他的死對宋朝的忠臣是一個沉重的打擊，但是他們的領導人張世傑和陸秀夫最後一次把他們重組在一起，推戴已死皇帝趙昰的異母兄弟趙昺並以他的名義進行統治。此時他們以中國東南邊陲的雷州半島附近的硇洲島為基地。蒙古人的持續進攻迫使他們再次逃跑，這次從廣州過海到達崖山島。蒙古人對島進行封鎖。1279年三月十九日，宋朝船隊試圖打破封鎖，但在接踵而來的戰鬥中陸秀夫背負小皇帝蹈海，宋朝的末代皇帝夭折在海上，宋王朝最終被蒙古人推翻。三個月之後，張世傑在他的船隊遭到颶風摧毀時溺死。一些忠臣逃到占城，他們計劃恢複力量並且對蒙古在中國的統治進行挑戰，但是他們已沒有能力做到這一點。
到了1279年，忽必烈和蒙古人粉碎了宋朝的殘餘力量。但現在忽必烈可能麵臨更加難以對付的局麵，因為他必須獲得他征服的漢人的效忠。為贏得他們的信任和支持，他不能僅僅表現為一位隻對掠奪中國南方財富有興趣的“蠻人”占領者。相反，忽必烈需要建立一個為蒙古人服務但又不過分壓迫當地百姓的政府。某些政策和人員使用上的延續還可以使蒙古統治平穩過渡。因此，忽必烈對他的軍人下令允許漢人不受妨礙地從事經濟活動。他還試圖為他的政府召募漢人官員，許多有才能的“南人”為蒙古人工作。但是，一些學者和官員拒絕為蒙古人服務，並且投身到非政治的事務中。一些人物，例如著名的儒將文天祥，表現對宋朝的忠誠，則被蒙古人監禁或殺害。在忽必烈後來的統治時期，史書上沒有記載重要的宋朝造反者，明顯地顯示出他在世界上人口最多的國家中建立蒙古統治的能力，他遇到的困難卻很少。
對外擴張
在平定高麗中，忽必烈取得了同樣的成功。1258年，他的兄長蒙哥派出遠征軍平息叛亂並使高麗處於蒙古控製之下。武力的炫耀導致高麗的屈服，其象征是世子王禃（譯者注：王禃初名王倎，封王後改名）作為人質抵達蒙古宮廷。忽必烈和這位年輕的高麗人相處得很好。當第二年蒙哥和高麗國王去世後，在一支蒙古部隊的護送下忽必烈把王禃送回高麗並授於他高麗國王的封號。反過來，王禃很快地通過把世子送到忽必烈的宮廷作為人質以表現他的忠誠和“信諾”。在後十年中，高麗和蒙古朝廷間的關係持續改善。王禃向蒙古進貢，而忽必烈用慷慨的禮品回酬，允許高麗商人和中國進行貿易，並在經濟困難時向高麗提供穀物和肉類。
忽必烈甚至在政治騷亂時幫助他的盟友。1269年，一位名叫林衍的軍官發動軍事政變。在得悉發生暴亂消息後的一個月內，忽必烈派出3000名特遣軍驅散叛亂軍隊並恢複了王禃的王位。1273年，殘存的反抗者被趕到大陸南海岸旁的濟州島。為了鞏固與高麗皇族的關係，忽必烈讓他的女兒和高麗世子定婚，並成為以後在中國的蒙古王朝統治者的一種慣例。作為回報，高麗人每年派使團向中國進貢土撥鼠、水獺、白銀、獵鷹、陶瓷和藥品直至忽必烈去世；高麗向忽必烈的宮廷遞交人口登記冊，並且向派到高麗宮廷的蒙古監臨官提供給養。濟州島的一部分變成養馬的牧區，這些馬匹進貢給蒙古或者用於貿易。在70年代中期平定高麗後，忽必烈對高麗提出了蒙古在軍事和經濟上的要求
? 也許忽必烈對高麗最艱巨的要求是在他的對日關係中作出幫助。盡管在13世紀初期高麗被稱為倭寇的日本海盜所煩擾，他們仍希望避免牽連到蒙日關係之中。例如，1266年他們通過描述日本島嶼附近的洶湧海洋和狂暴氣候勸阻忽必烈派往日本的使團不要繼續前進。為高麗的不合作所激怒，忽必烈嚴厲地進行懲戒，他並且在1268年派出另一個由高麗人參加的使團。日本幕府首領和體現出武士自尊及愛國特點的攝政王北條政村，不接受作為中國的蒙古統治者的仆從地位，因此他們斷然拒絕使團的提議，甚至不答複忽必烈的來函。在這封信中忽必烈把日本君主稱為“小國之君”。1271年和1272年派去的使者得到相同的待遇，這兩次使者返回中國後都描述了在日本所受到的粗魯和屈辱的待遇。忽必烈不能容許日本人對他的無限期的蔑視。
