施耐庵唯恐朱元璋再來征召，便到白駒場西邊18裏自己的莊田上，按蘇州閶門外故居的格局，建了房院，遷來此地。並沿用故居的地名，東麵叫楓橋，西麵叫柳橋，北麵叫板橋，總稱蘇家橋，亦稱施家村。當時，村西有一蘆葦蕩，占地十餘畝，蕩中蘆葦繁茂，水鳥甚多，每到秋冬季節，野鴨成群飛來。蕩口直通河溪，溝河交岔，蕩中有一土墩，高高露出水麵。施耐庵便以此為梁山泊，常和羅貫中一起，乘著小船，登臨其上，猶如畫家寫生一般，專心從事創作。書成坐天牢施耐庵在施家橋住了一年多，大部分時間和精力，都花在寫作和修改《江湖豪客傳》上，眼看全書即將寫完，他又覺得書名不夠含蓄，想換一個。羅貫中看出了老師的心思，就向他建議說：“老師，書名就叫《水滸傳》吧！”施耐庵覺得這個意見很好，說：“水滸，就是水邊，含有‘在野’的意思，還有典故，詩經上有‘古公祖父，朝來走馬，率西水滸，至於岐下’，是歌頌周代發祥史的。這書是寫起義英雄的，叫它‘水滸’，非常合適！”
《水滸傳》成書後，很快被借閱、傳抄到社會上去。到了明洪武元年（1368年）冬天，抄本傳到朱元璋皇宮裏來了。朱元璋因為幾次派人請施耐庵出來做官都沒有來，所以看了這本書很生氣，隨即作了批示：“此倡亂之書也。是人胸中定有逆謀，不除之貽患。”於是秘密派人把施耐庵抓來，關進了刑部天牢。不久，這件事讓劉伯溫知道了，便以同榜身份，到天牢裏來探望施耐庵。施耐庵要劉伯溫想個辦法放他出去，劉伯溫沉思了一下，狡黠地笑了笑說：“你是怎麼進來的還是怎麼出去吧。”說完就走了。
施耐庵反複琢磨劉伯溫這兩句話，心想：“我是因為寫書坐牢的，還是要通過寫書才能出去呀！”想著想著，他逐漸悟出道理來了：為什麼朱元璋要抓我，主要是《水滸傳》寫了宋江一夥人在梁山泊樹起義旗造反，歌頌了落草為寇的英雄，觸犯了他的忌諱。要是把宋江等人寫成像張士誠那樣，接受元朝招安，不是就行了嗎？得到刑部的允許後，他就在天牢裏，以張士誠降元為背景，把《水滸傳》續下去。施耐庵寫了宋江接受招安，替宋王朝去征服田虎、王慶、方臘，最後和李逵一起，服用禦賜藥酒自盡，至死不反叛。施耐庵用了整整將近一年時間，才把這部《水滸傳》的後五十回續成，送呈朱元璋閱覽，加上劉伯溫從中幫忙，終於以“年老有病，交保就醫”的名義，被釋放了 。
病死淮安城
施耐庵在天牢關了一年多，精神上、肉體上都受到很大摧殘。出獄時，已是瘦骨嶙峋，步履艱難了。幸虧弟子羅貫中趕到南京來接他。施耐庵在途中就染了病，到淮安後，在一個姓王的隔壁，租了間房子，暫且住下來養病。明洪武三年(1370年)春天，施耐庵越發病得厲害，茶湯不進，人事不省。直至此時，施耐庵的二弟彥才接到信從白駒場趕來了，見此情景，不禁落淚。施耐庵對彥才說：“我一生都累在一部《水滸》上，我死了，子孫隻叫種田，有口飯吃就行了，……”說到這裏就與世長辭了，終年75歲。他的遺體臨時葬在淮安。到明永樂十九年(1421年)，他的長孫文呈才把他的墓遷到白駒場施家橋，並請淮安王道生寫了墓誌。