《本草綱目》的成書，係統地總結了我國十六世紀以前醫藥學的經驗和成就，六大豐富了我國的藥物品種，是我國古代藥物學、植物學的寶貴遺產，對我國乃至世界醫藥學的發展都起了重大的推進作用。
李時珍一生寫了很多醫藥書，除《本草綱目》外，還有《浙湖脈學》、《奇經八脈考》、《瀕湖醫案》、《集簡方》、《五髒論圖》、西三焦室難命門考》、《白花蛇傳》等書，但大部分已經散失了，流傳下來的隻有《浙湖脈學》、《奇經八脈考》兩書。這兩部書現在是學習診脈的必讀書籍。《本草綱目》的出版，不僅受到了我國人民的熱烈歡迎，而且受到了世界人民的熱烈歡迎。1606年，《本草綱目》傳入日本和朝鮮，以後又陸續被譯成拉丁文、法文、俄文、德文，英文等多種文字．流傳到世界各地，成為全世界人民的寶貴財富。
清朝篇
清朝於1644年入關，定都北京，逐漸完成了統一，建立了全國統一的政權。順治元年（1644年）十月一日，福臨入居北京，標誌清朝定鼎中原的開始。清朝前期，我國的疆域西跨蔥嶺，西北達巴爾喀什湖，北接西伯利亞，東北至黑龍江以北的外興安嶺和庫頁島，東臨太平洋，東南到台灣及其附屬島嶼釣魚島、赤尾嶼等，南至南海諸島，成為亞洲最大的國家。但在清初，由於統治者的燒殺搶掠行為以及推行的“圈地”、 “發令”等落後政策，激起了各地、各階層人民的激烈反抗。在清初各地的反抗鬥爭中，既有南明福王、魯王、唐王及桂王政權的抗爭，更有廣大人民群眾的不屈反抗，產生了如史可法、黃道周、瞿式耜、李定國等許多民族英雄。在抗清鬥爭中，大順和大西農民起義軍餘部堅持多年，並曾取得了較大的戰果。隨著清朝不斷的武力鎮壓和統治政策的調整，到康熙初年，各地起義基本消失。
乾隆時期，清政府又在四川西北部推行改土歸流措施。在此期間，大小金川土司發動叛亂，以武力抗衡。清朝經過長期的用兵，才平定了叛亂，廢除了大小金川的土司製度。改土歸流措施的實行，有利於中國統一多民族國家的鞏固和發展，密切了各族間經濟、文化的聯係。乾隆二十二年（1757年），大小和卓木（博羅尼都和霍集占）在天山南路地區發動叛亂。1759年，清朝將這次叛亂鎮壓下去。之後，清政府在喀什噶爾等地設置參讚大臣、辦事大臣等，加強了對當地的管理。
康熙以後，還陸續將匠銀攤入田賦，最後廢除了匠籍製度。這一措施使得匠戶在法律上也擺脫了封建政府的人身控製，有利於工商業的發展。隨著商品經濟的發展，資本主義萌芽也有了緩慢的增長。當時包含資本主義生產關係的手工作坊、工場較以往有顯著的發展，如絲織業工場主所擁有的織機數量有很大的增加。在清代，資本主義萌芽表現的另一種形式包買商控製生產的現象，比過去也有一定的發展。如蘇州、江寧等地大商人開設的“賬房”，他們把原料，甚至工具分給小機戶從事生產。生產者最後將完工的綢緞，送歸“賬房”批售，“賬房”則支付他們的報酬。
清中葉以後，由於承平日久，各種社會矛盾日益暴露，反清鬥爭接連不斷，其中曆時九載的白蓮教起義結束了清朝的全盛時期。
晚清統治者在世界潮流麵前缺乏相應的曆史主動，未能與時俱進地回應時代的挑戰。晚清統治者的抱殘守缺，逆潮流而動，最終使其付出了失去未來的沉重代價。 1911年，辛亥革命爆發，清朝被推翻，從此結束了中國兩千多年來的封建帝製，中國曆史進入了一個嶄新的篇章。清代自入關後，共曆十帝，二百六十八年。