1274年忽必烈開始組織迫使日本接受進貢國地位的懲罰性遠征。這次行動由1.5萬名蒙古人、漢人和女真人士兵以及6000至8000高麗軍隊組成，由7000名高麗水手引導，從高麗的合浦（接近現代的釜山）出發駛向日本。他們占領對馬島和壹歧島並且在九州東部海岸上的福岡登陸。因為忽必烈完全低估了日本人抵抗力量，這並不是一支很強大和給人深刻印象的軍隊。盡管日本不具有能和蒙古人的長射程武器例如弩和石弩相匹敵的武器，而且他們的將領不像蒙古將領那樣有經驗，但是他們早就布署好沿海岸的防禦，並且是在自己的土地上進行戰鬥，更加熟悉地形和氣候。
十一月十九日，看來日本人在福岡要輸掉反抗蒙古人的第一場戰爭，但是那天晚上突然襲來未曾預料到的大風暴。日本人習慣這種“反常的”事件並且輕而易舉地就隱蔽到任何他們能夠找到的躲避處。但是蒙古人被嚇壞了，在他們的高麗屬下的勸說下返回到船上並馳向寬闊的大海等待風暴平息。後果是災難性的：風、浪、岩石毀壞了幾百艘船，1.3萬人喪生。遠征以蒙古人的災難告終，殘餘的部隊開船返回並向忽必烈報告慘敗的消息。因為忽必烈企圖再次徹底征服南宋，所以他不能立即向日本報仇。1275年他派出另一個使團，但是使團的使者很快被趾高氣揚的日本統治者殺死。盡管忽必烈不能允許這種蠻橫的行為不受到懲罰，但是數年之後他才能夠向日本派出懲罰部隊。
同時，在中亞的察合台汗國，是一個與忽必烈對抗的、企圖從他手中奪取控製權的勁敵。同對忽必烈的地位不造成實際威脅的高麗和日本的關係不同，與中亞的關係涉及到誰應得到蒙古汗位的敵意挑戰。忽必烈的主要對手海都不僅是一位蒙古人，而且是皇族家庭中的一員。海都是大汗窩闊台的孫子。因為中亞與忽必烈的領土具有共同邊界，敵對關係會使中國西北的邊境受到打了就跑的侵擾，內亞遊牧民的這種襲擊使得漢地農民一年四季遭受損害。在這樣的襲擊之後，遊牧民可輕易地逃向中亞草原和沙漠中無邊無際的遼闊空間，躲避定居居民的追擊軍隊。這種攻擊破壞了忽必烈鼓勵的跨越歐亞大陸的遠距離商隊貿易並且危害忽必烈在中亞建立牢固的城鎮和綠洲。如果敵人控製這些必不可少的屯駐地點，他們可以破壞貿易。
忽必烈的侄子海都代表蒙古人中遊牧民族的利益，這種利益威脅著日益在中國呈定居趨勢的蒙古王朝。海都喜歡遊牧生活，喜歡作為牧人的君主的生活，但不喜歡作為農民的統治者的生活。他的住所是開闊的空間，而不是在人口眾多的都城裏的豪華宮殿中。比起由中央政府統治的充滿官僚氣息的定居農業社會來，他更偏愛遊牧社會。中國史料不公正地把他描繪成是一位掠奪者和一個背信棄義的叛徒。但是他的確既不想破壞這個區域裏的繁榮城鎮也不想粉碎那裏的貿易基礎。實際上，海都曾積極地阻擋對中亞綠洲的掠奪並且肯定指示過他的下屬不要騷擾居民。不過，他對這些城市征稅，並且用所得到的收入支持他的軍隊。無論如何，他表現為蒙古傳統的捍衛者，並且在他看來，忽必烈是背叛者。
難以確定忽必烈和海都彼此開始敵對的準確時間。早在1266年七月九日，忽必烈就任命他的兒子那木罕為北平王，試圖讓這位年輕人負責中國北部的軍事事務並且防止海都對中國西北地區的侵犯。五年之後忽必烈指派他的兒子到阿力麻裏（今新疆霍城）的中亞前哨，保護這個地區不受海都的侵擾。忽必烈還派去幾位那木罕的侄兄弟去陪伴他，鑄成大錯。因為他們全部卷入激烈的爭執，嚴重妨礙了遠征，並最終導致了遠征的失敗。
在粉碎中亞的反對者的遠征中，那木罕幾乎沒有進展。他成功地建立了軍隊的補給線，但不能很快地製約敵人。海都的軍隊以遊擊戰的方式行動而不與他進行傳統的戰鬥。一旦發現自己在數量上處於劣勢或者處於險境，他們立即脫身逃到他們熟悉的草原上或沙漠裏。因為不能輕而易舉地追擊機動性極強的遊擊部隊並和他們正麵作戰，那木罕的軍隊灰心喪氣。為了打破僵局，1275年忽必烈派出妻子的侄子安童（1245年～1293年）支持那木罕。安童是一位有能力的和傑出的人物，當時已任右丞相。到達那木罕的營地之後，安童很快意識到，宗派主義使諸王分裂，並妨礙著有效的軍事行動。但是，由於站在那木罕一邊，安童也被卷入這場爭論之中。
