而隨著明朝政治的日益腐敗，衛所製也出現了大問題，其中直接的問題就是：軍隊的士兵和土地大量流失，被劃為了私產。士兵的流失，主要有幾個原因，一是土地兼並，大量本來屬於軍戶的私田，被豪強地主以及軍隊將領，用各種名目私吞。軍戶沒了地，卻還要承擔國家的賦稅，最後沒辦法隻能跑？路。
同時正軍所負擔耕種的軍田，也容易被當地軍事將官吞並，原本給國家當佃戶的士兵，變成了給將領自己家當？佃戶。
發展到明朝中後期，士兵的地位更加低下，在明朝初期的時候，擅自調動一百名士兵就形同謀反，可到了中後期，士兵們經常被調動，給達官貴人家裏幹私活。沒有了土地經濟的保障，士兵人員也嚴重缺編，經常是賬冊上有數目龐大的士兵數量，仔細一查對卻完全不是這麼回事，而且僅有的士兵，也經常是一些老弱殘兵。
如此一來，曾經橫掃天下的大明軍隊，就變得越來越不給力了。明朝戰鬥力的退化，從中期開始局麵就非常嚴重。比如“土木堡之變”後，名將郭登臨危受命，擔任邊防重鎮大同的總兵。到任後才發現，按照賬冊，大同原本應該有兵馬八萬多，實際卻隻有一萬多。邊防重地尚且如此，其他地區可想而知。嘉靖年間，蒙古韃靼部可汗阿勒坦發動庚戍之變，率軍打到北京城下，當時號稱明朝最精銳的十二團營，卻多是老弱殘兵，根本不敢迎戰，逼得明王朝無法，隻得假裝媾和拖時間，等著各地增援部隊趕來了，這才把阿勒坦？逼退。
而相比於衛所製的這些問題，對於士兵們來說，衛所製的另一大問題，就是它的僵化。在這套製度下，將領的後代永遠是將領，士兵的後代永遠是士兵，當兵的種地打糧或者修牆鋪路，都基本上很難出頭，除非是戰場上立了大功。可具體到衛所裏，進入作戰部隊的幾率，在邊境是百分之三十，在內地是百分之二十，進了作戰部隊，碰到立功機會，也同樣是困難的，如此一來，士兵自然沒積極性。隨著明王朝的演進，越發失去保障且沒有積極性的明軍，戰鬥力也一度直線下降。
更有積極性的募兵製
相對而言，作為士兵最容易出頭的，卻是在明朝中後期的一種新製度——?募兵製。
和中國曆代封建王朝一樣，每當國家傳統軍事製度世兵製走向衰落的時候，募兵製就開始地位漸重。然而對比唐宋各朝，明朝的募兵製卻也有自己的特點，首先是雖然募兵製形成了以將領個人威權為核心的軍隊，但沒有任何一位建功立業的將領，可以威脅到國家的威權，這點和唐朝藩鎮割據時代的驕兵悍將是不一樣的。明朝封建體製的成熟之處正在於，它可以通過有效的監管，對募兵施行監督，既確保軍隊打勝仗，又確保軍隊的忠誠。
明朝的募兵製度，從建國早期就有，比如明朝洪武年間，就有地方衛所招募民壯，用於邊境防禦。明朝正統、景泰年間的土木堡之變以及之後的北京保衛戰中，明王朝也多次以國家名義招募壯丁，參加對瓦剌部的作戰。然而那時候的募兵，還處於附屬階段，一般都是招來了就打仗，打完仗領錢回家，並非明朝常備的軍事製度。
募兵製真正以法律形式固定下來，是在明朝弘治（1488-1505年）年間，弘治二年（1489年），明孝宗頒布了《僉民壯法》，規定各省必須要從民戶中，抽調精壯百姓為民壯，這些人平時訓練，戰時若有需要參加戰鬥，作戰經費由朝廷劃撥，立功有賞。嚴格意義上說，民壯和募兵還是不一樣的，民壯是一種民兵組織，其成員身份，也隻是臨時壯丁，而非正式國家軍隊，然而這個法令的頒布，卻為明朝中後期大規模募兵奠定了基礎——?募兵的選擇範圍，主要就是以當地民壯為基礎。
而相比於民壯的民兵身份，募兵的成本顯然要高得多，一旦招募為兵，就要按月發軍餉。而在這之前的朝代，募兵之所以容易造成悍將割據，主要由於募兵是由將領主持，選進來的兵，自然就成了將領自己的兵，日久天長，這支招募來的部隊，就成了將領自己的軍隊。等於是拿著國家的錢，養了自己的兵。
這種傻事明朝顯然是不幹的，從頭到尾，明朝募兵有著一套嚴格的審判程序。地方官是沒有權力私自募兵的，每招募一支新軍隊，都需要朝廷批準，並且由朝廷派專人主持。這支軍隊成立後，其監管也是相當嚴格的，雖然部隊由武將帶，但上頭有文官統帥，部隊裏也有監軍督查，相互間互相製約。因此再強悍的部隊，也無法割據自立。
而對於士兵來說，募兵的好處，自然要好過衛所製。首先是利益保障，要讓士兵打仗，就要真金白銀地給錢，然後是升官機會多多，雖然少不了腐敗，但要想升官，就需要有實打實的軍功。
一個數據就可以佐證，在明朝中期之前，明朝有名的軍事將領，特別是武將，絕大多數都是世襲出身，由中下級軍官升上來的少之又少，士兵出身的則更少。而募兵製下，由士兵出身，最終成為方麵大將的，卻絕不止個例。比如抗倭名將鄧子龍，就是以平民身份應募，在節節立功中，最終成為一代名將。
募兵機會大，但也要分成為誰的兵。雖然明朝募兵管理嚴格，但軍隊要想打勝仗，關鍵還要看將領，所以跟對人就顯得尤其重要。明朝帶有募兵性質的軍隊，通常會被外人以將領姓氏代稱，稱為“某家軍”，以嘉靖年間為例，北方大同總兵馬芳的軍隊，被稱為“馬家軍”；南方抗倭名將戚繼光和俞大猷的軍隊，被稱為“戚家軍”和“俞家軍”；而遼東李成梁的軍隊，則被稱為“李家軍”。