成化十年(1474)，馬中錫參加鄉試高中第一，成化十一年（1475）中進士，授刑科給事中。
當時萬貴妃之弟萬通仰仗姐姐的權勢，驕橫不法，馬中錫兩次上疏彈劾，兩次被罰於午門之外受杖責，卻依舊不改嫉惡如仇的本性。
太監汪直、梁方作惡多端，馬中錫又上疏揭露二人。
因為多次揭露權貴的不法行為，導致他九年未能升遷。
後經過考察政績，終於轉任雲南按察僉事、陝西僉事，督學副使。
弘治五年（1492），召為大理右少卿。南京守備太監蔣琮與兵部郎中婁性、指揮石文通互相揭發，牽連數百人。中錫偕同司禮太監趙忠等前往處理，很快便水落石出：婁性除名，蔣琮下獄抵罪。不久被提拔為右副都禦史，巡撫宣府。
任內彈劾罷免了貪腐昏庸的總兵官馬儀，革除鎮守以下私人使用的軍隊，把他們編入軍隊。邊寇曾經犯邊，馬中錫指揮軍隊打敗了他們。之後馬中錫告病返家。
正德元年（1506）明武宗即位後，眾朝臣輪番上疏奏凡十三疏，請求起用馬中錫，朱厚照遂降旨命其巡撫遼東。
是時，劉瑾心腹、遼東鎮守太監朱秀擅開官店，獨霸馬市，大發其財。
馬中錫勘明其罪予以劾免，劉瑾大為忿怒，於翌年矯旨調其南京工部任職，馬中錫再次離職回鄉。
劉瑾為置其死地，奏其“侵盜邊儲”，將馬中錫抓捕進京下獄，並用囚車押赴遼東肆意羞辱。
當其披枷戴鎖出現於遼東郡時，郡治城下軍民為救馬中錫竟至嘩變。
馬中錫為顧全大局，對攻城人群曉之以理，變亂方得平息。
劉謹聞訊再不敢治馬中錫死罪，隻是褫其官職，令其歸家“思過”。
可以說，這馬中錫可謂劉瑾不折不扣的死敵，如今楊一清竟奏請起複馬中錫，這矛頭自然是直指劉瑾。
朱厚照自然也知道馬中錫與劉瑾之間的糾葛，遂不自覺地轉頭看向劉瑾。
這劉瑾卻仍是一言不發，仿佛睡著了一般，站在那裏。
“準奏！召馬中錫為右都禦使，回京提督軍務。”朱厚照點頭準了楊一清所奏的馬中錫。
“臣還奏請神機營提督惠安伯張偉，佐於馬中錫。”楊一清見皇帝準了之前所奏，竟還不知足，繼續奏道。
神機營是大太監張永的地盤，而惠安伯張偉也是宗親，任左都督掌左府事，提督神機營，算是張永的盟友，自然也是劉瑾的死對頭。
如今楊一清奏請馬中錫和張偉兩人執掌京畿掌兵大權，其目的可見一斑。
“嗯，惠安伯也是先皇舊臣，老成持重，用他領兵，朕也是放心的，如此，命惠安伯張偉充總兵官，統神機營、三千營、團營，速速發兵，征討逆賊楊虎！”這次朱厚照也不再管劉瑾的心情，當即拍板。
此後，劉瑾也並未從中作梗，京營大軍很快便整備完畢，分三路，往霸州、廊坊及天津衛進兵，前往迎擊楊虎大軍。