1276年下半年，陪伴那木罕的幾位宗王秘密計劃破壞遠征。包括阿裏不哥的兩位兒子和蒙哥的一位兒子在內的謀反者拘捕了那木罕並把他交給斡羅斯的欽察汗，而把安童交給海都。他們二人被監禁幾乎達十年之久，但是沒有受到傷害。謀反者由於發現海都在和他們結盟的問題上含糊其詞而感到失望，海都不希望他們呆在他的王國內。不久他們就移居到認為更安全的蒙古草原上。最終欽察汗和海都均不能從兩位俘虜身上勒取到贖金並且看出繼續監禁他們沒有好處，便釋放了那木罕和安童。當1284年他們返回時忽必烈熱烈地迎接他的兒子和他的內侄，並且再次授予他們過去的職務和頭銜。
在那木罕和安童被拘捕的那十年期間，忽必烈並沒有袖手旁觀。獲悉那木罕被俘之後，他派出他最有能力的和最有聲望的將領伯顏去營救兒子。剛從南宋王朝凱旋歸來的伯顏幾次受到挫折。和那木罕一樣，伯顏不能製服敵人，因為海都的軍隊繼續躲避。那木罕無人統率的軍隊也作出過一些勇敢的努力，試圖營救忽必烈的兒子，但是他們的營救同樣失敗了，未能救出那木罕。
最終忽必烈明白他不能控製中亞並且不得不承認海都是這個區域的實際統治者。甚至他的最傑出的將領都不能把忽必烈的宗主權擴大到中亞。他承認自己的失敗，勉強放棄在該地區的草原和綠洲的統治地位。他退到易於防禦的漢人居住地，容忍海都在農耕地區之外自由地統治。但他不能防止海都以這些村莊作為其主要目標加以襲擊。他所遇到的困難是，支援他的軍隊和當地友好居民的供應線漫長而脆弱；遊牧民持續不斷的騷擾對他的士兵和盟友都造成不便和威脅；他所追求的使這個區域的綠洲和城鎮自給自足的目標從未實現。簡而言之，忽必烈對中亞的進攻一事無成。
在對付漠北的挑戰中他成績斐然。曾經背叛忽必烈的兒子那木罕的謀反者遷移到漠北，並且計劃攻擊蒙古國的傳統首都哈剌和林。忽必烈和他的政府對付漠北的這種威脅的準備要比在更遠的西部地區所作的準備強得多。一段時間以來，他們通過對當地居民減輕賦稅和傳播更先進的農業技術來鼓勵哈剌和林附近地區的農業。他們還建立驛站，以此加強與中國北部的蒙古新首都的戰略和商務聯係，並且還派遣手工業者幫助本地人發展他們自己的手工業。這些措施使他們獲得當地居民的支持，從而在反對反叛宗王的戰爭中得到當地人的合作。1279年上半年，忽必烈的軍隊發動了征討叛王的遠征。在當地百姓的支持下，幾個月之內他們打敗並且抓獲了這些反叛的宗王。這一年年底時，漠北又成為忽必烈帝國的一部分。
製定政策
在征服中國南部以及高麗和平定中亞以及漠北的同時，忽必烈不是沒注意到在中國北部麵臨的困難。1260年他試圖去統治的中國北部現在麵臨著需要他去解決的嚴重困難——尚未從1211年至1234年蒙古和金朝的衝突所造成的破壞中真正恢複過來。農民不能斷定蒙古統治者的意圖。應有人向他們保證，既不會沒收他們的土地也不會對他們施加任意過度的賦稅。但是，與阿裏不哥以及南宋的連續戰爭阻礙了商業，並且由於缺乏可接受的法律條文造成很大的混亂。因為中國以前以科舉為教育的中心科舉的廢止，使教育係統一片混亂。以前的宗教不符合忽必烈和蒙古人的政策標準。佛教上層僧侶集團知道忽必烈同情他們，但道教徒不清楚新統治者是否會歧視他們。儒家擔心蒙古人會廢除傳統的宮廷儀式並且會降低儒士的地位。也許最重要的是，忽必烈的漢人臣民關心著自身的地位。他們肯定會被排斥在某些高級官職之外，但在其他方麵他們也會受到歧視嗎？
