清軍入關和農民軍的失敗 李自成進軍北京的消息傳到關外，清朝攝政王多爾袞，急忙率領大軍南下。駐守山海關的明朝將領吳三桂，投降清朝。李自成親自率兵同吳三桂軍隊以及清軍在山海關展開大戰，農民軍失利。李自成回師北京，接著被迫向陝西撤退。山海關大戰異常激烈。李自成在關下列陣，農民軍英勇戰鬥，吳三桂軍隊麵臨崩潰局麵。吳三桂見形勢嚴重，親自去清營見多爾袞，請求清軍立即出兵。多爾袞令清軍進關。那一天，狂風大作，飛砂走石，對麵不見人影。清軍從吳軍背後衝出，以逸待勞，猛攻農民軍。已經連續奮戰兩天的農民軍，被清軍衝亂陣勢，大將劉宗敏負傷。李自成隻得下令退兵。
清軍入關以後，占領北京。順治帝遷都北京，由多爾袞輔佐。清軍繼續追擊農民軍。1645年，李自成率農民軍輾轉到達湖北九宮山，遭地主武裝襲擊，壯烈犧牲。他的部眾繼續同清軍作戰，堅持鬥爭近20年。李自成進入北京以後，張獻忠率領的農民軍占領成都，建立大西政權。後來，清軍攻入四川，張獻忠犧牲。
南明和人民的抗清鬥爭 清軍占領北京以後，明朝官僚在南京擁立福王組成小朝廷，這就是曆史上南明的開始。小朝廷重用奸臣，政治更加腐敗。1645年，清軍進入江南，包圍揚州，勸守衛揚州的南明統帥史可法投降，史可法拒絕。城破，他不屈而死。南京的南明小朝廷也迅速覆滅。
清軍在江南進展迅速，多爾袞令漢人剃發易服。這種民族壓迫政策，激起江南人民強烈反抗。剃發令限男子在十天之內，必須照滿洲人的風俗，剃發梳辮。還宣布“留頭不留發，留發不留頭。”服裝也要照滿洲人的樣式，男子穿長衫馬褂，女子穿旗袍。江蘇江陰人民誓死不剃發，提出“頭可斷，發決不可剃！”他們推舉典史閻應元領導大家守城。閻應元組織全城百性投入戰鬥，堅持了80多天。最後清軍攻入城中，閻應元和守城百姓都壯烈犧牲。 經過20年的戰爭，清朝才基本上統一江南。
起義失敗
??? 李自成撤出北京後，經山西退回西安。清軍在清順治元年（1644年）冬分兵兩路進攻西安，次年二月潼關失守，李自成從西安經襄陽進入武昌，五月，李自成在湖北通山縣南九宮山遭到地主武裝襲擊，壯烈犧牲，年僅39歲。順治三年（1646年），清軍由陝南入川，攻打大西軍，張獻忠於次年七月撤離成都，北上與清軍作戰，十一月犧牲在鳳凰山（今四川南溪縣北）。李自成、張獻忠犧牲後，農民軍餘部繼續堅持戰鬥，大順農民軍分為兩路，一路由郝搖旗、劉體純等領導，活動在洞庭湖以東地區；另一路由李過、高一功領導，活動在洞庭湖以西地區。大西農民軍在孫可望、李定國率領下轉入川貴，堅持抗清鬥爭。清軍集中兵力鎮壓義軍，李過病逝，高一功、劉體純、郝搖旗等戰死，孫可望降清，李定國兵敗。到順治十五年（1658年），明末農民軍餘部完全失敗。
明末農民起義最終失敗了，但它的偉大曆史功績是永垂史冊的。它沉重地打擊了地主階級；遏止了土地高度集中的發展，使得農民對地主階級的人身依附關係有所鬆弛；起義中提出的“均田”口號，是唐宋以來農民戰爭的一個新發展，它直接觸及了封建土地所有製，這在中國農民戰爭史上是第一次，標誌著中國封建社會的農民戰爭已經進入了一個新的曆史階段。明末農民起義，為中國人民革命鬥爭史寫下了光輝的一頁。