朝鮮內部分為開化、保守兩派。保守派以閔氏為首，親近中國，得到吳長慶、袁世凱的支持。開化派以金玉均為首，親日，企圖依靠日本推翻保守派的統治。中法戰爭爆發後，李鴻章於光緒十年（1884年）三月，命令吳長慶率三營慶軍回駐金州，留三營駐漢城，由記名提督吳兆有、張光前統帶，奏舉袁世凱總理營務處，會辦朝鮮防務，袁世凱一躍成為駐朝淮軍的重要人物。金玉均等認為中法戰爭爆發，中國自顧不暇，便尋機刺殺保守派首領，日本公使率日軍100餘人支持開化派，衝入朝鮮王宮，捕殺保守派。袁世凱會同吳兆有要求李鴻章派軍艦赴朝，準備舉兵，保守派首領金允植等請求清軍援助，袁世凱自行決定派兵入宮，在朝鮮人民的支援下，攻入日軍占領的朝鮮王宮，日軍自焚使館，狼狽逃走。保守派重新掌權。事變後，袁世凱親率淮軍一營駐守王宮，以“監國大臣”自居。他給李鴻章寫了一篇長達數千言的報告，認為“莫如趁此民心尚知感服中朝，即派大員，設立監國，統率重兵，內治外交，均為代理，則此機不可失也”。國內即有人指責袁世凱擅啟邊釁，遂電告袁世凱勿遽與日本開釁，一並派吳大澂、續昌前往查辦，吳大澂等抵朝鮮後，即命袁世凱撤隊回營， 聽候查辦。
袁世凱在吳長慶離開朝鮮之前，已經不把他當回事了，徑自通過其堂叔袁保齡攀援李鴻章。吳長慶離開朝鮮後，袁世凱更加妄自尊大，“一切更改，露才揚己“，令吳長慶非常難堪。吳兆有、張光前等更不在袁世凱眼中，極力加以排擠，企圖將慶軍全部掌握在自己手中。此次舉兵，幾乎有袁世凱一人主動，現在惹來查辦，自然所有責任都需袁世凱來負，而袁世凱養官妓、販賣鴉片、挪用軍餉等劣跡，也都一並被暴露出來。李鴻章責令袁世凱如數認賠。並於光緒十年（1885年）十二月十六日解職，離開朝鮮回國。然後，回到陳州老家“隱居”。
次年正月，日本派伊藤博文來天津，和李鴻章談判中日衝突問題，雙方達成協議，中日同時從朝鮮撤軍。至於日方提出的懲辦袁世凱的要求，李鴻章最後采用折中辦法，以私人行文戒飭袁世凱了事。袁保齡致信袁世凱，說伊藤博文極力要動搖你，賴李鴻章相國持正，頗費口舌，自是可感。又寫信給李鴻章的幕僚晴笙，說袁世凱受到李鴻章的大力庇護，使他刻骨銘心。
中、日從朝鮮撤軍後，沙俄乘機插足，與閔氏集團勾結，企圖變朝鮮為其“保護國”。李鴻章決定送李昰應回國，製約閔氏集團，啟用“足智多謀”的袁世凱，替代“忠厚有餘，才智不足”的陳樹棠為駐朝商務委員，叔父袁保齡仍然充當袁世凱與李鴻章之間的橋梁。李認為袁是“後起之秀”，袁世凱一到天津，李鴻章就接見他，袁保齡不願袁世凱再去朝鮮冒險，希望他加入新建的北洋水師，袁世凱沒有接受勸告。他護送李昰應回到漢城，謁見朝鮮國王，麵陳一切。閔氏集團頗為困惑和憤懣，禁止文武官員與李昰應來往。袁世凱多方調解無效，授李昰應密計三條後回到天津。李鴻章對袁世凱的行動極為欣賞，上奏為袁請功。十一年（1885年）九月二十日，清政府正式任命袁世凱為“駐紮朝鮮總理交涉通商事宜”的全權代表，並以知府分發，盡先即補，俟補缺後以道台升用，加三品銜。李鴻章的提攜使袁世凱感激涕零。十月初七，袁世凱赴朝鮮上任，在漢城建立公署。其隨員有唐紹儀、劉永慶等20餘人。
進一步掌權
李鴻章賦予袁世凱鞏固“宗藩關係”的權利，並要求朝鮮國王，有關內政外交事宜，都應隨時與袁世凱商量。袁世凱使朝後，儼然以太上皇自居，拒絕與各國公使同席會議，遇事直入王宮，驕橫專斷，盛氣淩人。朝鮮國王多次要求清政府撤換袁世凱，另選一“公正明識者”。在李鴻章的保護下，袁世凱地位不但沒有貶低，反而升為海關道存記簡放。
袁世凱對於世界大勢、國際關係全無認識，沒有估計到朝鮮局勢的迅速惡化，也大大低估了列強的野心。朝鮮東學黨起義，袁世凱極力向李鴻章建議，要求派兵代戡。而此時，日本也極希望中國出兵，以便製造戰爭借口，於是極力慫恿袁世凱。在袁世凱一力保證“日本必無他意”後，清政府最終決定出兵，而日本也立即出兵。袁世凱覺察情況不妙，請西方駐朝公使調停，提出中日同時撤兵方案。但日本非但不撤兵，更進而提出將朝鮮變為其保護國的條件，進一步增派重兵。袁世凱立即連發3封電報，哀求李鴻章調其回國，李鴻章命令其“要堅貞，勿怯懦”。六月十三日，袁世凱稱病，再次要求回國，獲準。六月十九日，袁世凱回到天津，驚惶異常，要求李鴻章把朝鮮丟給日本占領。李鴻章令袁世凱趕赴平壤，協助周馥，聯絡各軍，籌辦餉械。袁世凱要求調任他職，李鴻章嚴令“即回本任”。袁世凱托堂弟袁世勳尋找翁同龢、李鴻藻設法，李鴻藻奏請讓袁世凱統一軍赴前敵。袁世凱無法，隻得遵命。後隨著部隊接連敗退。