如果忽必烈希望在漢人社會裏建立秩序，他必須對這些問題作出回答並且處理這些問題。他所設置的政府機構有重要的作用，但是需要方向上的指導。忽必烈需要將官員執行的政治、社會和經濟政策連接起來。他必須公開他管理中國而不僅僅是剝削中國的計劃，從而他的官員可以仿效他並協助他摸索對定居文明的統治。某些學者對忽必烈早年親自參與指導統治決策感到驚訝，這一次他是會繼續在設計政策和計劃中起到積極的作用呢？還是僅僅由他的漢人幕僚向他呈交建議，然後不加思考地采納這些建議？誠然，忽必烈的確沒有製定許多隨後被執行的政策。但他也沒有袖手旁觀僅僅等待著提議。他積極地征求建議。他的一位官員引用了一段詔書：“有上書陳言者，皆得實封呈現。若言不可采，並無罪責；如其可用，朝廷優加遷賞。”一位當時的監察禦史王惲，告訴人們忽必烈在朝廷上參與審議。例如，在1261年五月的一個星期的時間中，王惲得到忽必烈的三次召見，討論政府事務。
忽必烈在有計劃有條理地規定和闡明他的政治和經濟觀念之前，他必須先減輕中國北方人民的苦難。蒙古人接管之前的戰爭在中國北方造成巨大破壞並喪失了大量的人口。很清楚這種劫難使幸存者承受著巨大的痛苦。在忽必烈統治的最初幾年，他根據請求反複地對他的領地上的許多地區給予幫助和豁免。漢文史料記載他經常免去或減少遭受經濟困難的地區的賦稅。他還向受到自然災害折磨的村莊提供紙幣、穀物和布匹。但是，除了這些應急措施，他還需要製定恢複中國經濟的長期規劃。
這個規劃的中心點之一是鼓勵農業。1261年忽必烈建立勸農司，勸農司挑選農藝學上有造詣的人去幫助農民更好地利用他們的土地。該機構每年向中央政府遞交農業、蠶業和水利控製工程的報告。最終忽必烈組建一個龐大的官僚機構以促進更有效地利用土地和推動生產發展。他下令建造糧倉存儲剩餘的穀物，為歉收年份食品短缺提供安全保證。他對定居居民的關心表現在1262年的一個敕令中，這份敕令禁止牧民在農田中放養牲畜。他不希望自己的蒙古人民對寶貴的農業區域進行蠶食並且造成其他的損害。
忽必烈還摸索著幫助農民自行組織起來恢複經濟。1270年他給予稱為“社”的組織正式的地位，以鼓勵農業生產和促進墾植，社由約50戶人家組成並且由社長或者村莊的長者指導。忽必烈命令各社適時耕作、植樹、開荒、改善防洪措施及灌溉、提高絲綢產量以及在河湖中養魚。忽必烈和他的幕僚把社設想為農民的自助組織，而且還想給社植入其他的功能。他們希望利用社恢複農村的穩定並且幫助進行監視和進行統計。
也許政府的最有新意的目標是利用這個新組織促進普及教育。每個社都有為村裏的兒童們建立學校的義務。當農田中隻需要很少勞動力時農民的孩子就去上學。這一階段的編年史對這個教育係統作出浮誇的判斷。至1286年，按照《元史》的說法，有20166個社學。但是這個數字看來是言過其實的，因為社的領導者意識到期待他們做什麼，從而可能向中央政府誇大他們的報告，虛報學校數量增加的假象。普及教育係統的幻想肯定從未實現，事實上，甚至在全中國普遍組建社的證據也是很少的。然而這種幻想揭示忽必烈和他的幕僚們的觀念：教育農民，讓政府為他們的利益服務。中國的蒙古統治者不再認為自己隻屬於遊牧民，所以農民也應該受到公正的對待。
更為明顯的證據是政府在限製農民負擔上的努力。忽必烈設計出一種固定的正規的征稅製度，免除包銀並且限製投下的權利。根據新製度，過去強迫農民交給投下的難以計數的鈔和絲現在移交給政府，然後由投下和中央政府均分。農民每年交稅糧但不需要再考慮投下領主強加的反複無常的征收。他們與包括手工業者和教士僧侶在內的其他人口一樣支付人頭稅。他們其他的主要負擔是可以和賦稅一樣沉重的徭役義務。忽必烈修建道路、都城、擴展大運河並且組織驛站係統，所有這些都需要大量的勞力投入。然而他尋求通過他的統治限製對農民的過分要求，有時還放棄為徭役指派的其他賦稅。但是他不能控製所有的官員，並且一些對農民的勞力要求是不合理的。忽必烈不像許多傳統的蒙古人，不是僅僅追求剝削中國農民，這似乎是很清楚的。
