再次，在總理與萬理的關係上，朱熹提出了“理一分殊”的命題。他說：“總天地萬物之理便是太極”，“太極”是理的總體，就是“理一”。“理一”又有分殊，“萬殊各有理”，“馬則為馬之性，又不做為牛的性。牛則為牛之性，又不做為馬的性，物物各有理。”分殊就是“理”體現於萬事萬物之中， “理一”和“分殊”之間存在著互相聯係的依賴關係。他說：“蓋合而言之，萬物統體一太極也；分而言之，一物各具一太極也。”說明萬物皆統一於太極，而太極又分屬於萬物。他接過了佛教華嚴宗“理事無礙”和“一即一切，一切即一”的理論，認為分殊於萬物之中的“理”是“太極”完整的全理，而不是全理中的一部分。他說：“雖然又自有一理，又卻同出於一個理爾。如排數氣水相似，這盂也是這樣水，那孟也是這樣水，各各滿足不待求假於外。然打破放裏，卻也是水”。同樣，“太極”分殊在萬物之中的“理”，雖物物有別，物物有一太極。正如佛教禪宗玄覺在《永嘉正道歌》中所說：“一月普現一切水，一切水月一月攝”。天上的月亮普映在一切水中，一切水中之月又都是天上那一月的整體映象。
“理一分殊”否認了個別和一般的差別，把一般與個別相等同，這是形而上學觀點。這個觀點在政治上是為封建等級製度作辯護的。朱熹說：“天分即天理也，父安其父之分，子安其子之位，君安其君之分”。隻要人人安於所居之位，就體現了“天理”的最高原則。這在當時，正是對貧苦農民“均貧富”、 “等貴賤”革命要求的否定。
（二）承認矛盾對立終歸形而上學
朱熹發展了二程“無獨必有對”的矛盾觀。認為在自然界和社會的一切現象中，都存在著兩兩相對的矛盾。他說：“天下之物，未嚐無對，有陰便有陽，有仁便有義，有善便有惡，有動便有靜”。又說：“蓋所謂對者，或以左右，或以上下，或以前後、或以多寡，或以類而對，或以反而對。反複推之，天地之間，其無一物無對而孤立者。”這種“天下之物未嚐無對”的思想，是朱熹對二程“天下之物無獨必有對”的進一步發展。他說：“然就一言之，一中又自有對。且如眼前一物，有背有麵，有上有下，有內有外，二又各自為對。雖說無獨必有對，然對中又自有對。” “對中又自有對”的思想，進一步揭示了事物內部矛盾對立的關係，說明在每一事物內部都是一分為二的。他指出：“陽中又自有個陰陽，陰中又自有個陰陽。”“以是一分為二，節節如此，以至於無窮，皆是一生兩爾。”把每一事物內部的“一生兩”、“一分為二”的關係看成是 “節節如此，以至於無窮”，這是對二程“無獨必有對”思想的進一步深化。
事物除了對立關係之外，對立事物之間還存在著相互聯係和相互依存的關係。朱熹說：“蓋陰之與陽，自是不可相無者”。進而他又說：“天地之化，包括無外，運行無窮，然其所以為實，不越乎一陰一陽兩端而已，其動靜，屈伸、往來、闔辟、升降、浮沉無性，雖未嚐一日不相反，規亦不可一日不相無也。”他得出結論說：“凡物無不相反以相成”。這是對事物矛盾對立統一關係的基本概括。朱熹還認為，對立的事物也可以相互轉化，“陰變陽、陽變陰”，各向其反麵轉化。他說：“陰陽之道，無日不相勝，這個退一分，那個進一分”，“陽極生陰，陰極生陽”陰陽之間存在著相互克服和鬥爭的關係，向著相反的方向發展，超過極限，就相互換位。
以上是朱熹思想中的閃光之點。然而在其理一元論世界觀的約束下，上述合理思想最終又走上了形而上學的歸途。朱熹講矛盾運動和轉化，隻限於部分自然現象，不是普遍法則。他說：“陰陽有個流行底，有個定位底。一動一靜，互為其根，便是流行底，寒暑往來是也。”這是說，陰陽一動一靜，互為其根，形成寒暑往來，這是陰陽運動變化的性能。陰陽既分之後，形成天地、上下、四方，就永遠定位不變了。這顯然是形而上學的觀點。與此相應，在社會政治倫理方麵，朱熹也是持形而上學觀點。他認為封建的等極秩序和綱常倫理是永恒的“天理”，永遠固定不變。他說：“君臣父子定位不易，事之常也。”“三綱五常，禮之大體，三代相繼，皆因之而不能變。”把君臣父子之位和封建倫理綱常視為永恒不變，這是直接為鞏固封建統治服務的形而上學觀點。
