以培植家族以外新的動力主體。
（５）管理瓶頸製約。企業規模的擴大總是與日益深入的專業化分工協作相伴隨的，企業管理的複雜性不斷上升，具有專業知識的職業經理階層勢必取代不能勝任的家族成員。然而在家族文化影響下，人們對家族的高度認同，形成了一種“低信任度”的社會結構，在家族製企業中，任人惟親、排外傾向是其內在固有的，這就勢必加劇日益迫切的專業化分工與家族管理水平低下之間的矛盾，使企業麵臨嚴重的管理瓶預製約。
（６）融資渠道狹窄。家族製企業產權封閉，為了肥水不流外人田，股份不向外流，股權流動性差，“三緣”關係阻礙了股權的優化組合，而僅靠自身積累來發展卻又相當艱難。一般而言，家族製企業較難進入資本市場，其擴大規模所需的資本難以保證，在經營困難時就難以分散和化解危機。
在民營企業發展到相當規模後，以上所述的各種弊病就會日益顯露出來。此時家族成員對自身的貢獻相對看重，待遇多寡成了非常重要的聯結紐帶，如果處理不當，將使整個企業的管理發生混亂；由於沒有形成合理的權力運作機製，導致管理成本加大，企業邊際效益下降，最終影響到企業的製度創新和技術進步，進而逐步喪失活力直至倒閉。現在世界上尚存的原先以家族化經營發展起來的企業，以後基本上均實現了製度創新；反之一些繼續沿用家族化管理的企業則大多陷入了困境。這在浙江有些家族製企業的興衰中也得到了佐證，如台州市的一些水產冷凍、服裝、食品等企業囿於傳統家族式管理，擺脫不了“三緣”關係，現在大部分已關停或倒閉。大量的案例表明，家族製規則有利於創業而不利於發展。
根據美國哈佛大學著名企業史學家錢德勒教授的研究表明，美國工商界從早期家族製企業到今日之巨型公司，其間都經曆了深刻的企業理念、企業製度的變革，在美國各主要產業部門居於扛鼎之作的企業，普遍都存在著經理主義取代家族控製權的趨向；錢德勒認為這個過程是通過兩條途徑實現的。一是家族製小企業在各種壓力下，自身的財務資本不足，不得不通過兼並、合並的方式擴展企業規模；二是引入非家族的專業經理人員進入企業，逐步使他們掌握經營控製權，使企業成為現代意義上的經理式企業。因此，這種轉變的實質內容主要就是家族企業與社會財務資本、社會人力資本等因素融合的過程。
可以認為，如果一種製度安排業已成為企業進一步發展的障礙，那麼就亟需對這種企業製度進行改造和變革，否則隻能是裹足不前。對此著名經濟學家厲以寧先生曾深刻指出：“家族製是製約中小民營企業發展壯大的關鍵因素，民企要想發展，家族化經營隻能是一個過渡。”民營企業發展到一定規模、進入到一定生命周期時，就必須突破家族製管理模式，以家族資本去有效融合社會資本，與非家族成員共享企業的資產所有權、剩餘索取權和經營控製權，完成從家族製企業向現代企業的變革。作為富有遠見的企業家應該深刻認識家族製的製約束縛作用，未雨綢繆，從家族化經營的桎梏中解放出來，按照現代企業製度的要求，把優化體製戰略納入議事日程，對企業進行公司製改造，從根本上解決民營企業約束不力和激勵不足的缺陷，保證民營企業有一個適應新經濟發展要求的現代企業製度。 突破治理結構，克服家族藩籬。在具體操作中，已具規模的家族企業其組織形式要過渡為有限責任公司，在治理結構上打破家族壟斷，嚴格按照《公司法》的要求，采用現代公司治理結構的科學管理模式，實行董事會領導下的總經理負責製，形成股東會、董事會、監事會和經營者的製約關係；業主隻任董事長，把握企業長遠規劃和從事戰略設計，而把經理的職能讓位給企業家和經營者行使；對那些在企業發展初期有功但已不能適應企業發展的家族成員，可以支付其應得的利益使其離開崗位；要聘請一些高級管理人員，並按公司章程的規定授以職權；家族成員不能越過董事會或總經理而對企業經營活動橫加幹涉，企業聘請的總經理向董事會負責，而不是對業主或家族成員負責。