和他的祖先一樣，忽必烈愛護手工業者。和傳統的漢人不同，他給手工業者較高的地位。因為蒙古人自己隻有很少的工匠，他們所需要的手工業品靠外族人提供。忽必烈在他的政府裏設置了一些機構組織手工業者並保障他們的福利。例如他的機構中有一所將作院，負責向宮廷提供珠寶、布帛和紡織品。為了贏得手工業工匠的忠誠，忽必烈製定了對他們有利的製度。政府向他們提供相當高的工錢以及食品和布匹配給並且豁免徭役，還允許他們完成每年的朝廷定額後製造可銷售的產品。但是，作為對這些優惠的回報，由政府管理世襲的手工業階層。13世紀後期，大約30萬戶人被劃分為匠戶，而且不能更改戶籍。盡管有這種限製，總的說來手工業工匠是從中國的蒙古人統治中獲益的。
商人可能是從忽必烈的政策中獲益最大的階層。由於儒家士大夫不讚同貿易，中國各王朝對商人施加大量限製。但是忽必烈沒有這種偏見，並且實際上給予商人很高地位。斡脫這個以回回人為主組成的商人集團，就受到政府的支持。在蒙古征服的最初年代，斡脫曾向蒙古貴族提供極需要的貸款。作為報答，1268年忽必烈建立了“斡脫總管府”，向斡脫提供低息貸款。斡脫將這些經費主要用於商隊。斡脫和中國商人的商業交易稅為3.33％的低額。
為了便利貿易並且促進商人的福利，和中國曆史上以前的任何朝代相比，忽必烈在更廣泛的範圍內使用了紙幣。1260年忽必烈發行三種紙幣，但是用銀儲備支持的中統元寶鈔比別的紙幣更為流行，並且受到漢人的信賴。朝廷原意用紙幣接收應交納的賦稅逐漸建立起了對新紙幣的信任。紙幣的穩定有助於發展貿易從而提高了商人的利益。1276年以前該係統運轉良好，因為政府嚴格控製紙幣印行總數。1260年朝廷印刷總麵值為73352錠（銀錠）的紙幣，1265年總量逐步增加到116208錠。1276年由於對南宋及日本的戰爭造成開銷激增，朝廷急劇地把印行總量擴大到1419665錠。但是由於成功地征服南宋後得到的大量稅收，使朝廷得以控製通貨膨脹。
忽必烈的政府還通過改善運輸係統幫助貿易和商人。把大運河延長到中國北部的蒙古首都和修建道路是兩個顯著的成就。馬可·波羅對這些道路的印象極深並且寫道：忽必烈指示在道路兩邊每隔二三步遠種上樹……大汗下令這樣做是使每個人都能看見道路，從而商人可以在樹蔭下麵休息，並且不會迷失方向。交通上最顯著的成就是驛站係統。至少從漢朝起中國就有驛傳和驛馬，但是蒙古統治者大規模地擴大了該係統。驛站的設置是為發送和傳遞官方郵件，但是旅行的官員、軍人和國賓也可使用它，驛站還幫助運輸國內外貢品，便利貿易。它並不是商人的旅店，不過商人照樣利用它，並且是國內外貿易網絡中的重要環節。在忽必烈統治的後期，中國有1400個驛站，共配備5萬匹馬、1400頭牛、6700匹騾、4000輛貨車、近6000條船、200多條狗和1150隻羊。任何地方相隔15裏到40英裏有一座驛站，服務員在驛站工作，以完成他們徭役中的一部分。在緊急情況下，騎馬的信使可以以每天250英裏的速度傳送重要消息。這是13世紀以及其他世紀的一種有效的郵政服務。盡管受到官員、商人、隨員的濫用，驛站有效地運行，這是包括馬可·波羅在內的大量外國旅行者證實的事實。
所有這些進展都表明忽必烈對商人的關心以及在鼓勵貿易上的努力。不像許多漢人，忽必烈和他的蒙古支持者對商人沒有偏見。來自那個時代的觀察者的證據表明在忽必烈統治期間蒙古人的確是成功的，商業蒸蒸日上。例如，馬可·波羅寫到：“我相信世界上沒有別的地方能聚集這麼多的商人，並且比世界上的任何一個城市裏的更貴重、更有用和更奇特的商品都彙集到這個城市裏。”
其他一些行業階層在忽必烈的統治下比在別的漢族皇帝的統治下過得更好。醫生是從蒙古統治中獲益的這樣一個集團。作為一個實用主義者，忽必烈重視醫學並且給醫生較高的社會地位。他在開平和中國北部建立以回回醫生為主的廣惠司的分支機構為宮廷服務。蒙古官員谘訪回回醫生，翰林院增添了36卷回回醫學藥方。
忽必烈還設立太醫院，其任務是規定挑選醫學教員的標準，監督對醫生的訓練以及醫學教科書的準備，編製醫生的資格考試並且負責所有的醫生和藥物。它剔除不勝任的醫生並且確保未通過考試的候選者不得從醫。如李約瑟指出的那樣，“存在著普遍地提高醫生醫術的步驟”。在這種努力下，朝廷在首都建立了四個回回藥物院，所有這些學校都受到波斯醫生治療方法的影響。