在動靜關係上，朱熹也提出了一些合理的看法。他說：“動靜無端，陰陽無始。今以太極觀之，雖日動而生陽，必竟未動之前須靜，靜之前又須是動。推而上之何見其端與始。”在陰陽動靜的源頭上，朱熹比周敦頤進了一步。“動靜無端，陰陽無始”的看法是朱熹對動靜起源的辯證猜測，對後人具有啟迪作用。他看到了動靜之間既相矛盾又相依存。他說：“動靜二字，相為對待，不能相無，乃天理之自然，非人力所能為也。”說明動靜之間的對立依存關係是天理之自然的規律，非人力所為。因此，“動靜相資”，“陰靜之中自有陽動之根；陽動之中又有陰靜之根。”這種動靜相因的思想無疑是正確和深刻的。但是，朱熹的動靜觀最後還是以循環論告終。他強調動靜相因，但又主張“靜主動用”和“理靜氣動”。認為陰陽二氣之所以運動，是本體“理”的作用，“理”主靜而“氣”主動，“理”是客觀精神本體，因此運動是由外麵的“理”支使。這就陷入了形而上學的外因論。在運動的方向上，朱熹又提出循環論的觀點。他說： “一動一靜，循環無端”。 “蓋天地之間，隻有動靜兩端，循環不已，更無餘事”。認為運動是以循環的形式存在的。循環論看不到事物的螺旋發展和波浪式前進的趨向，而認為隻是如木、火、土、金、水相生相克，往複循環，永遠在原來的圈子中踏步。
綜上所述，朱熹在發展觀上是從承認矛盾對立和發展開始，最後又歸宿於形而上學的不變論的。
（三）提倡“格物致知”，強調“知先行後”
“格物致知”出於《大學》“致知在格物”一語，原無認識論意義，基本上是講對一般道德的體認。明確從認識論的意義上解釋“格物”的第一個人是程頤。他說：“格猶窮也，物猶理也。猶日窮其理而已矣。”朱熹繼承了二程的說法，並建立了更係統的格物窮理說。他說：“所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。”他通過對“格物致知”的闡釋，表述了自己的認識論思想。從認識的目的來看，朱熹講“格物致知”是為了當聖人。他說：“《大學》格物致知處，便是凡聖之關。物未格，知未至，如何煞也是凡人。須是物格知至，方能循循不已，而入聖賢之域。”認為若做不到“格物致知”，無論如何都是凡人，隻有達到“物格知至”，方可進入聖賢之域。 “格物致知”的具體內容是“窮天理，明人倫，講聖言，通事故。”這裏的“天理”主要是指仁、義、禮、智等封建道德，“人倫”、“聖言”、“事故”則是天理的闡發應用。朱熹認為，如果放棄對天理的追求，隻把精力花在草木、器用的研究上，那就如象散兵遊勇那樣，回不到老家。他說：“兀然存心乎草木、器用之間，此何學問！如此而望有所得，是炊沙而欲成飯也。”
在認識路線上，朱熹提出了“以身為主，以物為客”的命題。注意了認識主體和客體的區別。他說：“人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”這“知”是指認識能力，“理”和“物”指認識對象。他說：“格，致也，盡也”，“物，猶事也。”窮究事物之理達到極點就是“格物”。“致”，推究也， “知”猶識也。推展心中的知識至於極致，就是“致知”。由格物才能致知。因此，朱熹也主張向外追求知識。他說：“上而無極太極，下而至於一草一木、昆蟲之微，亦各有理。一書不讀，則缺了一書道理，一物不格，則缺了一物道理。須著逐一與他理會過。”這是朱熹認識論中的合理部分。他主張一事一物地去窮格物理，而窮理的方法又是學、問、思、辯等形式，是一個由淺入深的過程。學與問是聞見功夫，通過讀書論學，評論古今人物，應事接物等途徑去認識物理。第二步是思辯功夫，朱熹主張“沉思”，“潛思”、“反複推究”和“觸類旁通”，通過分析類推，達到內心“豁然貫通”窮盡天下之理的目的。他說：“一物格而萬裏通，雖然顏子亦未至此。惟今日而格一物焉，明日又格一物焉，積習既多，然後脫然有貫通處耳。”這裏的“脫然貫通”是建立在“積習既久”，不斷積蓄知識的基礎上，含有認識飛躍的合理因素，故不可簡單地認為是神秘主義的“頓悟”。
朱熹的上述合理思想，由於受其理一元論世界觀的局限，最後還是被窒息於唯心主義體係之中。他講“致知”，是擴大心中的先驗認識，由於物我都統一於“太極”，“太極”分殊之理既在物中，又在心中，“理之在物與在吾身隻是一般。”心中之理與外物之理是一回事，因此，“格物”隻是把心中和心外之理結合起來的手段，是用物理去啟發心中之理，下學而上達，最後達到“眾物之表裏精粗無不到，而吾心之全體大用無不明”的最高境界，這是先驗主義的認識路線。要達到如朱熹所說的這種境界，純屬主觀幻想。
