物之生也，若驟若馳，無動而不變，無時而不移。何為乎？何不為乎？夫固將自化。
“自化”二字，是《莊子》生物進化論的大旨。《寓言篇》說：
萬物皆種也，以不同形相禪。始卒若環，莫得其倫。是謂天均。
“萬物皆種也，以不同形相禪”，這十一個字竟是一篇“物種由來”。他說萬物本來同是一類，後來才漸漸的變成各種“不同形”的物類。卻又並不是一起首就同時變成了各種物類。這些物類都是一代一代的進化出來的，所以說“以不同形相禪”。
這條學說可與《至樂篇》的末章參看。《至樂篇》說：
種有幾（幾讀如字。《釋文》讀居豈反，非也。郭注亦作幾何之幾解，亦非也），得水則為。得水土之際，則為之衣。生於陵屯，則為陵舄。陵舄得鬱棲，則為烏足。烏足之根為蠐螬，其葉為胡蝶。胡蝶，胥也，化而為蟲，生於灶下，其狀若脫，其名為鴝掇。鴝掇千日，為鳥，其名為乾餘骨。乾餘骨之沫為斯彌，斯彌為食醯。頤輅生乎食醯。黃生乎九猷，瞀芮生乎腐蠸。羊奚比乎不箰久竹，生青寧。青寧生程，程生馬，馬生人，人又反入於機。萬物皆出於機，皆入於機。（此一節亦見《列子·天瑞篇》。惟《列子》文有誤收後人注語之處，故更不可讀。今但引《莊子》書文）
這一節，自古至今，無人能解。我也不敢說我懂得這段文字。但是其中有幾個要點，不可輕易放過。（一）“種有幾”的幾字，決不作幾何的幾字解。當作幾微的幾字解。《易·係辭傳》說：“幾者，動之微，吉〔凶〕之先見者也。”正是這個幾字。我以為此處的幾字是指物種最初時代的種子，也可叫做元子。（二）這些種子，得著水，便變成了一種微生物，細如斷絲。到了水土交界之際，便又成了一種下等生物，叫做蛙蠙之衣（司馬彪雲：“物根在水土際，布在水中。就水上視之不見，按之可得。如張綿在水中。楚人謂之蛙蠙之衣。”）。到了陸地上，便變成了一種陸生的生物，叫做陵舄。自此以後，一層一層的進化，一直進到最高等的人類。這節文字所舉的植物動物的名字，如今雖不可細考了，但是這個中堅理論，是顯而易見，毫無可疑的。（三）這一節的末三句所用三個“機”字，皆當作“幾”，即是上文“種有幾”的幾字。若這字不是承著上文來的，何必說“人又反入於機”呢？用“又”字和“反”字，可見這一句是回照“種有幾”一句的。《易·係辭傳》“極深而研幾”一句，據《釋文》一本幾作機。可見幾字誤作機，是常有的事。從這個極微細的“幾”一步一步的“以不同形相禪”，直到人類；人死了，還腐化成微細的“幾”：所以說：“萬物皆出於幾，皆入於幾。”這就是《寓言篇》所說“始卒若環，莫得其倫”了。這都是天然的變化，所以叫做“天均”。
這種生物進化論，說萬物進化，都是自生自化，並無主宰。所以《齊物論》借影子作比喻。影說：
吾有待而然者耶？吾所待又有待而然者耶？
郭象說這一段最痛快。他說：
世或謂罔兩待景，景待形，形待造物者。請問夫造物者，有耶？無耶？無也，則胡能造物哉？有也，則不足以物眾形。故明乎眾形之自物，而後始可與言造物耳。……故造物者無主，而物各自造。物各自造而無所待焉，此天地之正也。故彼我相因，形景俱生，雖複玄合，而非待也。明斯理也，將使萬物各返所宗於體中而不待乎外。外無所謝而內無所矜，是以誘焉皆生而不知所以生；同焉皆得而不知所以得也。……
《知北遊篇》也說：
有先天地生者，物邪？物物者非物，物出不得先物也。猶其有物也。“猶其有物也”無已。（適按，非物下疑脫一耶字）
西方宗教家往往用因果律來證明上帝之說。以為有因必有果，有果必有因。從甲果推到乙因，從乙果又推到丙因，……如此類推，必有一個“最後之因”。那最後之因便是萬物主宰的上帝。不信上帝的人，也用這因果律來駁他道：因果律的根本觀念是“因必有果，果必有因”一條。如今說上帝是因，請問上帝的因，又是什麼呢？若說上帝是“最後之因”，這便等於說上帝是“無因之果”，這便不合因果律了，如何還可用這律來證明有上帝呢！若說上帝也有因，請問“上帝之因”又以什麼為因呢？這便是《知北遊篇》說的“猶其有物也無已”。正如算學上的無窮級數，終無窮極之時，所以說是“無已”。可見萬物有個主宰的天之說是不能成立的了。
五、進化之故
生物進化，都由自化，並無主宰。請問萬物何以要變化呢？這話《莊子》書中卻不曾明白回答。《齊物論》說：“惡識所以然？惡識所以不然？”這竟是承認不能回答這個問題了。但是《莊子》書中卻也有許多說話和這問題有關。例如《齊物論》說：
民濕寢則腰疾偏死，魷然乎哉？木處則惴慄恂懼，猿猴然乎哉？三者孰知正處？
民食當豢，麋鹿食薦，蝍且甘帶，鴟鴉嗜鼠。四者孰知正味？
又如《秋水篇》說：
騏驥驊騮一日而馳千裏，捕鼠如狸狌：言殊技也。鴟鵂夜撮蚤，察毫末；晝出瞋目不見邱山：言殊性也。
這兩節似乎都以為萬物雖不同形，不同才性，不同技能，卻各各適合於自己所處的境遇。但《莊子》書中並不曾明說這種“適合”（Adaptation to enviro）果否就是萬物變遷進化的緣故。
這一層便是《莊子》生物進化論的大缺點。近世生物學者說生物所以變遷進化，都由於所處境遇（Enviro）有種種需要，故不得不變化其形體機能，以求適合於境遇。能適合的，始能生存。不能適合，便須受天然的淘汰，終歸於滅亡了。但是這個適合，有兩種的分別：一種是自動的，一種是被動的。被動的適合，如魚能遊泳，鳥能飛，猿猴能升木，海狗能遊泳，皆是。這種適合，大抵全靠天然的偶合，後來那些不能適合的種類都澌滅了，獨有這些偶合的種類能繁殖，這便是“天擇”了。自動的適合，是本來不適於所處的境遇，全由自己努力變化，戰勝天然的境遇。如人類羽毛不如飛鳥，爪牙不如猛獸，鱗甲不如魚鱉，卻能造出種種器物製度，以求生存，便是自動的適合最明顯的一例。《莊子》的進化論隻認得被動的適合，卻不去理會那更重要的自動的適合。所以說：
夫鵠不日浴而白，烏不日黔而黑。（《天運》）
又說：
何為乎？何不為乎？夫固將自化。（《秋水》）