這些努力富有成果，被醫學吸引的優秀人才要比以前各朝代所吸引的更多。朝廷不輕視醫生職業，優秀人才把這個職業看成是有用的和有利的，因為通過病人可以接觸權貴並且醫生的工作符合儒學對正直和利他的強調。醫生經常被豁免徭役，這是選擇醫學職業的另一個原因。
忽必烈還重視科學家並且努力促進他們的工作。他向他們提供財政支持並且試圖提高他們在漢人社會中的地位。聽說波斯人取得大量的科學發現之後，他邀請天文學家劄馬剌丁到中國說明這些發明。劄馬剌丁1267年到達宮廷時帶來日晷儀、星盤、地球儀、天球儀，以及一種新的、更準確的中國人稱為萬年曆的曆法。四年之後，忽必烈建立回回司天監招募和吸引波斯和阿拉伯天文學家到他的宮廷來。後來漢人天文學家郭守敬（1231年～1316年）利用波斯曲線和計算推導出另一種曆法《授時曆》，這種曆法略作修改後到整個明代還在使用。在忽必烈的保護下，地理考察和地圖繪製蒸蒸日上。阿拉伯和波斯的旅行家和商人帶來有關亞洲和歐洲的信息，從而“活躍的中國地理學把來源於阿拉伯的非中國世界的數據結合進來”。教士和藝術家是另外兩個得到忽必烈偏愛的群體，在後麵對宗教及藝術的討論中將更清楚地表明忽必烈對他們的態度。
總之，對於那些在中國曆朝未得到很好對待的職業階層，忽必烈努力排除對他們的歧視。手工業者、醫生和科學家獲得更多的利益並且得到朝廷更多的關心，因為忽必烈顯然希望在統治中國上得到他們的支持。他還保證不剝削農民，並且實際上鼓勵了農業的發展。受到蒙古人損害的主要階層是地主精英，從這個階層中湧現出大量的士大夫統治階級。忽必烈和蒙古人作為國家的統治者取代了他們。廢止科舉製度之後，漢人精英隻有很少的選擇。一些人順從了，並為蒙古人服務；一些人放棄公共生活成為隱居者或者把興趣轉向藝術；還有一些人不滿蒙古人的統治，形成潛在的破壞力量。漢人精英感覺到他們是排除在蒙古人給予利益的階級和職業之外的主要群體。但忽必烈和宮廷試圖通過保留某些政府機構，如翰林院、國子學、集賢院及國史館來安撫他們，在這些機構中任職的人以士大夫為主。
軍隊是另一個需要確定它和朝廷的關係的群體。忽必烈主要關心的是不使蒙古人對軍隊的控製受到危害，他所建立的組織及製度反映著這個目的。1263年，他重建樞密院以監督衛軍、怯薛（蒙古大汗的侍衛軍）和萬戶（即“萬戶之長”）。這些單位主要由蒙古騎兵和以漢人為主的步兵組成。所有的蒙古成年男性有義務被征募，某些漢人家庭則被指定為世襲的軍戶。對他們豁免施加在普通百姓上的一半賦稅。但是，反過來，他們需要支付自己的費用，有時這是一項沉重的經濟負擔。這些負擔，加上軍官對資金的侵吞勒索，最終導致士兵逃亡和武裝力量的衰落。但是，一直到忽必烈去世之後，這些問題還沒有引起很大麻煩。
使人更為焦慮的是漢人軍隊的征募。忽必烈不能僅僅依賴漢人，他需要用蒙古軍隊去製約他們。因此他使用蒙古怯薛作為自己和宮廷的侍衛軍。同樣，在沿著邊界部署駐軍時，他感到需要保持軍隊中蒙古人的優勢。
忽必烈還認識到蒙古人對軍事供應和軍事設施的控製是必不可少的。例如，朝廷禁止漢人買賣竹子，因為竹子可用於弓箭；竹子由朝廷專賣。忽必烈還力求保證朝廷得到可靠的戰馬供應。隨著蒙古人開始在中國轉向定居生活，在得到馬匹上他們麵臨著和漢人一樣的問題。為了提供政府所需的馬匹，忽必烈命令漢人臣民擁有的每100匹馬中要上交給朝廷一匹馬。他還保留買馬的權利，強製馬主按官價賣馬。企圖隱藏馬或者私下賣馬的漢人家庭會受到嚴厲的懲罰。稱為太仆寺的政府機構照管馬匹並且管理集中在漠北、中國北部和西北部以及高麗的牧場。盡管史料間或提及走私馬匹和別的欺騙行為，在忽必烈統治期間，朝廷能得到足夠數量的馬。