在“知”“行”關係上，朱熹主張“知先行後”。他說：“知行常相須，如目無足不行，足無目不見。”知和行如眼與腳的關係的說法有一定道理，但如果追問：知與行誰先誰後，孰輕孰重？朱熹則說。“論先後，知為先；論輕重，行為重”。 “先知得，方行得”。如人走路，應先知方向路線方可移步，否則就胡闖亂行。對“行為重”，朱熹解釋道：“方其知之而行未及之，則尚知淺；既親曆其域則知之益明，非前日之意味。”知而不行是知得不深，隻有親身履曆之後，有了感受，才知得清楚真實。他說：“學之之要，未如知之之要；知之之要，未若行之之實。”學不如真知，真知不如實行，所以“行”重於“知”。
朱熹的知行觀，是指儒家的個人道德修養和實踐。由於道德實踐需要封建倫理指導，因此“知為先”。又因封建倫理不能隻流於空談，所以“行為重”。“知先” “行重”是實踐道德的兩個方麵，有其內在的邏輯一致性。如果從認識的角度看， “知先行後”顛倒了主次關係。認識來源於實踐，知行之間應以“行”為第一性。 “知為先”的主張顯然是錯誤的。至於所謂“行為重”，雖有其合理因素，但它強調的也隻是封建知識分子的個人道德實踐，這和我們今天所講的社會實踐有本質的不同。
（四）性分“天命”、“氣質”，明申理欲之辨在人性問題上，朱熹直接繼承了張載和二程的思想。張載把人性分為“天地之性”和“氣質之性”兩種，認為人性的善惡是稟氣不同所造成的。朱熹對此說十分讚賞，認為這個思想“有功於聖門，有補於後學”，“發明千古聖人之意，甚為有功。”二程繼張載後，對“天理之性”和“氣質之性”作了區別。在張、程思想的基礎上，朱熹又全麵論證了“天命之性”和“氣質之性”的人性二元論。他說：“人之所以生，理與氣合而已”。“理”與“氣”，人生不可缺少。“理”在人未形成之前渾然於天空，於人一旦形成，便附於人體，成為先驗稟賦於人心的仁、義、禮、智等封建道德，是先天的善性所在，人人皆有，故名“天命之性”。人體形成之時，必稟此氣，由於氣精粗、厚薄、清濁、久暫的不同，就產生了善惡、賢愚、貧富、壽夭的不同和性格上的差異。它有善有惡，名曰 “氣質之性”。上述二性並存於人身，這就是朱熹的人性二元論觀點。
朱熹的人性二無論反映了當時的統治者十分重視從思想上控製人心的傾向。朱熹說：“人之性皆善，然而有生下來善底，有生下來便是惡底，此是氣稟不同。”這一“氣稟有定”論，可為統治者階級的剝削壓迫開脫罪責，它要求人民在貧賤中聽從命運安排。因此，朱熹的人性論就成了鉗製人民思想的武器。基於上述目的，朱熹又把：“天命之性”稱為“道心”，把“氣質之性”稱為 “人心”，並斷言前者是“善”，後者是“惡”。其根據是《尚書·大禹漠》： “人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允執厥中”。朱熹認為上述十六字是堯、舜、禹的真傳，因而特別重視。什麼是道心？朱熹說：“道心者，天地也，微者精微。”他認為道心就是天理，所以是精微的，至善的，隻有聖人才具有。什麼是人心？朱熹說：“心者，人之知覺，主於身而應事物者也。指其生於形體之私而言，則謂之人心。”人心的特點是“易動而難反，故危而不安。” 人心就是“人欲”：“人心者，人欲也；危者，危殆也。”他把人心和人欲相等同，因為它是被物欲所迷惑而產生的邪念，是“惡底心”。所以朱熹認為，道心和人心的關係，就是心中至善之理與邪惡欲念之間的關係。人要去惡從善，就必須用“天理之公”去戰勝“人欲之私”。從上述思想出發，在道德修養上，朱熹提出了“存天理，滅人欲”的主張。這個天理實際上指“三綱五常”等封建道德。他說：“所謂天理，複是何物？仁、義、禮、智豈不是天理，君臣、父子、兄弟、夫婦、朋友豈不是天理。”所謂“人欲”，就是受物欲迷惑而產生的私欲。他說：“隻為嗜欲所迷，利害所逐，一齊昏了”（《語類》）。他認為人欲本是惡的，和人的正常欲望不同。欲望人人都有，饑而思食，寒而思衣的欲望是聖凡共有的。他說：“饑食者，天理也；要求美味，人欲也。”又說：“夏葛冬裘，渴飲饑食，此理所當然。才是葛必欲精細，食必求飽美，這便是欲。”因此欲有善惡，並非全都不好。朱熹對“欲”和“私欲”的區別，是對二程理欲觀的修正。他主張保證人民的基本需求，讓其生活下去，隻有那些過高的欲望，才應該堅決克製。因此，朱熹反對“過欲”、“縱欲”，也具有一定合理性。
不過，朱熹把“天理”和“人欲”絕對對立起來，認為“天理人欲不容並立。” “天理存則人欲亡，人欲勝則天理滅。”克得一分人欲，就複得一分天理，當人欲被克盡之日，就是天理流行之時。這就達到了超凡入聖的境界。
上述“存天理，滅人欲”的道德信條，在中國後期封建社會中，長期起著鉗製人民思想維護封建剝削製度的作用。