第二，密折製度。什麼是密折呢？密就是機密；折就是將奏文寫在折疊的白紙上，外麵加上封套。康熙朝有奏折，雍正朝密折製度加以完善。皇帝特許的官員才有資格上奏折。康熙朝具折奏事的官員100多人，雍正朝增加到1200多人。奏折的內容，幾乎無所不包，諸如刮風下雨、社會輿情、官場隱私、家庭秘事等。皇帝通過奏折可以直接同官員對話，更加了解和掌握下麵的實際情況。奏折運轉處理程序，因“閣臣不得與聞”，而避開閣臣幹預，特別是官員之間互相告密、互相監督，強化了皇帝專製權力。雍正朝現存滿、漢文奏折41600餘件，是研究雍正朝曆史的重要檔案資料。
第三，設軍機處。雍正創設軍機處，作為輔助皇帝決策與行政的機構。地點在紫禁城隆宗門內北側。軍機大臣沒有定員，少則二人，多則九人。主要職掌：每日晉見皇帝，商承處理軍政要務，以麵奉諭旨名義，對各部門、各地方發布指示；麵奉諭旨，起草公文，由朝廷直接寄發，稱為“廷寄”，封函標明“某處某官開拆”字樣，由兵部捷報處發送；謄錄保存公文，就是將皇帝批閱的奏折，謄錄副本，稱為“錄副奏折”。這項製度使大量檔案得以保存。在清初，重要的軍政機構有三個：一是議政處，二是內閣，三是軍機處。議政處源自關外，主要由王公貴族組成，稱議政大臣，參畫機要。後設內三院，即後來的內閣。軍務歸議政處，政務歸內閣。議政處的權力逐漸減弱，到乾隆朝撤銷。內閣，仿明朝製度，逐漸排斥議政處於機務之外。而軍機處建立後，軍政要務歸軍機處，一般政務歸內閣。軍機處權力遠在內閣之上，大學士的權力為軍機大臣所分，逐漸排斥內閣於機務之外。大學士兼軍機大臣才有一定實權。內閣宰相，名存實亡。軍機處的建立，標誌著皇權專製走向極端。明代內閣對皇權有一定的約束，如詔令由內閣草擬、經內閣下發，閣臣對詔令有權封駁。但是軍機處成立之後，排除了王公貴族，也排除了內閣大臣。軍機處的設立，使清朝皇帝乾綱獨斷——既不容皇帝大權旁落，也不許臣下阻撓旨意。
第四，改土歸流。在雲、貴、粵、桂、川、湘、鄂等省少數民族地區，主要由世襲土司進行管轄。此前已有“改土歸流”的舉措，但雍正全麵實行“改土歸流”製度，就是革除土司製度，在上述地區分別設立府、廳、州、縣，委派有任期的、非世襲的“流官”進行管理。這種管理體製，同內地大體一樣。雍正帝的改土歸流，打擊了土司的世襲特權和利益，減輕了西南少數民族的負擔和災難，促進了這一地區社會經濟與文化的進步。民族與邊疆問題，東北地區在努爾哈赤、皇太極時期已經解決；東南的台灣、北方的蒙古，到康熙時已經得到解決；西南的民族問題，雍正時已經解決；新疆和西藏，到乾隆朝得以解決。
第五，攤丁入地。中國過去土地和人丁分開納稅。康熙五十年（1711年）後，實行“盛世滋生人丁，永不加賦”，但此前出生的人丁還要繳納丁銀。雍正推行丁銀攤入地畝。這項賦役製度的重大改革，從法律上取消了人頭稅，減輕了貧窮無地者的負擔。就這一點來說，攤丁入地製度有一定的積極意義。但是，自“盛世滋生人丁，永不加賦”之後，特別是實行“攤丁入地”製度之後，社會人口，急劇增長。道光年間，人口之數，突破4億。