在清初建製中，吸納明朝的太監製度亦是其主要內容之一。順治十年（1653），清朝沿用明朝部分太監機構之名建立了司禮監、禦用監，禦馬監、內官監、尚衣監、尚膳監、尚寶監、司設監、尚方司、惜薪司、鍾鼓司、兵仗局、織染局等所謂十三衙門。相對於明代的二十四衙門，清初的太監衙門數目是大大地減少了。
十三衙門設立不到十年，在順治皇帝死後便被其子康熙皇帝所廢革。十三衙門被廢革後，設立內務府專管宮禁和皇室事務。當然，被閹割的太監還得使用，隻是其職權被大大地削弱，其活動範圍得到了有效的控製。這樣，康熙皇帝就建立了具有滿洲部族特點的皇室服務機構。
當內務府成為掌管清代皇宮事務機關之後，凡皇宮中的衣、食、住、行等事務，皆由其承辦。在內務府下，設立敬事房，是專門管理太監的機構。該機構是於康熙十六年（1677）設置的，又稱“宮殿監辦事處”，設有總管、副總管等職，管理宮內一切事務。其具體職責是：管理皇帝、後妃及其子女的生活，負責宮內陳設、灑掃、守衛等雜務，傳奉內務府方麵的諭旨，辦理與內務府各衙門往來文件等事務。凡宮內太監的升轉任免，皆由內務府移谘吏部及敬事堂辦理。
太監的稱謂
由於太監製度曆史悠久，太監的角色又極為獨特，所以，在其曆史長河中，曆朝統治者對太監製度給予異常的關注，並對其進行不斷的改造。這樣，便出現了一種奇特的現象，那就是太監的稱謂五花八門、形形色色。這一現象說明了太監製度的獨特性和重要性。
就太監的身體特征而言，最常見的稱呼便是“閹人”，而對受過宮刑的太監，又稱“腐人”或“腐夫”。一般而言，因它事被閹割者和因罪而受宮刑者都總稱為閹人，並由此演繹出許多稱謂。如“閹官”、“閹奴”、“閹手”、“閹宦”、“閹豎”、“閹寺”、 “刑人”、“刑臣”、“刑餘”、“刑餘之人”、“刀鋸之人”、“熏餘”（凡腐刑必熏合之，宮刑亦稱熏腐之刑）、“私白”（“私”指生殖器，閹割生殖器後稱私白）、“淨身”、“半個男人”、“半個女人”、“陰陽人”、“不男不女者”、“第三性”等等。
就太監奴仆角色特點而言的稱謂主要有：“太監”、“宦人”、“寺人”（此為太監的早期稱謂，泛指王宮內的各類近侍小臣，後來逐漸演變為奉侍皇室閹人的專稱）、“婦寺”或“婦侍”、“奄人”、“奄尹”、“寺宦”、“寺監”、“奄豎”、“涓人”、“宦侍”等等。
就太監主要活動與棲身的內宮而言的稱謂主要有：“內臣”、“內監”、“內豎”、“內使”、“內參”、“宮監”、“內官”、“內寺”、“宮官”、“宮奴”、“中人”、“中官”、“中使”、“中涓”、“中貴”、“中貴人”、“內閹”、“內侍”等等。
就太監的職守而言的稱謂有：“太監”、“司宮”、“宮官”、“巷伯”、“小黃門”、“中黃門”、“黃門”、“宦者”（源於漢代“宦者令”一職）、“中小史”、“監軍”、“鎮守太監”（或稱“鎮守中官”）等等。
此外，太監還有其它稱謂：民間和非太監者稱太監為“老公”。但作為太監而言，對這種稱呼極度厭惡。在太監看來，稱其為老公等於在罵他八輩祖宗。此外職位較低的太監對職位較高的太監或外廷官員對管事太監尊稱“公公”或“老爺”、“老太監”、“師傅”等。清代太監在主子麵前自稱“老奴”或“奴才”。
太監的角色
雖然曆史上不乏幹政的太監，但極少數幹政的太監不能代表全體太監。太監是一個群體，百分之九十以上的太監默默無聞，從事著仆人的職業，極少有機會出人頭地，最後默默地死去，名不見經傳。
太監的職責是動態的，處於不斷變化之中，太監的基本職責卻是不變的。從對太監組織機構演變中可以看出，太監的基本職責主要包括以下內容：
一、守護門禁。這是太監最核心的職責。隻有嚴守宮門，監督監察出入門禁之人，才能真正地禁錮宮中婦女，使其難以與除君主而外的其他正常男子接觸，以防不測。同時，也可以防止那些心術不正的男子溜入宮中而擾亂後宮，造成後宮起火。後宮的穩定與安寧是關係到君主聲譽和形象的頭等大事，也是維護君主自尊的頭等大事。傳統觀念中的“齊家”才能“治國”對君主亦有深刻的影響。隻有有條不紊地治理好後宮，君主才有可能治理好國家。換言之，要治理好國家，君主首先必須整頓好後宮。而整頓後宮的主要措施之一就是護衛宮門，使那些富有青春氣息的佳人與世隔絕，變成行屍走肉式的人物而孤獨地生活在深深的宮禁之中。也隻有嚴把宮門才能使後宮中發生的隱秘之事不會流傳到社會之中，而成為人們議論的焦點，嚴重地損害君主的形象。隨著王權或皇權的不斷擴張和宮禁製度的日趨完備，把守宮門愈加重要。曆代皇帝都要嚴申宮門之禁。盡管中國古代的昏君庸主一個接著一個，幹出了不少荒誕離奇之事，但沒有一位君主下令取消太監護衛宮門之製的。在明代，太監守門已不僅僅局限於宮門，而是範圍更大。除把守宮門外，太監還嚴守正陽門、崇文門、永定門、左安門、廣渠門、東便門、宣武門、右安門、廣安門、西便門、朝陽門、東直門、阜成門、西直門、德勝門、安定門等。每門皆設掌門官一人，管事官從十餘人到三四十人不等。而在魏忠賢專權時期，僅把守宣武門的太監人數多達200人。到了清代，太監掌管京城內外門的權力被取消，主要把守宮內各門。