朝廷另一項關心的事情是製定用於它的疆域裏的法規。蒙古人的傳統的法律“劄撒”缺乏統治定居文明所需的複雜性，相反，它隻反映遊牧社會的價值觀，不適用於中國。在奪取權力期間，忽必烈保留了金朝女真人的法律，但在1262年他命令他最信任和最有影響的兩位幕僚姚樞和史天澤製定一部更適用於他的漢人臣民的新法律。從1271年開始執行這些法律，不過蒙古的法律、慣例和習慣還影響著新的法律。
在法律上蒙古人明顯地比漢人得到優待。死罪的種類為135種，要比宋朝法典中規定的數量少一半還多。按照蒙古慣例，通過向政府上繳一定的贖金，犯罪者可以免遭懲罰。忽必烈可以發布大赦，而且他的確這樣做了，甚至對反叛或政敵都予以大赦。為了避免濫用被告的權力，行省和中央政府的官員對地方司法裁決的重罪進行日常的審核。因為缺乏對法律執行情況的詳細研究，很難辨別這些法令上的改革是否轉化成比以前的中原王朝更為寬容和靈活的係統。然而該法律中體現的忽必烈及蒙古人所支持的法律思想看來的確不如以前的漢人法律那麼嚴厲。
建都大都
忽必烈給他的漢人臣民的最明確的信號是把首都從漠北遷到中國北方。在他的幕僚劉秉忠的幫助下，他接受把首都從和林遷到大都（今北京）的想法。1266年，他下令建造漢人稱為大都而突厥人稱為汗八裏的城市。蒙古人直接從漢語翻譯，稱它為大都。盡管回回人監督這項工程並且有大量外國工匠參與建設，在概念上和風格上這座城還是中國式的。因為忽必烈希望大都作為他努力吸引傳統的漢人儒士的象征，設計者遵循了中國模式。但是，他選擇了一個不落俗套的地點建設首都。和以前的大部分位於黃河或其支流附近的中國首都不同，大都位於中國北部邊境附近。
忽必烈選擇這個曾是遼、金首都的地點，一是因為他領悟到他的帝國不僅僅隻包括中國，二是他希望保持對他的蒙古故鄉的控製。這個在中國北部的行政中心將向他提供一個監控地點並向他提供確保他對故園權威的基地。大都的主要欠缺是穀物儲備不足。為彌補這個缺點，忽必烈從中國南方運來大量的糧食，最終還將大運河延長到首都。
回回建築師也黑迭兒和他的助手把大都建築成典型的中國式的首都，但又帶有一些蒙古格調，城市呈矩形，圍在用土夯實的城牆之中。在它的外城牆之內是兩道內城牆包圍的皇城及忽必烈的住所和宮殿，百姓不得進入。城市按東西軸和南北軸對稱地布局，寬闊的街道從11座入城的城門按幾何圖形延伸。街道足夠寬闊，以至“九軌可並馳”。在所有的城門處，三層高的城樓用以警告對城市即將來臨的威脅和危險。紫禁城裏的所有建築，包括皇帝自己以及後妃的住所、接見外國使者的大殿，以及湖、花園和橋都明顯地和典型的中國式的首都相同。然而，在一些建築物中蒙古裝飾是明顯的。在忽必烈就寢的帳篷裏掛著貂皮帳簾，這是他念念不忘蒙古人的狩獵生活象征。在宮裏的花園中設立蒙古風格的帳篷，忽必烈的兒了們經常居住在帳篷裏而不是住在宮殿裏。當忽必烈的後妃們臨產時，她們就被移到帳篷中分娩。忽必烈從蒙古草原為他的宮殿台基帶來青草和泥土，這樣他自己和他的蒙古夥伴就不會忘記他們的傳統。但是，最大的影響仍是漢人的。
漢族對城市建設的影響也許最清楚地表現在忽必烈下令在宮殿附近建造的廟宇。太廟的建設表明他想取悅於儒家精英的願望。漢人極為重視對祖宗的崇敬，建造太廟表示忽必烈想保持有關敬仰祖宗的禮儀。忽必烈還為他的八位包括成吉思、窩闊台和蒙哥在內的祖先建造牌位。毫無疑問相同的動機促使他在都城建立地壇和社稷壇。1271年，他下令按漢人方式每年在這些祭壇進行祭祀，以便在神的保佑下確保豐收。他甚至建造孔廟，在那裏宮廷官員向這位中國聖人祭奠並進行一年一度的儀式。忽必烈很少參加這些典禮，僅僅派漢人幕僚代表自己。
1274年陰曆一月忽必烈首次在他的新首都主持朝會。隨著大都成為更具漢人風格的都城，忽必烈原來的夏都開平或上都，即塞繆爾·泰勒·柯爾律治詩中的行宮（英國詩人，1772年～1834年，《忽必烈汗》是他的著名詩作），變成別的用途。上都成為繼續舉行蒙古人薩滿教儀式的主要地點，有元一代這些儀式一直在這裏舉行。上都不再是真正的首都，而越來越多地作為忽必烈的夏天休息場所和獵場，此地是他賴以保持和重申他與傳統的蒙古事務息息相關的紐帶。上都沒有那麼多的政府機構，從這一點上看，上都的蒙古風格更濃，而漢族影響較小，所以這為蒙古大汗提供了良好的寬鬆氛圍，使他從中國皇帝必須承受的壓抑的生活方式中擺脫出來。
忽必烈還在國內宗教政策方麵盡力迎合他的中國臣民。盡管他自己繼續出席蒙古薩滿教的儀式，他母親的培養已使他牢記對新征服地的主要宗教提供庇護及支持的政治重要性。13世紀60年代忽必烈需要同支持他統治中國的各派宗教發展關係，從而確保蒙古對這個國家的控製。即使在他僭取中國皇帝的名份之前，他已經試圖吸引漢地宗教的上層人物，但是現在這種努力更為重要和更加迫切。
首先，忽必烈力圖與儒家保持良好關係。在開始建設大都的1267年，他下令建造太廟並且製作祭奠祖先所需的祖宗牌位，而且他選定了國家的曆法，這是農業社會統治者必不可少的工作。他的王朝名稱的選擇對於儒士將是一個最重要的信號。采納富有漢地象征的漢語名稱將表示忽必烈希望和中國某些傳統融為一體。1271年，在劉秉忠的建議下忽必烈從《易經》中選擇了“大元”作為國名。元的涵義是“乾元——天地萬物的起源”或者“原始力”，但最重要的是，新朝代的名號直接出自漢族傳統經典著作之一。
同一年，忽必烈在朝廷中重新實行傳統的儒家禮儀以及伴隨禮儀的樂舞。如果朝廷想防止導致洪水、幹旱或地震的自然災害，采用相應的禮儀是必不可少的。忽必烈不僅命令重新引入這些禮儀並且讓他的儒家幕僚們教授200餘名挑選出來的蒙古人演習朝儀，這是他希望迎合漢人的另一種表示。
從忽必烈為最終被指定為繼承人的次子所規定的訓練和教育中，可以進一步看到他對儒教和漢人價值觀的敏感。在佛教僧人海雲和尚的幫助下，他為兒子取了一個漢文佛教名字真金。為了使真金接受第一流的漢式教育，他指定姚樞、竇默和王恂——他的最好的儒家幕僚中的三人作為這位年輕人的老師。這些學者向真金講授漢人經典著作，並向他介紹闡述早期中國各朝代皇帝及大臣的政治觀點的文獻。
忽必烈還讓他年輕的兒子接觸中國領土上的其他宗教信仰。這樣真金接受佛教喇嘛八思巴的傳授，八思巴為他的年輕學生寫了一篇題為《彰所知論》的短文，向他說明佛教。一位重要的道教大師向他介紹這門神秘的宗教。忽必烈為漢人對真金的信任不斷增加而高興，所以授予他的兒子更多的責任，並且不斷地提升他，1273年達到頂點，指定真金為明確的皇太子。忽必烈這樣指定自己的繼承者，完全打破了蒙古習慣，因為這樣做拋開了正常的選舉過程，所遵循的是傳統中原王朝的通常做法。
吸引儒家學者的另一種方法是為傳播他們的觀點提供實質性的支持。例如，忽必烈鼓勵把漢文著作翻譯成蒙古文。諸如儒學經典《孝經》和《書經》，以及真德秀（1178年～1235年）所著《大學衍義》等理學著作，也在忽必烈的支持下得到翻譯。蒙古精英可以享用這些作品，忽必烈以此告知漢人他尊重儒家思想。他還招聘一些傑出的學者來教育漢人以及蒙古人和中亞人，此事給漢人學者留下深刻的印象。被招聘的傑出人物之一是許衡（1209年～1281年），忽必烈在1267年任命他為國子祭酒。許衡被公認是那個時代最偉大的學者之一，因為在講學中他專心務實而得到他的蒙古保護人的歡悅。他的成功在於“他不涉及純理論、形而上學的內容或者更高深的內容”。在他給忽必烈的建議中，他強調務實的觀點，這是一種肯定會在蒙古宮廷中獲得好感的態度。
忽必烈讚同用傳統的中國方式記載元朝曆史的建議，這也使他得到儒士的稱讚。儒學重視過去，強調利用曆史經驗指導行為，所以它為這種官方認可的編年史工程提供了依據。1261年八月，儒家學者王鶚（1190年～1273年）建議收集遼朝、金朝以及早期的蒙古統治者的曆史記錄。他還建議朝廷在翰林院下建立翰林兼國史院以搜集記錄並且撰寫遼史和金史。忽必烈表麵上沒有漢人對編寫曆史的熱情，然而批準建立國史院，這是另一個他希望獲得儒士讚同的決定。